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- EMDB-11969: A 3.7-angstrom structure of Yarrowia lipolytica complex I with an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11969
タイトルA 3.7-angstrom structure of Yarrowia lipolytica complex I with an R121M mutation in NUCM.
マップデータFinal map globally sharpened with RELION postprocess
試料
  • 複合体: Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I (NADH:Ubiquinone oxidoreductase) with NUCM R121M mutation
    • タンパク質・ペプチド: x 39種
  • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase / respiratory chain complex I / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / ubiquinone binding ...NADH dehydrogenase / respiratory chain complex I / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / ubiquinone binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / protein-containing complex binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / GRIM-19 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / Complex 1 protein (LYR family) / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / CHCH / CHCH domain / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NuoE domain / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Complex 1 LYR protein domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein ...Complex 1 LYR protein domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein / Uncharacterized protein / Thioredoxin-like protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase / ETC complex I subunit conserved region-domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NUWM protein / NUVM protein / Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUHM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / NUGM protein / NUCM protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NUAM protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Hirst J / Grba D
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105663141 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021
タイトル: A conserved arginine residue is critical for stabilizing the N2 FeS cluster in mitochondrial complex I.
著者: Mikhail A Hameedi / Daniel N Grba / Katherine H Richardson / Andrew J Y Jones / Wei Song / Maxie M Roessler / John J Wright / Judy Hirst /
要旨: Respiratory complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase), the first enzyme of the electron-transport chain, captures the free energy released by NADH oxidation and ubiquinone reduction to translocate ...Respiratory complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase), the first enzyme of the electron-transport chain, captures the free energy released by NADH oxidation and ubiquinone reduction to translocate protons across an energy-transducing membrane and drive ATP synthesis during oxidative phosphorylation. The cofactor that transfers the electrons directly to ubiquinone is an iron-sulfur cluster (N2) located in the NDUFS2/NUCM subunit. A nearby arginine residue (R121), which forms part of the second coordination sphere of the N2 cluster, is known to be posttranslationally dimethylated but its functional and structural significance are not known. Here, we show that mutations of this arginine residue (R121M/K) abolish the quinone-reductase activity, concomitant with disappearance of the N2 signature from the electron paramagnetic resonance (EPR) spectrum. Analysis of the cryo-EM structure of NDUFS2-R121M complex I at 3.7 Å resolution identified the absence of the cubane N2 cluster as the cause of the dysfunction, within an otherwise intact enzyme. The mutation further induced localized disorder in nearby elements of the quinone-binding site, consistent with the close connections between the cluster and substrate-binding regions. Our results demonstrate that R121 is required for the formation and/or stability of the N2 cluster and highlight the importance of structural analyses for mechanistic interpretation of biochemical and spectroscopic data on complex I variants.
履歴
登録2020年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2022年12月7日-
現状2022年12月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b0n
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11969.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11969.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map globally sharpened with RELION postprocess
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.08990855 - 0.27803996
平均 (標準偏差)8.117691e-05 (±0.0066138864)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 472.49997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z472.500472.500472.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.0900.2780.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11969_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_11969_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_11969_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I (NADH:Ubiquinone oxid...

全体名称: Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I (NADH:Ubiquinone oxidoreductase) with NUCM R121M mutation
要素
  • 複合体: Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I (NADH:Ubiquinone oxidoreductase) with NUCM R121M mutation
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Epimerase domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: zf-CHCC domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-B14.7
    • タンパク質・ペプチド: GRIM-19
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: NUGM protein
    • タンパク質・ペプチド: subunit NEBM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) [Yarrowia lipolytica]
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: subunit NUNM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: NUCM protein
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
  • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 2
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

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超分子 #1: Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I (NADH:Ubiquinone oxid...

