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- EMDB-11877: Cryo-EM structure of Polytomella Complex-I (membrane arm) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11877
タイトルCryo-EM structure of Polytomella Complex-I (membrane arm)
マップデータ
試料
  • 複合体: Polytomella complex I - Membrane arm
    • タンパク質・ペプチド: x 35種
  • リガンド: x 5種
生物種Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Klusch N / Kuehlbrandt W / Yildiz O
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2021
タイトル: A ferredoxin bridge connects the two arms of plant mitochondrial complex I.
著者: Niklas Klusch / Jennifer Senkler / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two ...Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two arms, which form a conserved L-shape. We report the structures of the intact, 47-subunit mitochondrial complex I from Arabidopsis thaliana and the 51-subunit complex I from the green alga Polytomella sp., both at around 2.9 Å resolution. In both complexes, a heterotrimeric γ-carbonic anhydrase domain is attached to the membrane arm on the matrix side. Two states are resolved in A. thaliana complex I, with different angles between the two arms and different conformations of the ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) loop near the quinol binding site. The angle appears to depend on a bridge domain, which links the peripheral arm to the membrane arm and includes an unusual ferredoxin. We propose that the bridge domain participates in regulating the activity of plant complex I.
履歴
登録2020年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2021年12月8日-
現状2021年12月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ar9
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11877.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11877.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.045768026 - 0.08298486
平均 (標準偏差)5.8371395e-05 (±0.0013974007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 502.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8370.8370.837
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z502.200502.200502.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0460.0830.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11877_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11877_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Polytomella complex I - Membrane arm

全体名称: Polytomella complex I - Membrane arm
要素
  • 複合体: Polytomella complex I - Membrane arm
    • タンパク質・ペプチド: ND3
    • タンパク質・ペプチド: ND1
    • タンパク質・ペプチド: ND6
    • タンパク質・ペプチド: ND4L
    • タンパク質・ペプチド: ND5
    • タンパク質・ペプチド: ND4
    • タンパク質・ペプチド: ND2
    • タンパク質・ペプチド: C1-FDX
    • タンパク質・ペプチド: SDAP1
    • タンパク質・ペプチド: PGIV
    • タンパク質・ペプチド: B14.7
    • タンパク質・ペプチド: B16.6
    • タンパク質・ペプチド: MWFE
    • タンパク質・ペプチド: B9
    • タンパク質・ペプチド: KFYI
    • タンパク質・ペプチド: B14.5b
    • タンパク質・ペプチド: 15 kDa
    • タンパク質・ペプチド: MNLL
    • タンパク質・ペプチド: ESSS
    • タンパク質・ペプチド: NUOP4
    • タンパク質・ペプチド: NUOP5
    • タンパク質・ペプチド: AGGG
    • タンパク質・ペプチド: B12
    • タンパク質・ペプチド: ASHI
    • タンパク質・ペプチド: B15
    • タンパク質・ペプチド: B22
    • タンパク質・ペプチド: B18
    • タンパク質・ペプチド: PDSW
    • タンパク質・ペプチド: NUOP7
    • タンパク質・ペプチド: NUOP8
    • タンパク質・ペプチド: unknown
    • タンパク質・ペプチド: unknown
    • タンパク質・ペプチド: CAL
    • タンパク質・ペプチド: CA2
    • タンパク質・ペプチド: CA3
  • リガンド: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINEホスファチジルエタノールアミン
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Polytomella complex I - Membrane arm

超分子名称: Polytomella complex I - Membrane arm / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)

+
分子 #1: ND3

分子名称: ND3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 17.8286 KDa
配列文字列:
MQKRTLYNAM TPAQRYFVEG EHVVQAEANR DILFTQLDSN SYLPVLHYVL VGTALGVVFL VLPLLIAPAR VDLDKISAYE CGFDAFGEA RETFSVSFYI VSIMYLLFDI EVVYLIPYVM TNATEYMYWV MQTFVAILVG GFFYEWRMGA LEWRE

