[日本語] English
万見
- EMDB-11996: OsBOR3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11996
タイトルOsBOR3
マップデータ
試料
  • 複合体: Borate transporter 3 from Oryza sativa (osBOR3)
    • タンパク質・ペプチド: Oryza sativa borate transporter 3
機能・相同性Bicarbonate transporter, eukaryotic / Bicarbonate transporter-like, transmembrane domain / HCO3- transporter integral membrane domain / solute:inorganic anion antiporter activity / membrane => GO:0016020 / Boron transporter
機能・相同性情報
生物種Oryza sativa (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Byrne B / Barritt JD
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N016467/1 英国
European Commission722687 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural and functional insights into the mechanism of action of plant borate transporters.
著者: Savvas Saouros / Thotegowdanapalya C Mohan / Cristina Cecchetti / Silke Lehmann / Joseph D Barrit / Nicola J Scull / Paul Simpson / Yilmaz Alguel / Alexander D Cameron / Alexandra M E Jones / Bernadette Byrne /
要旨: Boron has essential roles in plant growth and development. BOR proteins are key in the active uptake and distribution of boron, and regulation of intracellular boron concentrations. However, their ...Boron has essential roles in plant growth and development. BOR proteins are key in the active uptake and distribution of boron, and regulation of intracellular boron concentrations. However, their mechanism of action remains poorly studied. BOR proteins are homologues of the human SLC4 family of transporters, which includes well studied mammalian transporters such as the human Anion Exchanger 1 (hAE1). Here we generated Arabidopsis thaliana BOR1 (AtBOR1) variants based (i) on known disease causing mutations of hAE1 (S466R, A500R) and (ii) a loss of function mutation (D311A) identified in the yeast BOR protein, ScBOR1p. The AtBOR1 variants express in yeast and localise to the plasma membrane, although both S466R and A500R exhibit lower expression than the WT AtBOR1 and D311A. The D311A, S466R and A500R mutations result in a loss of borate efflux activity in a yeast bor1p knockout strain. A. thaliana plants containing these three individual mutations exhibit substantially decreased growth phenotypes in soil under conditions of low boron. These data confirm an important role for D311 in the function of the protein and show that mutations equivalent to disease-causing mutations in hAE1 have major effects in AtBOR1. We also obtained a low resolution cryo-EM structure of a BOR protein from Oryza sativa, OsBOR3, lacking the 30 C-terminal amino acid residues. This structure confirms the gate and core domain organisation previously observed for related proteins, and is strongly suggestive of an inward facing conformation.
履歴
登録2020年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2021年6月23日-
現状2021年6月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11996.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.011076495 - 0.03333941
平均 (標準偏差)0.00014402113 (±0.0013053054)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 277.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.111.111.11
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z277.500277.500277.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0110.0330.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_11996_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Borate transporter 3 from Oryza sativa (osBOR3)

全体名称: Borate transporter 3 from Oryza sativa (osBOR3)
要素
  • 複合体: Borate transporter 3 from Oryza sativa (osBOR3)
    • タンパク質・ペプチド: Oryza sativa borate transporter 3

-
超分子 #1: Borate transporter 3 from Oryza sativa (osBOR3)

超分子名称: Borate transporter 3 from Oryza sativa (osBOR3) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Homodimer of the osBOR3 integral membrane protein in LMNG detergent belt.
由来(天然)生物種: Oryza sativa (イネ)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
分子 #1: Oryza sativa borate transporter 3

分子名称: Oryza sativa borate transporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa (イネ)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MEESFVPLRG IKNDLHGRL Q CYKQDWTG GF RAGIRIL APT TYIFFA SAIP VISFG EQLER NTDG VLTAVQ TLA STALCGI IH SFLGGQPL L ILGVAEPTV LMYTFMFNFA KDRPDLGRR L FLAWTGWV CV WTAILLF LLA ILGACS IINR FTRIA ...文字列:
MEESFVPLRG IKNDLHGRL Q CYKQDWTG GF RAGIRIL APT TYIFFA SAIP VISFG EQLER NTDG VLTAVQ TLA STALCGI IH SFLGGQPL L ILGVAEPTV LMYTFMFNFA KDRPDLGRR L FLAWTGWV CV WTAILLF LLA ILGACS IINR FTRIA GELFG LLIA MLFMQQ AIK GLVDEFR IP ERENRKAL E FVSSWRFAN GMFAIVLSFG LLLTALRSR K ARSWRYGT GW LRGFIAD YGV PLMVLV WTGV SYIPY GSVPK GIPR RLFSPN PWS PGAYDNW TV IRDMPNVP L LYIIGAFIP ATMIAVLYYF DHSVASQLA Q QKEFNLRK PP SFHYDLL LLG FLTLLC GLIG IPPAN GVIPQ SPMH TKSLAT LKH QLLRNRL VA TARQSMSQ N ASLSQLYGS MQEAYQQMQT PLIYQQPSV K GLNELKDS TV QMASSMG NID APVDET VFDI EKEID DLLPI EVKE QRLSNL LQA SMVGGCV AA MPLLKKIP T SVLWGYFAF MAIESLPGNQ FWERILLLF T APSRRYKV LE EYHTTFV ETV PFKTIA MFTL FQTMY LLVCF GITW IPIAGV LFP LMIMLLV PV RQYILPKL F KGAHLTDLD AAEYEESPAI PFIAAQDID V ALARTQSA EI LDDIVTR SRG EI

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 20.265 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 second blot time -2 blot force.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6285 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Super-resolution movies were binned by a factor of 2 and aligned with MotionCor2 and CTF estimation achieved with CTFFind4.
粒子像選択選択した数: 2548682
詳細: Picked using RELION auto picker with 2D class references generated from manually picked particles.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: Estimate CTF parameters
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: 3D refinement / 使用した粒子像数: 116140
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 91034 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: 3D classification used / 詳細: Best class contained 156116
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る