超分子名称: Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I (NADH:Ubiquinone oxidoreductase) with NUCM R121M mutation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #1, #10-#11, #15-#19, #2, #20-#29, #3, #30-#39, #4, #40-#42, #5-#9
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)

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分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 14.506339 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
(FME)NTFIIFIIL IPIVGFALLA VNILLAVYKP YNEKLGAFEC GLTSFNQTRL AFNAAFILVA ILFLPFDLEI STLLPY VMS IYLVSNYGFT IVLLFLLILI IGFVYEINTN ALKINKHNKP NTDSLIYKL

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分子 #2: Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 23.455176 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: MLRSQIGRLA LRPTLVPATV IPQTRAYSAP AGTPRVSSSS MPTDFPLPSQ QKPNSAVDYT LTTLDAVANW ARQGSFWPVT FGLACCAVE MMHVSAPRYD QDRLGIIFRA SPRQSDIMIV AGTLTNKMAP VLRQVYDQMP EPRWVISMGS CANGGGYYHF S YSVVRGCD ...文字列:
MLRSQIGRLA LRPTLVPATV IPQTRAYSAP AGTPRVSSSS MPTDFPLPSQ QKPNSAVDYT LTTLDAVANW ARQGSFWPVT FGLACCAVE MMHVSAPRYD QDRLGIIFRA SPRQSDIMIV AGTLTNKMAP VLRQVYDQMP EPRWVISMGS CANGGGYYHF S YSVVRGCD RIVPVDVYVP GCPPTSEALM YGVFQLQRKM RNTKITRMWY RK

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分子 #3: NUGM protein

分子名称: NUGM protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 33.64491 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: MLSRFARIGS MGIRPVAAAR ATFVTSARAA QAAPSWENIK DIRLDPKVHV DEVYEPIVNP ADRYLQHVSD LHQYAKYIMA ALPKYIQGF SVWKDELTLH VAPSAVIPVT TFLRDNTSTQ YKSIIDITAV DYPSRENRFE VVYNFLSVRH NSRIRLKTYA T EVTPVPSI ...文字列:
MLSRFARIGS MGIRPVAAAR ATFVTSARAA QAAPSWENIK DIRLDPKVHV DEVYEPIVNP ADRYLQHVSD LHQYAKYIMA ALPKYIQGF SVWKDELTLH VAPSAVIPVT TFLRDNTSTQ YKSIIDITAV DYPSRENRFE VVYNFLSVRH NSRIRLKTYA T EVTPVPSI TCLYEGANWF EREAYDMYGV FFEGHPDLRR IMTDYGFEGH PLRKDFPLTG YTEVRWDEEK RRVVYEPLEL TQ AFRNFSA GSTAWEPVGP GRDDRPDSFK LPTPKPEEKE GDKKAAAAAA HHHHHH

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分子 #4: NUCM protein

分子名称: NUCM protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 52.468906 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: MLRSAAARAV RAVRPRLSAR YMATTALPQD PIPSGALGQK VPHVDESHQD LLFRTSHMVE DLETYDEDSP INTSDANTRI RAFTINFGP QHPAAHGVLR LILELSGEEI IRSDPHVGLL HMGTEKLIEY KTYMQALPYF DRLDYVSMMT NEQVFSLAVE K LLNVEVPL ...文字列:
MLRSAAARAV RAVRPRLSAR YMATTALPQD PIPSGALGQK VPHVDESHQD LLFRTSHMVE DLETYDEDSP INTSDANTRI RAFTINFGP QHPAAHGVLR LILELSGEEI IRSDPHVGLL HMGTEKLIEY KTYMQALPYF DRLDYVSMMT NEQVFSLAVE K LLNVEVPL RGKYIRTMFG EITRVLNHLM SVCSHAMDVG ALTPFLWGFE EREKLMEFYE RVSGARLHAA YVRPGGVSQD LP AGLLDDI YMWATQFGDR LDEIEELLTD NRIWKLRTVN IGTVTAQDAL NLGLSGPMLR GSGIPFDIRK NAPYDAYDKV DFD VPVGMN GDCYDRYLIR MAEFRQSLRI IEQCCNDMPA GAVKVEDFKI NSPPRNLMKE DMEALIHHFL LYTKGYSVPP GETY TAIEA PKGEMGVYVV SDGSERPYKC KIRAPGFAHL GAFDHIARGH FLPDAVAIIG TMDLVFGEVD R

