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- EMDB-11953: SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (Stat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11953
タイトルSARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 1) - Composite Map
マップデータComposite map of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with mono-DARPin #3 (State 1) - DeepEMhancer sharpened.
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 1)
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
    • 複合体: Monovalent DARPin R2
      • タンパク質・ペプチド: monovalent DARPin R2
生物種Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Synthetic construct (人工物) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Hurdiss DL / Drulyte I
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Other private スイス
引用ジャーナル: Nat Biotechnol / 年: 2022
タイトル: The trispecific DARPin ensovibep inhibits diverse SARS-CoV-2 variants.
著者: Sylvia Rothenberger / Daniel L Hurdiss / Marcel Walser / Francesca Malvezzi / Jennifer Mayor / Sarah Ryter / Hector Moreno / Nicole Liechti / Andreas Bosshart / Chloé Iss / Valérie Calabro ...著者: Sylvia Rothenberger / Daniel L Hurdiss / Marcel Walser / Francesca Malvezzi / Jennifer Mayor / Sarah Ryter / Hector Moreno / Nicole Liechti / Andreas Bosshart / Chloé Iss / Valérie Calabro / Andreas Cornelius / Tanja Hospodarsch / Alexandra Neculcea / Thamar Looser / Anja Schlegel / Simon Fontaine / Denis Villemagne / Maria Paladino / Dieter Schiegg / Susanne Mangold / Christian Reichen / Filip Radom / Yvonne Kaufmann / Doris Schaible / Iris Schlegel / Christof Zitt / Gabriel Sigrist / Marcel Straumann / Julia Wolter / Marco Comby / Feyza Sacarcelik / Ieva Drulyte / Heyrhyoung Lyoo / Chunyan Wang / Wentao Li / Wenjuan Du / H Kaspar Binz / Rachel Herrup / Sabrina Lusvarghi / Sabari Nath Neerukonda / Russell Vassell / Wei Wang / Julia M Adler / Kathrin Eschke / Mariana Nascimento / Azza Abdelgawad / Achim D Gruber / Judith Bushe / Olivia Kershaw / Charles G Knutson / Kamal K Balavenkatraman / Krishnan Ramanathan / Emanuel Wyler / Luiz Gustavo Teixeira Alves / Seth Lewis / Randall Watson / Micha A Haeuptle / Alexander Zürcher / Keith M Dawson / Daniel Steiner / Carol D Weiss / Patrick Amstutz / Frank J M van Kuppeveld / Michael T Stumpp / Berend-Jan Bosch / Olivier Engler / Jakob Trimpert /
要旨: The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants with potential resistance to existing drugs emphasizes the need for new therapeutic modalities with broad ...The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants with potential resistance to existing drugs emphasizes the need for new therapeutic modalities with broad variant activity. Here we show that ensovibep, a trispecific DARPin (designed ankyrin repeat protein) clinical candidate, can engage the three units of the spike protein trimer of SARS-CoV-2 and inhibit ACE2 binding with high potency, as revealed by cryo-electron microscopy analysis. The cooperative binding together with the complementarity of the three DARPin modules enable ensovibep to inhibit frequent SARS-CoV-2 variants, including Omicron sublineages BA.1 and BA.2. In Roborovski dwarf hamsters infected with SARS-CoV-2, ensovibep reduced fatality similarly to a standard-of-care monoclonal antibody (mAb) cocktail. When used as a single agent in viral passaging experiments in vitro, ensovibep reduced the emergence of escape mutations in a similar fashion to the same mAb cocktail. These results support further clinical evaluation of ensovibep as a broad variant alternative to existing targeted therapies for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19).
履歴
登録2020年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_11953.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11953.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with mono-DARPin #3 (State 1) - DeepEMhancer sharpened.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 418. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 418. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 418. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.107
最小 - 最大-0.002598876 - 1.9622545
平均 (標準偏差)0.0012244559 (±0.023794325)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 417.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Focused map of a single receptor binding domain...

