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万見
- EMDB-11971: Stressosome complex from Listeria innocua -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11971
タイトルStressosome complex from Listeria innocua
マップデータ
試料
  • 複合体: stressosome complex RsbR and RsbS
    • タンパク質・ペプチド: RsbR protein
    • タンパク質・ペプチド: RsbR protein
    • タンパク質・ペプチド: RsbS protein
    • タンパク質・ペプチド: RsbR protein
    • タンパク質・ペプチド: RsbR protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
RsbS co-antagonist protein RsbRA N-terminal domain / Rsbr N terminal / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Globin/Protoglobin
類似検索 - ドメイン・相同性
RsbS protein / RsbR protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua Clip11262 (バクテリア) / Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Miksys A / Fu L / Madej MG / Ziegler C
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission721456 ドイツ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular insights into intra-complex signal transmission during stressosome activation.
著者: Algirdas Miksys / Lifei Fu / M Gregor Madej / Duarte N Guerreiro / Susann Kaltwasser / Maria Conway / Sema Ejder / Astrid Bruckmann / Jon Marles-Wright / Richard J Lewis / Conor O'Byrne / Jan ...著者: Algirdas Miksys / Lifei Fu / M Gregor Madej / Duarte N Guerreiro / Susann Kaltwasser / Maria Conway / Sema Ejder / Astrid Bruckmann / Jon Marles-Wright / Richard J Lewis / Conor O'Byrne / Jan Pané-Farré / Christine Ziegler /
要旨: The stressosome is a pseudo-icosahedral megadalton bacterial stress-sensing protein complex consisting of several copies of two STAS-domain proteins, RsbR and RsbS, and the kinase RsbT. Upon ...The stressosome is a pseudo-icosahedral megadalton bacterial stress-sensing protein complex consisting of several copies of two STAS-domain proteins, RsbR and RsbS, and the kinase RsbT. Upon perception of environmental stress multiple copies of RsbT are released from the surface of the stressosome. Free RsbT activates downstream proteins to elicit a global cellular response, such as the activation of the general stress response in Gram-positive bacteria. The molecular events triggering RsbT release from the stressosome surface remain poorly understood. Here we present the map of Listeria innocua RsbR1/RsbS complex at resolutions of 3.45 Å for the STAS domain core in icosahedral symmetry and of 3.87 Å for the STAS domain and N-terminal sensors in D2 symmetry, respectively. The structure reveals a conformational change in the STAS domain linked to phosphorylation in RsbR. Docking studies indicate that allosteric RsbT binding to the conformationally flexible N-terminal sensor domain of RsbR affects the affinity of RsbS towards RsbT. Our results bring to focus the molecular events within the stressosome complex and further our understanding of this ubiquitous signaling hub.
履歴
登録2020年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2022年7月20日-
現状2022年7月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.735
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.735
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b0u
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7b0u
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11971.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0635 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.735 / ムービー #1: 0.735
最小 - 最大-3.3991375 - 6.5165963
平均 (標準偏差)0.0034875653 (±0.24009643)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 408.38403 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06351.06351.0635
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z408.384408.384408.384
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-3.3996.5170.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : stressosome complex RsbR and RsbS

全体名称: stressosome complex RsbR and RsbS
要素
  • 複合体: stressosome complex RsbR and RsbS
    • タンパク質・ペプチド: RsbR protein
    • タンパク質・ペプチド: RsbR protein
    • タンパク質・ペプチド: RsbS protein
    • タンパク質・ペプチド: RsbR protein
    • タンパク質・ペプチド: RsbR protein

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超分子 #1: stressosome complex RsbR and RsbS

超分子名称: stressosome complex RsbR and RsbS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Listeria innocua Clip11262 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
分子量理論値: 1.5 MDa