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分子 #5: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 27.247402 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: MLRLIRPRLA ALARPTTRAP QALNARTHIV SVHRNTENNN PSIPFEFSPE NMKRAEEVIA KYPPQYKKAA VMPLLDIGQR QLGYTSISV MNYVAKLLEM PPMRVYEVAT FYTMYNRTPM GRYHLQICTT TPCQLCGSDG IMEAVQNTLN IKPGETTKDN L FTLSEVEC ...文字列:
MLRLIRPRLA ALARPTTRAP QALNARTHIV SVHRNTENNN PSIPFEFSPE NMKRAEEVIA KYPPQYKKAA VMPLLDIGQR QLGYTSISV MNYVAKLLEM PPMRVYEVAT FYTMYNRTPM GRYHLQICTT TPCQLCGSDG IMEAVQNTLN IKPGETTKDN L FTLSEVEC LGACVNAPMM AINDDYYEDL TPEGTVKLLE DCKAGKMPTP GPENHVRRDC EPASGQKVLL SKEPHNVADF LQ EGI

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分子 #6: Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 53.829508 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: MLRTTLHKRG LARLSRGFAT TQDATPKARQ YGGLKDQDRI FQNLYDNYGW DLASARKQGD WYKTKELILK GDTWIIDEIK KSGLRGRGG AGFPSGLKWS FMNPPGWEKN EGPRYLVVNA DEGEPGTCKD REIMRKDPHK LVEGCLLAGR AMNATAAYIY I RGEFYNEA ...文字列:
MLRTTLHKRG LARLSRGFAT TQDATPKARQ YGGLKDQDRI FQNLYDNYGW DLASARKQGD WYKTKELILK GDTWIIDEIK KSGLRGRGG AGFPSGLKWS FMNPPGWEKN EGPRYLVVNA DEGEPGTCKD REIMRKDPHK LVEGCLLAGR AMNATAAYIY I RGEFYNEA AVLQTAINEA YAAGLIGKDA CGSGYDFDVY IHRGMGAYVC GEETSLIESL EGKAGKPRLK PPFPAGVGLF GR PSTVTNV ETVAVAPTIL RRGGDWFASF GRERNSGTKL FCISGNVNEP CTVEEEMSIP LRELLEKHCG GIKGGWDNLL GVI PGGCSV PILPKNICED VLMDFDALKD VQSGLGTAAV IVINKQQDVI RAIQRFAAFY KHESCGQCTP CREGTTWLLK AMDR FRTGQ AKEREIDMLY ELTKDIEGHT ICALGDAAAW PIQGLIRNFR PEMETRMKKF HDEVGAVSVG GWMKDARVEK GKVVG APLP GVHH

+
分子 #7: Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 79.088078 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: MLSRNLSKFA RAGLIRPATT STHTRLFSVS ARRLAEIELT IDGHKVSIEA GSALIQACEK AGVTVPRYCY HDKLAIAGNC RMCLVDVER APKPVASCAY PVAPGMVVRT DTERVKQARE NVMEMMLQNH PLDCPVCDQG GECDLQDQSM RYGRDRGRFT E ITGKRSTE ...文字列:
MLSRNLSKFA RAGLIRPATT STHTRLFSVS ARRLAEIELT IDGHKVSIEA GSALIQACEK AGVTVPRYCY HDKLAIAGNC RMCLVDVER APKPVASCAY PVAPGMVVRT DTERVKQARE NVMEMMLQNH PLDCPVCDQG GECDLQDQSM RYGRDRGRFT E ITGKRSTE DKNIGPLVKT SMNRCIHCTR CVRFANDIAG APELGSSGRG NDMQIGTYLE KNLNTELSGN VIDLCPVGAL TN KPYAFRA RPWELKKTES IDVMDAVGSN IRIDSKGVEV MRVIPRVHED VNEEWINDKS RFACDGLKTQ RLTTPLIRVG DKF VNATWD DALSTIAKAY QQKAPKGDEF KAVAGALVEV ESMVALKDMT NALGSENTTT DTPNGNSAPA HGITFRSNYL FNSS IAGIE DADAILLVGT NPRREAAVMN ARIRKAWLRQ ELEIASVGPT LDATFDVAEL GNTHADLEKA LSGEFGEVLK NAKNP LIIV GSGITDREDA GAFFNTIGKF VESTPSVLNE NWNGYNVLQR SASRAGAYDI GFTPSDEASK TTPKMVWLLG ADEVAA SDI PADAFVVYQG HNGDVGAQFA DVVLPGAAYT EKAGTYVNTE GRSQISRAAT GPPGGAREDW KILRAVSEYL GVALPYE DA YEVRDRLAEI SPSLVRYDLV EPTVFGDVAV QHSLVGPNGS VTPSSAPLTE TIENFYMTDS ISRSSPTMAK SSIAFNKD N KKNQAFA

