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万見
- EMDB-11865: Tomogram of SARS-CoV-2 infected and cryo-FIB milled VeroE6 cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11865
タイトルTomogram of SARS-CoV-2 infected and cryo-FIB milled VeroE6 cells
マップデータ
試料
  • 細胞: VeroE6 cells infected with SARS-CoV-2
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Klein S / Cortese M / Winter SL / Wachsmuth-Melm M / Neufeldt CJ / Cerikan B / Stanifer ML / Boulant S / Bartenschlager R / Chlanda P
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB1129 ドイツ
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: SARS-CoV-2 structure and replication characterized by in situ cryo-electron tomography.
著者: Steffen Klein / Mirko Cortese / Sophie L Winter / Moritz Wachsmuth-Melm / Christopher J Neufeldt / Berati Cerikan / Megan L Stanifer / Steeve Boulant / Ralf Bartenschlager / Petr Chlanda /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of the COVID19 pandemic, is a highly pathogenic β-coronavirus. As other coronaviruses, SARS-CoV-2 is enveloped, ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of the COVID19 pandemic, is a highly pathogenic β-coronavirus. As other coronaviruses, SARS-CoV-2 is enveloped, replicates in the cytoplasm and assembles at intracellular membranes. Here, we structurally characterize the viral replication compartment and report critical insights into the budding mechanism of the virus, and the structure of extracellular virions close to their native state by in situ cryo-electron tomography and subtomogram averaging. We directly visualize RNA filaments inside the double membrane vesicles, compartments associated with viral replication. The RNA filaments show a diameter consistent with double-stranded RNA and frequent branching likely representing RNA secondary structures. We report that assembled S trimers in lumenal cisternae do not alone induce membrane bending but laterally reorganize on the envelope during virion assembly. The viral ribonucleoprotein complexes (vRNPs) are accumulated at the curved membrane characteristic for budding sites suggesting that vRNP recruitment is enhanced by membrane curvature. Subtomogram averaging shows that vRNPs are distinct cylindrical assemblies. We propose that the genome is packaged around multiple separate vRNP complexes, thereby allowing incorporation of the unusually large coronavirus genome into the virion while maintaining high steric flexibility between the vRNPs.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: SARS-CoV-2 structure and replication characterized by in situ cryo-electron tomography
著者: Klein S / Cortese M / Winter SL / Wachsmuth-Melm M / Neufeldt CJ / Cerikan B / Stanifer ML / Boulant S / Bartenschlager R / Chlanda P
履歴
登録2020年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービービューア
添付画像

emd_11865.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11865.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 639.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.013 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)-0.5621532 (±15.102742)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin278-278128
サイズ19201364256
Spacing13641920256
セルA: 10929.731 Å / B: 15384.959 Å / C: 2051.328 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z8.01299926686228.01299947916678.013
M x/y/z13641920256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z10929.73115384.9592051.328
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ79740
NX/NY/NZ93103213
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-278278128
NC/NR/NS13641920256
D min/max/mean-128.000127.000-0.562

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VeroE6 cells infected with SARS-CoV-2

全体名称: VeroE6 cells infected with SARS-CoV-2
要素
  • 細胞: VeroE6 cells infected with SARS-CoV-2

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超分子 #1: VeroE6 cells infected with SARS-CoV-2

超分子名称: VeroE6 cells infected with SARS-CoV-2 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 24 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 nA / 集束イオンビーム - 時間: 300 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 93 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Aquilos. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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