+
分子 #2: ND1

分子名称: ND1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 31.829836 KDa
配列文字列: MNLNIIMTVL PLLVSVAFLT LSERAVMGSL QRRMGPAVSG AFGILQPFWD GFKLAVKEPI LPANAAAGIF YAAPLICICI CVASWCTLL LTDLSIGGLF LLLLSSLAVY GVLLAGYSCN SKYAFLGCLR SVSLMISYEL VISVVILCVI LETRDGNGFP C LNLTETAS ...文字列:
MNLNIIMTVL PLLVSVAFLT LSERAVMGSL QRRMGPAVSG AFGILQPFWD GFKLAVKEPI LPANAAAGIF YAAPLICICI CVASWCTLL LTDLSIGGLF LLLLSSLAVY GVLLAGYSCN SKYAFLGCLR SVSLMISYEL VISVVILCVI LETRDGNGFP C LNLTETAS QTKIILIPAG LLFYICSLAE SKRVPFDLPE AEAELVAGYN VEYSSLGFAV FFVAEYGNTL LMAALINIYF LG KLNSALI AAIFVSFIWV RGTLPRYRYD MFMQIGWKSL LPVALALYLA QASLGY

+
分子 #3: ND6

分子名称: ND6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 15.938104 KDa
配列文字列:
MLLIYIMLSN IVVLALSVVL TSSPFMALMY SILLYLNVQT ILWSLGYDFM ALIYALVYVG ALAVLFLFVV MMVRIQVSTL STKTIQSVL SWLAIILIFS YGDVSFSFPC GAESLLNFGT QLYSSCSDLT LLNSLALTIA LFGSLV

+
分子 #4: ND4L

分子名称: ND4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 13.836075 KDa
配列文字列:
MLSSVVAPQQ PLSIAQPFAV RGYHNDAEFL GAVYNFSIRS VFITGILGAV YWRRNLITML LCSEIAFIAC SVNFLYASAY LNDMAGMLF SITITTISAC ETALGLALCV GYFQSRAANE VEALNLLK

+
分子 #5: ND5

分子名称: ND5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 58.317352 KDa
配列文字列: MFLLAVYFLF FSAIANGFFG RYLGVRGSQL LGPSALFLAL LCSGTIFYEV CIQGCSTNIK LFENFVYSNE LNVSASFLYD PLAATMTLT VVWISCAVHA YQNLYMRGDG SQTLFTSYLS AFTGFMLILV AGQNLVMLFI GWEGIGVCSY LLIGYYGSRV S AVKSANKS ...文字列:
MFLLAVYFLF FSAIANGFFG RYLGVRGSQL LGPSALFLAL LCSGTIFYEV CIQGCSTNIK LFENFVYSNE LNVSASFLYD PLAATMTLT VVWISCAVHA YQNLYMRGDG SQTLFTSYLS AFTGFMLILV AGQNLVMLFI GWEGIGVCSY LLIGYYGSRV S AVKSANKS LIVNKISDGF LLGSMLYLWF YTGSFSYCSL ATFQIPDVVS ILVLLGAIGK SSQLFFHVWL ADAMEGPTPV SA LIHAATL VTAGIYVLCK LNLHSQSAVG ILGAATALMG GLFGLAANDL KRVIAFSTCS QLGYMMAVLS TCDDGADFAM GHL VSHAGF KATLFLSAGL SIAKENNNFL NRYGSRQGSP TLSFATTIAS LNLLGFPELG GFYSKESILN NAYINQGVSI ILTL ATFLT AFYTSKVLAQ LYLFPYGNGR QQKSFDIDAT TLICFGLLLS EMLLRIFTGS SLSQNMTTNL PAHIKNLPFW VALSG ALSG LATTNLFSSN FMRFFGNRGG FDVFYARKCS NVFYHNAYVS YTLLDRGFLK LY