+
分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: ligands (PLC)(3PE)(3PE) are not in the polypeptide sequence (FME) is at the start of the polypeptide sequence
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 38.389277 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: (FME)IINIVEILI FLVCVLFSVA YLTVAERKTL AYMQRRLGPN FVGYYGLLQA FADAVKLLLK EIVLPKESNY IILVIS PLI TLITALIGWV VIPLGPGITL GELNLGILFS LAIGSLGVFG SLLSGWSSNS KYSLLGSIRS TAQLISYELI LTSIFII II ...文字列:
(FME)IINIVEILI FLVCVLFSVA YLTVAERKTL AYMQRRLGPN FVGYYGLLQA FADAVKLLLK EIVLPKESNY IILVIS PLI TLITALIGWV VIPLGPGITL GELNLGILFS LAIGSLGVFG SLLSGWSSNS KYSLLGSIRS TAQLISYELI LTSIFII II MFVSSLNITT IIETQRVVWY CIPLLPLLLI FFIASVAETA RPPFDLTESE SELVAGYFTE YSGSPFVFFF LAEYSNII L ISAFNGYLLL GGYLSFNYSY LFNILFNDYS YVSFLFEGLI NSSAYAIKLV FLMFSFIWVR AAFPRFTYDN LINFCWIIL LPLLFGIFLI IPSTLYIFDS FPTLI

+
分子 #9: Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9
詳細: Ligands (SF4)(SF4) are not in the polypeptide sequence
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 21.890789 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: SAINIYAGGS AAAAPPAGFR IHRPATWEES EEGALSKATK YFLLAEMFRG LYVVLEQFFR APYTIYYPFE KGPVSPRFRG EHALRRYPS GEERCIACKL CEAICPALAI TIDAEERIDG SRRTTKYDID MTKCIYCGYC QESCPVDAIV ETPNVEYATE T REELLYNK ...文字列:
SAINIYAGGS AAAAPPAGFR IHRPATWEES EEGALSKATK YFLLAEMFRG LYVVLEQFFR APYTIYYPFE KGPVSPRFRG EHALRRYPS GEERCIACKL CEAICPALAI TIDAEERIDG SRRTTKYDID MTKCIYCGYC QESCPVDAIV ETPNVEYATE T REELLYNK EKLLANGDKW ELELQYALDA DAPYR

+
分子 #10: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: (FME) is in the polypeptide sequence / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 20.793111 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
(FME)MYLTYYFIE ITIFLAILCT IFIISAKNPM VSILYMIALF VIAAMYLYLI GLGIFSLLYI MIYIGAIAVL FLFIIT LLD INSTELSVKS NIRDLPLVLI SLIVLTISGL MIYSNDSILI NKLLEAFGND YNTIITQDWF NIENTTLLTT IGNVLLT NN AFILLVLAIV LLLGIIGPIS ITMKHKE

+
分子 #11: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 詳細: (FME) is in the polypeptide sequence / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.84386 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
(FME)FIGTIILVL SFLGFVFNRR NIILAFICLE TMLLGINLIL LRNSVLFDDI SGSLFAIVII ILAGVESAIG LSLLVS YYR LRGVINSYGI