ファイルemd_11953_additional_1.map
注釈Focused map of a single receptor binding domain in complex with mono-DARPin #3 - DeepEMhancer sharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 1)

全体名称: SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 1)
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 1)
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
    • 複合体: Monovalent DARPin R2
      • タンパク質・ペプチド: monovalent DARPin R2

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超分子 #1: SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 1)

超分子名称: SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 1)
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 464 KDa

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超分子 #2: SARS-CoV-2 spike glycoprotein

超分子名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
株: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (Wuhan-Hu-1)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK-293T

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超分子 #3: Monovalent DARPin R2

超分子名称: Monovalent DARPin R2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein

分子名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
株: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (Wuhan-Hu-1)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYT NSFTRGVYYP D KVFRSSVL HSTQDLFLPF FS NVTWFHA IHVSGTNGTK RFD NPVLPF NDGVYFASTE KSNI IRGWI FGTTLDSKTQ SLLIV NNAT NVVIKVCEFQ FCNDPF LGV YYHKNNKSWM ESEFRVY SS ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYT NSFTRGVYYP D KVFRSSVL HSTQDLFLPF FS NVTWFHA IHVSGTNGTK RFD NPVLPF NDGVYFASTE KSNI IRGWI FGTTLDSKTQ SLLIV NNAT NVVIKVCEFQ FCNDPF LGV YYHKNNKSWM ESEFRVY SS ANNCTFEYVS QPFLMDLE G KQGNFKNLRE FVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDL PIGINITRFQ T LLALHRSY LTPGDSSSGW TA GAAAYYV GYLQPRTFLL KYN ENGTIT DAVDCALDPL SETK CTLKS FTVEKGIYQT SNFRV QPTE SIVRFPNITN LCPFGE VFN ATRFASVYAW NRKRISN CV ADYSVLYNSA SFSTFKCY G VSPTKLNDLC FTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGKIAD YNYKLPDDF TGCVIAWNSN N LDSKVGGN YNYLYRLFRK SN LKPFERD ISTEIYQAGS TPC NGVEGF NCYFPLQSYG FQPT NGVGY QPYRVVVLSF ELLHA PATV CGPKKSTNLV KNKCVN FNF NGLTGTGVLT ESNKKFL PF QQFGRDIADT TDAVRDPQ T LEILDITPCS FGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQDVNCTEV PVAIHADQL TPTWRVYSTG S NVFQTRAG CLIGAEHVNN SY ECDIPIG AGICASYQTQ TNS PAAARS VASQSIIAYT MSLG AENSV AYSNNSIAIP TNFTI SVTT EILPVSMTKT SVDCTM YIC GDSTECSNLL LQYGSFC TQ LNRALTGIAV EQDKNTQE V FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLA DAGFIKQYGD C LGDIAARD LICAQKFNGL TV LPPLLTD EMIAQYTSAL LAG TITSGW TFGAGAALQI PFAM QMAYR FNGIGVTQNV LYENQ KLIA NQFNSAIGKI QDSLSS TAS ALGKLQDVVN QNAQALN TL VKQLSSNFGA ISSVLNDI L SRLDPPEAEV QIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKM SECVLGQSKR V DFCGKGYH LMSFPQSAPH GV VFLHVTY VPAQEKNFTT APA ICHDGK AHFPREGVFV SNGT HWFVT QRNFYEPQII TTDNT FVSG NCDVVIGIVN NTVYDP LQP ELDSFKEELD KYFKNHT SP DVDLGDISGI NASVVNIQ K EIDRLNEVAK NLNESLIDL LIKGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLS TFLIKLVPRG S LEWSHPQF EK

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分子 #2: monovalent DARPin R2

分子名称: monovalent DARPin R2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MRGSHHHHHH GSDLGKKLLQ AARAGQLDEV RELLKAGADV NAKDREGKTP LHVAAQEGHL EIVEVLLKAG ADVNAKDVWG RTPLHLAAWI GHLEIVEVLL KAGADVNAKD VSGATPLHAA ALHGHLEIVE VLLNAGADVN AQDKSGKTPA DLAARAGHQD IAEVLQKAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Data collected with a 30 degree stage tilt.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3024 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 123833
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

21457

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 46762
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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