+
分子 #6: ND4

分子名称: ND4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 48.407109 KDa
配列文字列: MSLYLFMLFL QPLSLSFVSR SFSKISSLMM SFATLWSAVY MWFTSNGANQ TFYQVVSWGS DWSTFGVCYT SLYISLLCAF IFPICVILV QGYRALSILI CIQTAVSLSI VSLHMLAFYA LFESSLLLFF ILIGRRKYGS LSAAYNISIY TFISALGFLI S AFWLNWSF ...文字列:
MSLYLFMLFL QPLSLSFVSR SFSKISSLMM SFATLWSAVY MWFTSNGANQ TFYQVVSWGS DWSTFGVCYT SLYISLLCAF IFPICVILV QGYRALSILI CIQTAVSLSI VSLHMLAFYA LFESSLLLFF ILIGRRKYGS LSAAYNISIY TFISALGFLI S AFWLNWSF GSVCALLPNE EANSFVAFGI FILLWVKAPL VPFHLWLPEA HVYAPTAGSV LLAGVLLKIS IVGLHVFFLP IC ASSIVKA FPLILSICLG SFIFSSFSTL KQIDLKKIVA YSSISHMAIV FLSSATNSGL GIQGAVLYCI AHGLISPGLF LLV GILYKN TNTKLVFYLR GLSQQAPVWW SVWVFFMLGN LAFPLFPNFI AEVVCLSALF KNHELYAYAF IFFSFVGTVY SSTV LGRLK GGVSSQCVDA SRLDVISWNP LVLATVVTGI GYM

+
分子 #7: ND2

分子名称: ND2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 41.939418 KDa
配列文字列: MWENLWYLDI LINVLIITIF GLISCSSSAT KSYDLKGCFI ISMVGGVYDI PSAILWCLAS LSILNFNGFF ASLFLVFTWI SNLFAMQSL NFLGIYLAFE MQSLCLLVLG KITANENQRW FAYRGLLKYL VLSLIAGSIF IFHASSSYLQ SGVMISDSLV T YVFLLFKL ...文字列:
MWENLWYLDI LINVLIITIF GLISCSSSAT KSYDLKGCFI ISMVGGVYDI PSAILWCLAS LSILNFNGFF ASLFLVFTWI SNLFAMQSL NFLGIYLAFE MQSLCLLVLG KITANENQRW FAYRGLLKYL VLSLIAGSIF IFHASSSYLQ SGVMISDSLV T YVFLLFKL GVAPFHMYTL ELFSVVSRHV AFVFSTLPKL SVLYLISNSN IGSECVWWGL ISLWLGSISQ YQSVFVRSIL LY SSVAEIG LVLLVLQEGF SWEAFSWVSI YFLSLSGVWH ANSKFVSAIS VASIAGLPPF LGFIGKAQIL KSLVSINLGI LIF SSILAA TISFIGYLRL IRLMYLVSPV KWKNNKDSSF INWSTWMLTV GTLPMVYSV

+
分子 #8: C1-FDX

分子名称: C1-FDX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 23.115135 KDa
配列文字列: MALLRALAKP LRSLQAVSSV AQVSLRQFGA ASHHDDHHDD HDHYTPPKTV FEDTITINVL DYDGKKHAVK ALIGTPLNKA LVEYGFSST YFFPNMGYYT QHISDAHVFI PEEYWKYVEN VDLKTDDAEA IKLMFKLVVQ DYQRETSFFA SYLTLNKEMD N MTIGFGPI ...文字列:
MALLRALAKP LRSLQAVSSV AQVSLRQFGA ASHHDDHHDD HDHYTPPKTV FEDTITINVL DYDGKKHAVK ALIGTPLNKA LVEYGFSST YFFPNMGYYT QHISDAHVFI PEEYWKYVEN VDLKTDDAEA IKLMFKLVVQ DYQRETSFFA SYLTLNKEMD N MTIGFGPI KPWHITPKWS FNGHHNVKDR MFDRLETGPF IE

+
分子 #9: SDAP1

分子名称: SDAP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 13.409164 KDa
配列文字列:
MALSSASSFF KAVVLRNLRV SVSQSTFVPI GNVISRAYGG HGLDRDTVTE RVIHVAKHFE KVDPNKITPT ATFEELGLDS LDTVELVMA LEEEFGLEIP DNEADKITTM ADAISYVVSN PLAK