+
分子 #12: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12
詳細: ligands (PLC)(3PE)(3PE)(3PE)(3PE) are not in the polypeptide sequence (FME) is in the polypeptide sequence
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 73.768703 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: (FME)YNAISLIII LPCISWLFPL FFGRQLGYVF VTRMTSTLII ITTLITYYYF YQLLGNNNPI NLELFNYLNI DYLDIN YNF EIDALTITML LAITTISSMV HIYSIGYMET DPHQVRFFSL LSMFTFWMII LVTGSNYFVL FVGWEFIGVT SYLLISF WV ...文字列:
(FME)YNAISLIII LPCISWLFPL FFGRQLGYVF VTRMTSTLII ITTLITYYYF YQLLGNNNPI NLELFNYLNI DYLDIN YNF EIDALTITML LAITTISSMV HIYSIGYMET DPHQVRFFSL LSMFTFWMII LVTGSNYFVL FVGWEFIGVT SYLLISF WV TRLQAMKSAL SAVLMNRFGD AFFVLGLCVI AYVFGTLNYS TIFATAYLIN TDLLVLIMLA LFIAAMAKSA QFGLHNWL T LAMEGPTPVS SLLHAATLVT AGIYLLLRSA NILEYTPTVL FIILWIGALT TLSAGLIAIC SNDLKRIIAL STMSQLGMM TIAIGLSAYN LALFHLLGHA FFKALLFMSA GSIIHSILNE SQDIRTYGGL LSYLPYTYIC ITIASLSLMA MPGLTGYYTK DIIIESTYG SYSISNYVVY WIAYLSAVLT CVYSMKILYL TFYSNPNNNT ITYYNAHESN IYITLPMFIL AIFAMFAGWI L KDIYLGVG TDFVGTHILP NNFSYFDTEF SITQFYKLLP LISAILVSIL IVVLNEFFAI VFNLNNKYIN TVYSIFNQKL VS DQILNHF IIFKGLVTSG NIAHHVDKGS LYRLGPVGIN RLLNKASYNV INLSSNTRSS LSMNSMLILI TIVSLLLLVL VMN VNFIIV IPVLISILYI LFS

+
分子 #13: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13
詳細: ligands (CDL)(PLC)(PLC)(3PE)(LMT)(3PE) are not in the polypeptide sequence (FME) is in the polypeptide sequence
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 54.534652 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: (FME)FLTSILLSS LYLFNRILAW QGNVKHFYLF ASNLLLLFIV VLYINFNTFS NSFQFNFELF NSLNPFGLSN SDISNG LLF GIDGLSLTFI LLTVLLIPLT LLGNWYNINF NSNLYYTLVL AIGLVILLNF WALDYISFYI LFEATLPLLF ILIHIYG SS ...文字列:
(FME)FLTSILLSS LYLFNRILAW QGNVKHFYLF ASNLLLLFIV VLYINFNTFS NSFQFNFELF NSLNPFGLSN SDISNG LLF GIDGLSLTFI LLTVLLIPLT LLGNWYNINF NSNLYYTLVL AIGLVILLNF WALDYISFYI LFEATLPLLF ILIHIYG SS DSERASFYVL MFTLSGSLFM LLSIVVISIV LNTTNFINHN LFVLSLDLQT IIWLGLFIAI MVKTPLFPIH VWLPVVHS E SPLAGSMILA GLILKLALYA ILRLLLPLLC EAQILYTPMI YIISLLTIIL TSLATLRQID LKVIIAYSSI SHMGIAILG VCSNTSLGIY GSIVLGVAHG FVSPALFLIV GGILYDRYHI RIVNYYKGLT TYMPQLATYI IILSFANIGT PLTGNFTGEF LSLQGGFIR NPIIGGISCI SVLLAAIYQL KLTNKLTGGI SSIYMHRTND VTIREKFIMN ILIISTLIIG ICPQIMYNLL Y WTVNNYIY II

+
分子 #14: NADH dehydrogenase subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14
詳細: ligands (PLC)(PLC)(3PE) are not in the polypeptide sequence (FME) is in the polypeptide sequence
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 53.381367 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: (FME)LILAIISLI TFVSMSKLSD NRAIIRLINI YLILVLVLDS FLYLLFLNNQ TYTVMGELLI FNSFTFYIDM LIYFIM IVI SSLYGYNLYN NNLYKTLFEP KKELIILFLI NILGALLIVH SNDFITLFVA IELQSYSIYL ITAIYNSSYK ASKASML YF ...文字列:
(FME)LILAIISLI TFVSMSKLSD NRAIIRLINI YLILVLVLDS FLYLLFLNNQ TYTVMGELLI FNSFTFYIDM LIYFIM IVI SSLYGYNLYN NNLYKTLFEP KKELIILFLI NILGALLIVH SNDFITLFVA IELQSYSIYL ITAIYNSSYK ASKASML YF FMGGILSILI AYSINTYYSV LNSYTLHSLD SLIINTLDLN LILIALSLGL LFKIGIAPLH KWLISIYENT PILITIYI S LIPKISILSY LVLSNISINS LVISILAILT LLVGSVGGLL QIKIKRLLAF SGLTNAGYMM LLLLLNNNEF SYLYYITQY SISHLAIFMI IIFSIYYINY INNQYNPIIY VNQLKGLIHD NAYLVLSMAI VVFSFIGIPP LLGFFGKLNI LMSILNNGYY FISIVLIVA SLISALYYLY LLNVSIQDKN NILINSNETV SSVLSYILSS LIILITFGFI YNSLIIDIFN VYFN