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分子 #1: RsbR protein

分子名称: RsbR protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262
分子量理論値: 31.704586 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MYKDFANFIR TNKKDLLNNW MNEMEKQSDP LINDIAKEPM YEETSIEFVD LIVSNITENG SKFNEKLDDF AEKVVHLGWP IHFVTTGLR VFGLLVYTAM RDEDLFLKRE EKPEDDAYYR FETWLSSMYN KVVTAYADTW EKTVSIQKSA LQELSAPLLP I FEKISVMP ...文字列:
MYKDFANFIR TNKKDLLNNW MNEMEKQSDP LINDIAKEPM YEETSIEFVD LIVSNITENG SKFNEKLDDF AEKVVHLGWP IHFVTTGLR VFGLLVYTAM RDEDLFLKRE EKPEDDAYYR FETWLSSMYN KVVTAYADTW EKTVSIQKSA LQELSAPLLP I FEKISVMP LIGTIDTERA KLIIENLLIG VVKNRSEVVL IDITGVPVVD TMVAHHIIQA SEAVRLVGCQ AMLVGIRPEI AQ TIVNLGI ELDQIITTNT MKKGMERALA LTNREIVEKE G

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分子 #2: RsbR protein

分子名称: RsbR protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262
分子量理論値: 31.784566 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MYKDFANFIR TNKKDLLNNW MNEMEKQSDP LINDIAKEPM YEETSIEFVD LIVSNITENG SKFNEKLDDF AEKVVHLGWP IHFVTTGLR VFGLLVYTAM RDEDLFLKRE EKPEDDAYYR FETWLSSMYN KVVTAYADTW EKTVSIQKSA LQELSAPLLP I FEKISVMP ...文字列:
MYKDFANFIR TNKKDLLNNW MNEMEKQSDP LINDIAKEPM YEETSIEFVD LIVSNITENG SKFNEKLDDF AEKVVHLGWP IHFVTTGLR VFGLLVYTAM RDEDLFLKRE EKPEDDAYYR FETWLSSMYN KVVTAYADTW EKTVSIQKSA LQELSAPLLP I FEKISVMP LIGTIDTERA KLIIENLLIG VVKNRSEVVL IDITGVPVVD TMVAHHIIQA SEAVRLVGCQ AMLVGIRPEI AQ (TPO)IVNLGI ELDQIITTNT MKKGMERALA LTNREIVEKE G

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分子 #3: RsbS protein

分子名称: RsbS protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262
分子量理論値: 12.606707 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MGIPILKLGE CLLISIQSEL DDHTAVEFQE DLLAKIHETS ARGVVIDITS IDFIDSFIAK ILGDVVSMSK LMGAKVVVTG IQPAVAITL IELGITFSGV LSAMDLESGL EKLKQELGE

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分子 #4: RsbR protein

分子名称: RsbR protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262
分子量理論値: 31.864547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MYKDFANFIR TNKKDLLNNW MNEMEKQSDP LINDIAKEPM YEETSIEFVD LIVSNITENG SKFNEKLDDF AEKVVHLGWP IHFVTTGLR VFGLLVYTAM RDEDLFLKRE EKPEDDAYYR FETWLSSMYN KVVTAYADTW EKTVSIQKSA LQELSAPLLP I FEKISVMP ...文字列:
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分子 #5: RsbR protein

分子名称: RsbR protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262
分子量理論値: 31.784566 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MYKDFANFIR TNKKDLLNNW MNEMEKQSDP LINDIAKEPM YEETSIEFVD LIVSNITENG SKFNEKLDDF AEKVVHLGWP IHFVTTGLR VFGLLVYTAM RDEDLFLKRE EKPEDDAYYR FETWLSSMYN KVVTAYADTW EKTVSIQKSA LQELSAPLLP I FEKISVMP ...文字列:
MYKDFANFIR TNKKDLLNNW MNEMEKQSDP LINDIAKEPM YEETSIEFVD LIVSNITENG SKFNEKLDDF AEKVVHLGWP IHFVTTGLR VFGLLVYTAM RDEDLFLKRE EKPEDDAYYR FETWLSSMYN KVVTAYADTW EKTVSIQKSA LQELSAPLLP I FEKISVMP LIGTID(TPO)ERA KLIIENLLIG VVKNRSEVVL IDITGVPVVD TMVAHHIIQA SEAVRLVGCQ AMLVGIRP E IAQTIVNLGI ELDQIITTNT MKKGMERALA LTNREIVEKE G

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMC4H11NO3tris

詳細: pH 8.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 気圧: 0.029 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.0), cryoSPARC (ver. V2))
使用した粒子像数: 32031
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7b0u:
Stressosome complex from Listeria innocua

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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