+
分子 #10: PGIV

分子名称: PGIV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 11.758452 KDa
配列文字列:
MVARVPYSHE LYAMAKHIVF RNEKEHNAIL ECKAQHDWPE DCKPESEAIV RATNKLFQDI MQKAPEEFKD YAKCLDWYGL KFSKCREKQ AAFEAAFPLS E

+
分子 #11: B14.7

分子名称: B14.7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 22.521609 KDa
配列文字列: MTFNYVIPYG GSSSYTINNE PVKAEEVTVD FSKEPSASSL KLADKSDWIA YTFNNVPLMA TVGLLAGAHE AFLHYERTPI YGKRTYNII KKLAPIVINK TAYATLLGAI FCATDALYEN YSGKKSYTSG MVAGAATGAV FAIGRPLPQP LVWPLVFAAA P VIADLFGE ...文字列:
MTFNYVIPYG GSSSYTINNE PVKAEEVTVD FSKEPSASSL KLADKSDWIA YTFNNVPLMA TVGLLAGAHE AFLHYERTPI YGKRTYNII KKLAPIVINK TAYATLLGAI FCATDALYEN YSGKKSYTSG MVAGAATGAV FAIGRPLPQP LVWPLVFAAA P VIADLFGE VYPESMKSAR GYGTPYGFEN LDDAVPTRNP IRRNPHHY

+
分子 #12: B16.6

分子名称: B16.6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 16.261724 KDa
配列文字列:
MTEFVNRGFP GLKSIKDLPK VQDVPPPGGF PSIRIERKLP NTGPTGLAVF LGFTAFMALA VNQARDRKST NRLEAEEVYT ARSILHPIL QAEWDLRYLE HQRKEREDEA KIMKDVPGWK VGEATSRRRW LPPVESFDVR PLI

+
分子 #13: MWFE

分子名称: MWFE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 8.504547 KDa
配列文字列:
MGWYALPSYV IVSAAWAAGF WAIDTYQIYK EGKPSWNQNK DQFQRALYRR DWYLRREQET IGMFLGFDYG A

+
分子 #14: B9

分子名称: B9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 4.613678 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #15: KFYI

分子名称: KFYI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 12.554098 KDa
配列文字列:
MGGHDHHHPS VPEPPYAKYL ANKSHYCPPD FHYSREIYAP YGGYFNDPKG WRTNTAIATL VMLAGAYAVF CFGNAREERL RAPKGWIPS QLWNDNVPTP VDYRGKVLKD E

+
分子 #16: B14.5b

分子名称: B14.5b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 9.574958 KDa
配列文字列:
MGWEYAGTYG ALCGMVYAIG SNVISGRAWF RRPWVHVTSV TLSYLGSKLL DEVQDTYYLE HLKRVERKGL QVTEEHKKLF SAY

+
分子 #17: 15 kDa

分子名称: 15 kDa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 8.915221 KDa
配列文字列:
MSGFGLQSGT ARCYDWYMDY LKCMDESKAP MITLRKQECS EWLEDYNECL HRDKLKLRKL LIEREKNKQE AASSS

+
分子 #18: MNLL

分子名称: MNLL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 13.507196 KDa
配列文字列:
MTWPKPINPY DVPSSPAYHR LQEPSYPVID KDPDFWTAVS NVRKEEWGTT AAVAAGTFVM GYYLGAKGHT GKASAYFTSF LATKSITLY HAYNSADRLM GFKENSREVV KNVPAALVPE HY

+
分子 #19: ESSS

分子名称: ESSS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 19.333246 KDa
配列文字列:
MNRIPALRRI GAQALRNPVT RAGGASGHPN GSFWSEGTQV GLNGFKYGEI PLPNGQPRKK LWLENIWNIG YGGFFLGAFC LYYGAPPGH VIPSQWATPK AKDEYAVDMK MIDKYNERPD LQARLSIVLK DLNMIEEEAY DLIMMRKDYK VLLGLHSGRV P ADLKAIYE ELEA