+
分子 #15: Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: (CDL) is not in the polypeptide sequence / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 18.588209 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MSSSTPLVKT SVNYSYGDYP LIDADPHFKR VVGYMRPSDY GVIGLATAAL PAGICFAEWL DPVKGKFARP SVKFLRVATM LGFAVGFGA AYARSSLRFF GVTENAREYK KDEAQMAARK AAGLEPYGTS SLTPELQEIA AKNSAHSIAG LFIFPWFNFV N HPYHGREQ K

+
分子 #16: Epimerase domain-containing protein

分子名称: Epimerase domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: (NDP) is not in the polypeptide chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 40.488949 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: MNSFENLAQD VNITRSGKTL IAKGTGGRSS RTGYTATVFG ANGFLGSYLT AKLAKHGTTV VVPYREEMAK RHLKVTGDLG VVNFLEMDL RNLESIDEAV RHSDIVVNLI GREYETKNFN YYDVHVEGAR RIAEAVKKHN IARYIHVSAF NAEIDSPSEF N HTKGLGEQ ...文字列:
MNSFENLAQD VNITRSGKTL IAKGTGGRSS RTGYTATVFG ANGFLGSYLT AKLAKHGTTV VVPYREEMAK RHLKVTGDLG VVNFLEMDL RNLESIDEAV RHSDIVVNLI GREYETKNFN YYDVHVEGAR RIAEAVKKHN IARYIHVSAF NAEIDSPSEF N HTKGLGEQ VTKDIVPWAT IVRPAPMFGR EDKWFLDRMA RSPCLVSANK FQETSNPVHV IDVAAALERI CFDDSTVAQT FE LYGPQKF TQKQIIDMVS ETLRKEVRHI ELPKALYQAY TKATQAIWWP TYSPDQVERQ FLSQKIDPSA KTFNDLDLTP MEL PDLMFK LIRPYRVNTF QHDVSQLENK EKTFVHILD

+
分子 #17: Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 18.65608 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MLSRSLRQLS QPSVRSFATS ARLLQKKDVP EVGVNLDNVP AHEIVSGAPA ELSRNRVVRI YQQAKPATQS GEYGTFAWRL DWDIVDVAN RWENDLIGWQ SSGDYMQATQ MKFTSKESAI KFANKQGWDF YIQEPHHRKF RVKQYANNFV HSYGKLKHIR T K

+
分子 #18: zf-CHCC domain-containing protein

分子名称: zf-CHCC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 詳細: (ZN) is not in the polypeptide chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 13.133609 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
KSIISYNGNT IEIPEEYTKQ APNRDSTWAP AQASKTEIYK NNMVRFEQKD LSKQPMPYAG IELIAQQPVR FVHGNTAVCD GANHNGPGA QGHPKIFINV DAPGSHACQY CGTRYEKEH

+
分子 #19: Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.621051 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MSAALREIRF HLCQNGSSSA PLRQFVKNQI GAFQKANPST KVLVREANGV KPIVFARFDH GHESKIGLDV SSEKEVAERV KSLIEAK

+
分子 #20: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 詳細: (EHZ) is not in the polypeptide chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 8.821807 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
RPDAEKRIAA VLESFDKISN PAAITPTASF AKDLNLDSLD TVEVVVAIEE EFGIEIPDKE ADEIKSVNQA VEYILAQPDA K

+
分子 #21: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: (EHZ) is not in the polypeptide chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.533592 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
SSAHVLTKDM IQERIVALLE SFDKVNDAKN ITATANLTSD LGLDSLDVVE VVMAIEEEFG LEIPDHDADE IKTVQQAIDY VSAQPAAV

+
分子 #22: Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 16.65792 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MRYTQLLRNV SKGVQKSGQS VLVQMREGTP IGLTGIYQHP NPRPALIALY EATLKELQDK HPKDSVYRQS IENLTAHRKQ IVEDNEVSE VIENKIGAGL IEEVVIQAHE ELELAKKMSE WKPWEELEEK PLEDQWVYFN KKGVE

