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万見
- EMDB-11967: Human nuclear pore complex in HIV-1 infected T cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11967
タイトルHuman nuclear pore complex in HIV-1 infected T cells
マップデータHuman Nuclear Pore Complex from HIV-1 infected T cells
試料
  • 複合体: Nuclear pore complex from HIV-1 infected T cells
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 37.0 Å
データ登録者Margiotta E / Beck M
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Cone-shaped HIV-1 capsids are transported through intact nuclear pores.
著者: Vojtech Zila / Erica Margiotta / Beata Turoňová / Thorsten G Müller / Christian E Zimmerli / Simone Mattei / Matteo Allegretti / Kathleen Börner / Jona Rada / Barbara Müller / Marina ...著者: Vojtech Zila / Erica Margiotta / Beata Turoňová / Thorsten G Müller / Christian E Zimmerli / Simone Mattei / Matteo Allegretti / Kathleen Börner / Jona Rada / Barbara Müller / Marina Lusic / Hans-Georg Kräusslich / Martin Beck /
要旨: Human immunodeficiency virus (HIV-1) remains a major health threat. Viral capsid uncoating and nuclear import of the viral genome are critical for productive infection. The size of the HIV-1 capsid ...Human immunodeficiency virus (HIV-1) remains a major health threat. Viral capsid uncoating and nuclear import of the viral genome are critical for productive infection. The size of the HIV-1 capsid is generally believed to exceed the diameter of the nuclear pore complex (NPC), indicating that capsid uncoating has to occur prior to nuclear import. Here, we combined correlative light and electron microscopy with subtomogram averaging to capture the structural status of reverse transcription-competent HIV-1 complexes in infected T cells. We demonstrated that the diameter of the NPC in cellulo is sufficient for the import of apparently intact, cone-shaped capsids. Subsequent to nuclear import, we detected disrupted and empty capsid fragments, indicating that uncoating of the replication complex occurs by breaking the capsid open, and not by disassembly into individual subunits. Our data directly visualize a key step in HIV-1 replication and enhance our mechanistic understanding of the viral life cycle.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cone-shaped HIV-1 capsids are transported through intact nuclear pores
著者: Zila V / Margiotta E
履歴
登録2020年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月17日-
マップ公開2021年2月17日-
更新2021年3月3日-
現状2021年3月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11967.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11967.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human Nuclear Pore Complex from HIV-1 infected T cells
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.8 Å/pix.
x 144 pix.
= 1987.2 Å		13.8 Å/pix.
x 144 pix.
= 1987.2 Å		13.8 Å/pix.
x 144 pix.
= 1987.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.30114084 - 0.52442425
平均 (標準偏差)0.002434907 (±0.035874195)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 1987.2001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z13.813.813.8
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1987.2001987.2001987.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.3010.5240.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nuclear pore complex from HIV-1 infected T cells

全体名称: Nuclear pore complex from HIV-1 infected T cells
要素
  • 複合体: Nuclear pore complex from HIV-1 infected T cells

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超分子 #1: Nuclear pore complex from HIV-1 infected T cells

超分子名称: Nuclear pore complex from HIV-1 infected T cells / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: RPMI 1640 medium with GlutaMAX
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310.15 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 4.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 37.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 90
抽出トモグラム数: 250 / 使用した粒子像数: 99
CTF補正詳細: novaCTF (Turonova et al., 2017)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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