+
分子 #20: NUOP4

分子名称: NUOP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 9.145251 KDa
配列文字列:
MAGGNYASLK ADTSMDHVFG DSTNKLNYDF QLMSSKEAFF WNYTLYPIVG FPIFLYLYQF NKLENFEAEI AAAKAAKAAS E

+
分子 #21: NUOP5

分子名称: NUOP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 15.118817 KDa
配列文字列:
MFFFEFLQGK ISDSQKEVDS QAEWYAEYDK LEKARQKRRI WKWRDSDSRD EYAINAEEPV IYIRSSLFGR TEVDPTGKNT NRNHQYLYN LKVLGHKTYT RRDPNELQKA QAEVDTLSAA GRLGPLSPF

+
分子 #22: AGGG

分子名称: AGGG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 7.42214 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #23: B12

分子名称: B12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 6.332208 KDa
配列文字列:
MSSKIGFQWE KYEAWRYHPL LRFNKNTMFP GVGLGAAAFA VYYVVDTLSG DKSHH

+
分子 #24: ASHI

分子名称: ASHI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 16.986572 KDa
配列文字列:
MSLTLGLRSL SRGALAARNA LPKRAGAGGP VKLSPPVDKP LPYNYDFWMD NGIYPGQPIY DGMFGSMVGN MSLEYMAKGW LVLLPILSA PFVYEHCIAD DVTRNPFVPR QYPSEVREFL ALFKNGFVLN DYSQPDYEEM KRRQSGLLTP IY

+
分子 #25: B15

分子名称: B15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 16.27623 KDa
配列文字列:
MSALQAVKNL TTRMRPFAFQ QIRKASNSSR IAGDTTGKYT PNIFSPETPM DRSFSHVPKN PFWEAWVFRR DNIQREFVWT WQTIFDLAT FVGGLYVAMY ATASFCSRQN DKRNGYPERN YYFSDSKSNF VIPDEREFY

+
分子 #26: B22

分子名称: B22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 14.418621 KDa
配列文字列:
MASEAVLRLP HKLRVMRMYR TGLKEIVNWS YGRHEFYPRA NALRMEFEAN KELSDREQIR KLVLHGEDLL ARFRHWEPTI RSEFVGGTV YGVWPQHCKD VKFVPNPAYI DEFKQGDTVL LY

+
分子 #27: B18

分子名称: B18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 10.292997 KDa
配列文字列:
MADRFPPPKM VATQEEMDNA DIPYKYRDYC AHLIIDFKEC RYGHPLTWRI NCAHELHHYN KCSYIEFKRR VAIAIEEKKR RGLMV

+
分子 #28: PDSW

分子名称: PDSW / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 18.43491 KDa
配列文字列:
MTTATIEERR AFHKEVLDIV QSKLANKNSE WARPEEPILH NLKSEKEEPH VYYHNNNFRV TRQLIHFEKT KIFEDELDKC MRTHGEAKY RKCQEIAKRF QASCRVASNL ERGPNARKRD VGFIYQNNKL RELEKDAKEL GLNNPFPPSS PRTTIGY

+
分子 #29: NUOP7

分子名称: NUOP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 13.476524 KDa
配列文字列:
MVKTLADYIH WRNKPSSIPP VDEYRPPVPL VNYDKLSTQF FSKLDNDPVI NRVLRAPKVT VMATSLPIVN HPAFLFVAGA LTGFSLTYA ITSHYVGRKE IENLVKFDPR YFPEYTKSS

+
分子 #30: NUOP8

分子名称: NUOP8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 15.743896 KDa
配列文字列:
MRSALRLANA TRLSTFRLTS APAVRLASPS FFVQKEDEEN TRSIHTSNSS FHDEPKHQIP GNALDNWAFL RTYAKPLPDM IHYYYYVYL FGFFFVYKVA DFPEYSPRVL VMAALIGSLF YVRRDWVHRE FKDSP