+
分子 #23: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 14.778818 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MAIIATAFAE TVKFSGSKQE LQKRTLALYR QFLRGAPTFA DLYEVQFSIP TIRTKIRQEF ERHRFVDDLS IQNVLYAKGH MEYQECINF WKQQAQFLKY FPEEDDIQGR HQPSNFVDKF LKNRA

+
分子 #24: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 19.355197 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MPREAAAHWV PFEDKANMPD NVPDVVEVGA TSAPLLSASY FIGAKCKPYN DDFMLCREES QGSGAIDCLK EGRRVTRCAV SVIEDINKS CLDEFRLHWQ CLEQNNHQLS GCRKAEALLN KCVFTKLNLE KKIPGLRPDE EPVFLKKDPW IKPAVDDFKS V RAYAEAKK NGTL

+
分子 #25: Complex I-B14.7

分子名称: Complex I-B14.7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / 詳細: (LMT) is not in the polypeptide chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 18.966498 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
HFHPYNTLGL ATQSAMVGLG AGVVAAAARN SLATGPRNIL TTFSKSGGVV TIFTGASIAY VFTYCSAANL RERKDGWNHM WAGAATGAV LGARTKLVPA FIGWTVLCGA ACGLFGWTGA RFNADRKASL EQSPKGFVQE DAHQTFWEVV HRRPLSLTVE Q LGEGRGIN AVPIATATEA PN

+
分子 #26: GRIM-19

分子名称: GRIM-19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / 詳細: ligands (CDL)(3PE) are not in the polypeptide chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 13.981233 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
PSVGQDLPPV GGYEPVQWRR NLPARGFRPL VYLAALCGIC GYGFYRALGG IQERRELKRE KLWARIYLMP LLQAEEDRQT VRRSIAQLE REKEIMKGTG FDVDKSVYND GKFHAPALMI PPK

+
分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / 詳細: Ligand (CDL) is not in the polypeptide chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.675043 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
AIPFEALLPY GIIFGLLTAG GGAMQVLHVY RNGGVRDRFA IDQWDSQMME RDLRLNGGQG RKQVDQATAP EAFKHNHVWK SERPLI

+
分子 #28: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28
詳細: ligands (CDL)(3PE)(3PE) are not in the polypeptide chain
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 8.992229 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MINANPGFWN GPFRYLRWSA HNRPHLFFAF AIGIAGPVAA LTLTPLRRKY LYPDHSPLPQ SYPLPQRARE QLTGFDDE

+
分子 #29: Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 19.772525 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MLPGGPVPVF KKYTVGSKGI WEKLRVLLAI APNRSTGNPI VPLYRVPTPG SRPEANVYQD PSSYPTNDIA ENPYWKRDHR RAYPQTAFF DQKTVTGLLE LGSEATPRIA DGEAGTKALA NIANGGVSFT QALGKSSKDV IYGEVLTVNG LPPVAPTLAP K QWKIIEGE AAIYPKGYPC RTFH

+
分子 #30: subunit NEBM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I...

分子名称: subunit NEBM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) [Yarrowia lipolytica]
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 7.928171 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
ALFTSLVGAS GLGFATKFLS NKIRLKPAGY YPLGYVFSGV AWAGLGLVLH NVHQHSLEVL EKKKTALSEQ RTE

+
分子 #31: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 10.035651 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MTAAGISLTG GRNRCFSEWQ SFMHCTAKTD AKSRAQCLPN FEDYMECLHH TKEKARLREI ESVLKQKKEG LEAPPVKVIP VKAIGLVEE

+
分子 #32: Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 16.175141 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MSSSLYRVLR NAWEVGPRSY WKQLNSIGDT KSGRLVGTDI YGNKFYETDH QDEIHLRTRY VEYKEKDYDM SQVEPGWHFW LGYGVDTAP CNTPKEKLPI RAYPYKFQPN YTGTPGAFVT YNTLKPKISA WEPVTKQRS

