[日本語] English
万見
- EMDB-11858: Recombinant human p53, tetrameric state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11858
タイトルRecombinant human p53, tetrameric state
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: NT*-p53
    • タンパク質・ペプチド: NT*-p53
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / T cell lineage commitment / mitochondrial DNA repair / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of execution phase of apoptosis / Transcriptional Regulation by VENTX / replicative senescence / general transcription initiation factor binding / cellular response to UV-C / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to actinomycin D / neuroblast proliferation / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / type II interferon-mediated signaling pathway / hematopoietic stem cell differentiation / Pyroptosis / chromosome organization / viral process / embryonic organ development / somitogenesis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / glial cell proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to glucose starvation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitophagy / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of proteolysis / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / gastrulation / 14-3-3 protein binding / response to salt stress / MDM2/MDM4 family protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process / transcription repressor complex
類似検索 - 分子機能
Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family ...Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.8 Å
データ登録者Zhong X / Chen G / Kaldmae M / Koeck PJB / Lane DP / Landreh M / Johansson J
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2019-01961 スウェーデン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: A "spindle and thread" mechanism unblocks p53 translation by modulating N-terminal disorder.
著者: Margit Kaldmäe / Thibault Vosselman / Xueying Zhong / Dilraj Lama / Gefei Chen / Mihkel Saluri / Nina Kronqvist / Jia Wei Siau / Aik Seng Ng / Farid J Ghadessy / Pierre Sabatier / Borivoj ...著者: Margit Kaldmäe / Thibault Vosselman / Xueying Zhong / Dilraj Lama / Gefei Chen / Mihkel Saluri / Nina Kronqvist / Jia Wei Siau / Aik Seng Ng / Farid J Ghadessy / Pierre Sabatier / Borivoj Vojtesek / Médoune Sarr / Cagla Sahin / Nicklas Österlund / Leopold L Ilag / Venla A Väänänen / Saikiran Sedimbi / Marie Arsenian-Henriksson / Roman A Zubarev / Lennart Nilsson / Philip J B Koeck / Anna Rising / Axel Abelein / Nicolas Fritz / Jan Johansson / David P Lane / Michael Landreh /
要旨: Disordered proteins pose a major challenge to structural biology. A prominent example is the tumor suppressor p53, whose low expression levels and poor conformational stability hamper the development ...Disordered proteins pose a major challenge to structural biology. A prominent example is the tumor suppressor p53, whose low expression levels and poor conformational stability hamper the development of cancer therapeutics. All these characteristics make it a prime example of "life on the edge of solubility." Here, we investigate whether these features can be modulated by fusing the protein to a highly soluble spider silk domain (NT). The chimeric protein displays highly efficient translation and is fully active in human cancer cells. Biophysical characterization reveals a compact conformation, with the disordered transactivation domain of p53 wrapped around the NT domain. We conclude that interactions with NT help to unblock translation of the proline-rich disordered region of p53. Expression of partially disordered cancer targets is similarly enhanced by NT. In summary, we demonstrate that inducing co-translational folding via a molecular "spindle and thread" mechanism unblocks protein translation in vitro.
履歴
登録2020年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月3日-
マップ公開2021年11月3日-
更新2022年5月25日-
現状2022年5月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11858.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.9 Å/pix.
x 84 pix.
= 327.574 Å		3.9 Å/pix.
x 84 pix.
= 327.574 Å		3.9 Å/pix.
x 84 pix.
= 327.574 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.89969 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.49538314 - 2.1815689
平均 (標準偏差)0.016010623 (±0.14130303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-42-42-42
サイズ848484
Spacing848484
セルA=B=C: 327.57407 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.89969047619053.89969047619053.8996904761905
M x/y/z848484
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z327.574327.574327.574
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-42-42-42
NC/NR/NS848484
D min/max/mean-0.4952.1820.016

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_11858_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11858_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : NT*-p53

全体名称: NT*-p53
要素
  • 細胞器官・細胞要素: NT*-p53
    • タンパク質・ペプチド: NT*-p53

-
超分子 #1: NT*-p53

超分子名称: NT*-p53 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 237 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: NT*-p53

分子名称: NT*-p53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGHHHHHHSH TTPWTNPGLA ENFMNSFMQG LSSMPGFTAS QLDKMSTIAQ SMVQSIQSLA AQGRTSPNDL QALNMAFASS MAEIAASEEG GGSLSTKTSS IASAMSNAFL QTTGVVNQPF INEITQLVSM FAQAGMNDVS AENLYFQSME EPQSDPSVEP PLSQETFSDL ...文字列:
MGHHHHHHSH TTPWTNPGLA ENFMNSFMQG LSSMPGFTAS QLDKMSTIAQ SMVQSIQSLA AQGRTSPNDL QALNMAFASS MAEIAASEEG GGSLSTKTSS IASAMSNAFL QTTGVVNQPF INEITQLVSM FAQAGMNDVS AENLYFQSME EPQSDPSVEP PLSQETFSDL WKLLPENNVL SPLPSQAMDD LMLSPDDIEQ WFTEDPGPDE APRMPEAAPP VAPAPAAPTP AAPAPAPSWP LSSSVPSQKT YQGSYGFRLG FLHSGTAKSV TCTYSPALNK MFCQLAKTCP VQLWVDSTPP PGTRVRAMAI YKQSQHMTEV VRRCPHHERC SDSDGLAPPQ HLIRVEGNLR VEYLDDRNTF RHSVVVPYEP PEVGSDCTTI HYNYMCNSSC MGGMNRRPIL TIITLEDSSG NLLGRNSFEV RVCACPGRDR RTEEENLRKK GEPHHELPPG STKRALPNNT SSSPQPKKKP LDGEYFTLQI RGRERFEMFR ELNEALELKD AQAGKEPGGS RAHSSHLKSK KGQSTSRHKK LMFKTEGPDS D

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate 2% (w/v)

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 15.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 6519
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3)
ソフトウェア - 詳細: EMAN2 e2ctf_auto.py was used to apply the CTF correction.
最終 再構成使用したクラス数: 32 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 6519
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る