+
分子 #31: unknown

分子名称: unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 4.273259 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #32: unknown

分子名称: unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 3.507314 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #33: CAL

分子名称: CAL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 31.34842 KDa
配列文字列: MLRRGAKELV QLLRTPVKQG AQLQYVATRN VNFYDAPNGP AVEQVKIEDE WYNRQRTEFN ILNKQPSKAD DVFIAPNAVV CGDVDLYQK VSIFFGAVVR GDLNTIRIGE NSTILDKAVV HAASTSPTGL NAATIIGSNV TVEPHAVLRS CRIGDNCIVG A RSVVCEGA ...文字列:
MLRRGAKELV QLLRTPVKQG AQLQYVATRN VNFYDAPNGP AVEQVKIEDE WYNRQRTEFN ILNKQPSKAD DVFIAPNAVV CGDVDLYQK VSIFFGAVVR GDLNTIRIGE NSTILDKAVV HAASTSPTGL NAATIIGSNV TVEPHAVLRS CRIGDNCIVG A RSVVCEGA IMHPESVLAP GSVLAPGRQI PSGELWAGSP AKFVRKLTYY ETSNVIRESA EHYYDIATGF RNETFDHGSA WR DAEAYRQ KLVDYKEYNW VNYREQKYVM RLQRDAAELE KLL

+
分子 #34: CA2

分子名称: CA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 33.201867 KDa
配列文字列: MSLLKNYPPS YLYPFRHPKP EGVIEKVLFN LGSLFRSAGQ GMDELGSLML GNGGMQESVG PNLAYAPVKY NPAAAPKAGI VAPIPASAQ RVLGVKEIVL PSKAESTFIA PNANVLGDVK IGAKSSIWYG AVLRGDVNSI EIGDNTNVQD NVTIHVAKHS I DGKLRNTV ...文字列:
MSLLKNYPPS YLYPFRHPKP EGVIEKVLFN LGSLFRSAGQ GMDELGSLML GNGGMQESVG PNLAYAPVKY NPAAAPKAGI VAPIPASAQ RVLGVKEIVL PSKAESTFIA PNANVLGDVK IGAKSSIWYG AVLRGDVNSI EIGDNTNVQD NVTIHVAKHS I DGKLRNTV IGNNVTIGHC ATIHACTIAD NVIIGMGATV LDGVKVESGS IVGAGSIVPP NTVIPAGQVW VGNPAKFIRN VL PEENGFI ASSANNYDLL GQQHKFENSK VFEEMLVEEE IAKDRELLED KNLAVHQLYI FDPQTQLAAR PRR

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分子 #35: CA3

分子名称: CA3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 24.150471 KDa
配列文字列: MASFLKTIVW RCGFAIKETG LALETLGCKL QGNYSFREKC SRHTPLTQYQ FKAPSVGEST FVAPSALVSG DVIIGEKSSV LYNAVVRGE FKSVTIGEGS TISDNAYVGS SSEFSPETVI GSNVSVGSGA VLKGCTVGNN VLIGNNVIIS EKATVEDNTI L APGSYVPE ...文字列:
MASFLKTIVW RCGFAIKETG LALETLGCKL QGNYSFREKC SRHTPLTQYQ FKAPSVGEST FVAPSALVSG DVIIGEKSSV LYNAVVRGE FKSVTIGEGS TISDNAYVGS SSEFSPETVI GSNVSVGSGA VLKGCTVGNN VLIGNNVIIS EKATVEDNTI L APGSYVPE DVVVKSGELW SGSPAQKLRN LDEKELALFN TLSVGATELA ADHAVIMKLL ELKQKEFIK

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分子 #36: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5...

分子名称: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 7 / 式: PC7
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-PC7:
(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

+
分子 #37: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 7 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

+
分子 #38: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 5 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

+
分子 #39: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: 8Q1
分子量理論値: 540.651 Da
Chemical component information

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

+
分子 #40: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 364 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 42350
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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