+
分子 #33: Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 28.479941 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: MLKLHYRNFI TAQHSTTNTT PTMIASVCKR AGLRAGPRAY PGVRQFALRA YNEEKELALK QRLSQLPPPG KAFVTAEGEP RPAKEAELA ELAEIAALYK TDRVGILDIL LLGNKHARLY RDNTALLKDY YYNGRRILDK IPVKDKQTGK VTWEIKREGA E KEDWVNQM ...文字列:
MLKLHYRNFI TAQHSTTNTT PTMIASVCKR AGLRAGPRAY PGVRQFALRA YNEEKELALK QRLSQLPPPG KAFVTAEGEP RPAKEAELA ELAEIAALYK TDRVGILDIL LLGNKHARLY RDNTALLKDY YYNGRRILDK IPVKDKQTGK VTWEIKREGA E KEDWVNQM YFLYAPSLIL LLIVMVYKSR EDITFWAKKE LDQRVLDKHP EINDAPENER DALIVERIIA GDYDKLASLQ KK ATPTPAT LI

+
分子 #34: subunit NUNM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: subunit NUNM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 15.818789 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MLRHTVRATQ TLRQARNVRF GSHGHGPELT PAVPFFQPYV LKWAGVSLGL VAFYQFNSSY EAKNGHTWVE TFFHPKSRED ILNEEAKIV QALNNQRELT IKMHELKREE KDYAHSYSPL FSDPVPQGGS IGKAPGSSRE

+
分子 #35: Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.793966 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MGGGRYPFPK DVISMTGGWW ANPSNWKLNG LFATGIAVGL ALWVSTATLP YTRRREGITS ESDISKWNAA AGVWRERHGK ISTGEAAES E

+
分子 #36: Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 7.807067 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MAGHHTNYKW NGPLPRPHVS AGHRIATKFL GATMFFWMFL RIKEEYPAML GLHNFYPPKE GEKAVEH

+
分子 #37: Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 6.948902 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MAPQLKDPWA RREAWRYQTN FTRANRFKGA APGFGIAVVA FGAYLAAEKF LFEKKDDHHH

+
分子 #38: Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 17.328523 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MLSRRAVTML RSPVARVAQV QVRGIRASFD KAEEPMLGDY PDIDPFPAQL KNPYKKYDDQ QDRRNLEEPL SVNDDLYDMW SPDRFTHFK NQDALKYFIG FLTIFFGASY VATYFVPEKA AIPREFPYEG LWKESGGTEK SKAFFGQRSE

+
分子 #39: Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 10.494885 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MVELKPSSAI QRGPLNKGGW DAPHALHNDG AIDRYAHWRT FYQERFKYTR ATGKSTLIFL VAFPALIGYV AYQSEGLFEF AGKRRGESV TTRG

+
分子 #40: Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 12.90287 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MSHPVPFSAA NKKLVTSMYR QSLKLARNWI SNRQLFRQKA VEIRHKFDQN AQISNPRLLA RTLDETRAHL YEFRHPDPIV PPSFPGGTK YERNVPPRME KIMQHNLYEP

+
分子 #41: Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 11.219027 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MAEFPPLLSQ EDMKKHKILL AYRDRCAALL VPLNECRKKN YYMPWACGHE RHEYEMCEVA DFQRRVKAMD KLKAEKIEQA KAAAAAAAA AAAADAEESK

+
分子 #42: Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 11.039276 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列:
MSEHQRPELV SFDDINYNDH KKVREAQESY TREQFIRLEA LKTVRKALEK CYEESGPNHF EDCKNLAEQY LDMLPTHRLQ GYLGYQRND PSK

+
分子 #43: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 6 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

+
分子 #44: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #45: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #46: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 5 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #47: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 13 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #48: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 5 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #49: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 1 / 式: NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

+
分子 #50: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #51: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butan...

分子名称: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate
タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 2 / 式: EHZ
分子量理論値: 584.703 Da
Chemical component information

ChemComp-EHZ:
~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate

+
分子 #52: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.45
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 90 sec. / 詳細: PEG-thiol treated
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2241 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: -2.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: -1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 110787 / 詳細: Post manual curation of Relion auto-pick
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
詳細: Low-pass filtered (60 angstroms) in-house map from previous work
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 21013
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Initial 2D classification to remove junk before the same in 3D classification.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Using Relion solvent-flattened 3D refinement
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Grouped good classes
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6yj4

得られたモデル

PDB-7b0n:
A 3.7-angstrom structure of Yarrowia lipolytica complex I with an R121M mutation in NUCM.

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る