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- EMDB-11841: Schizosaccharomyces pombe RNA polymerase I (dimer) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11841
タイトルSchizosaccharomyces pombe RNA polymerase I (dimer)
マップデータ
試料
  • 複合体: S. pombe RNA polymerase I
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 1種
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II, holoenzyme ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II, holoenzyme / mRNA Capping / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA-templated transcription elongation / termination of RNA polymerase I transcription / RNA polymerase III activity / transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase III / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase I activity / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 ...RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa43 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa43 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa14 / Probable DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Heiss F / Daiss J
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB 960 (TP-A8) ドイツ
German Research Foundation (DFG)EN 1204/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Conserved strategies of RNA polymerase I hibernation and activation.
著者: Florian B Heiss / Julia L Daiß / Philipp Becker / Christoph Engel /
要旨: RNA polymerase (Pol) I transcribes the ribosomal RNA precursor in all eukaryotes. The mechanisms 'activation by cleft contraction' and 'hibernation by dimerization' are unique to the regulation of ...RNA polymerase (Pol) I transcribes the ribosomal RNA precursor in all eukaryotes. The mechanisms 'activation by cleft contraction' and 'hibernation by dimerization' are unique to the regulation of this enzyme, but structure-function analysis is limited to baker's yeast. To understand whether regulation by such strategies is specific to this model organism or conserved among species, we solve three cryo-EM structures of Pol I from Schizosaccharomyces pombe in different functional states. Comparative analysis of structural models derived from high-resolution reconstructions shows that activation is accomplished by a conserved contraction of the active center cleft. In contrast to current beliefs, we find that dimerization of the S. pombe polymerase is also possible. This dimerization is achieved independent of the 'connector' domain but relies on two previously undescribed interfaces. Our analyses highlight the divergent nature of Pol I transcription systems from their counterparts and suggest conservation of regulatory mechanisms among organisms.
履歴
登録2020年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7aod
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11841.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11841.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 382.86 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 382.86 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 382.86 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0635 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.033 / ムービー #1: 0.033
最小 - 最大-0.044753894 - 0.09859325
平均 (標準偏差)0.00032553182 (±0.0055101197)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 382.86002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06351.06351.0635
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z382.860382.860382.860
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ410410410
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0450.0990.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. pombe RNA polymerase I

全体名称: S. pombe RNA polymerase I
要素
  • 複合体: S. pombe RNA polymerase I
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa1
    • タンパク質・ペプチド: Probable DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa14
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa43
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: S. pombe RNA polymerase I

超分子名称: S. pombe RNA polymerase I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 189.489656 KDa
配列文字列: MNIAQPVSSE IKSVKFGIYD VDDVEKISVK QIVNPVLLDN LNHPTNGGLY DLALGPYLKN SVCATCHLDE RYCPGHFGHI VLPIPAYHP LFFSQMYNLL RSTCLYCHHF KLSKVKVHLF FCRLKLLDYG LLNESEMVEN VSLTEAIIKN SNGTPLEDGS D SEDSGLGH ...文字列:
MNIAQPVSSE IKSVKFGIYD VDDVEKISVK QIVNPVLLDN LNHPTNGGLY DLALGPYLKN SVCATCHLDE RYCPGHFGHI VLPIPAYHP LFFSQMYNLL RSTCLYCHHF KLSKVKVHLF FCRLKLLDYG LLNESEMVEN VSLTEAIIKN SNGTPLEDGS D SEDSGLGH DDIAKDAATL MRIRDEFVAK SIADSRQNAH IDAQLTTLLL HERKKVVRAF YHAISSRKQC DNCQSFSPNF RK EGFAKIF EIPLSGKNLQ FMEQTGKIRS DVLRDTSKKH HEDEGYDGDS DSSNESEVEG IDLFEEDPNP LKNKSKSPIA HGA KYMTST EVRNHLRRLF VKENVVLSRL YAHKRGKPAS ADMFFLQNIA VPPTRFRPAS KMGDEVHENI QNELLTRILQ SSIQ IASLS KDSTVEVNPD EKEGLERRSR AFELLINAFV QLQHDVNSLI DSNRNPSSGG QSRTVPPGIK QILEKKEGLF RKHMM GKRV NYAARSVISP DPNIETNEIG VPPVFATKLT YPEPVTLYNF NEMRNAVING PHKWPGASHI QNEDGTLISL MPLTIE QRT ALANQLLTPQ SNLISSPYSY SRLINTNKKV YRHVRNGDML ILNRQPTLHK PSMMAHKARI LPGEKTIRMH YANCNSY NA DFDGDEMNMH FPQSTNARSE AQFIANTDSQ YLVPTSGDPL RGLIQDHVVM GVWLTCKDTF YTRDEYQQLL FQALKPDE T GMYGRIKTLP PAIQRPGIYW TGKQIISSVL LNLKPSDRPG LNLKSKAKVP GKYWSPDSEE GSVLFDDGEL LCGILDKSS FGASAFGLVH SVHELYGPDI AGRLLSVLSR LFTAYAQMRG FTCRMDDLRL DEQGDNWRRQ LLENGKSFGL EAASEYVGLS TDSPIALLN ANLEEVYRDD EKLQGLDAAM KGKMNGLTSS IINKCIPDGL LTKFPYNHMQ TMTVSGAKGS NVNVSQISCL L GQQELEGR RVPLMVSGKS LPSFVPYETS AKSGGFIASR FLTGIAPQEY YFHCMAGREG LIDTAVKTSR SGYLQRCLMK HL EGLCVQY DHTVRDSDGS IVQFHYGEDS LDVTKQKHLT QFEFSAKNYK SLIQKYKVKS VLSAVDSETA SSYAKKALKK PYK YDPVLD KYPPSRYLGS VSEKFQRAVD EYTQKNPDKL IASKKESKLD DSLLNESKFK ALMQLRYQQS LVDPGESVGV LASQ SIGEP STQMTLNTFH FAGFGAKNVT LGIPRLREII MTASANIQTP TMTLRLNDGV SDKRASAFCK EVNKLVLSEV VRQVR VTEK ISGQGSDEQS KTYAIRLDLY SRDEYQDEYG VLQEEIESTF SNRFLKILNR IIKSYLAKSK QRKSGGKDDT VPEVGQ ALK PLEDIDEAPI EGRAQEALED EDNDATNEKM VSRSKQHASY EGPDEADKVA LRQLKGSNKV EDVNMDEEED EGFKSDE SV SDFKERKLLE KQNTVSISER RELQLKTAKE ILSNCKHLDF DYVNGEWATV ELVFPINTEK LLMVSLVEKA CSETVIHE I PGITRCFSKP PDSALDTVPK VITEGVNLKA IWEFYNEISM NDIYTNDIAA ILRIYGVEAA RNAIVHEVSS VFGVYGIAV DPRHLSLIAD YMTFEGGYKA FNRMGIEYNT SPFAKMSFET TCHFLTEAAL RGDVDDLSNP SSRLVVGRVG NFGTGSFDIF TPVVDSPAN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa1

+
分子 #2: Probable DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2

分子名称: Probable DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 131.854969 KDa
配列文字列: MSFQTLERER TFKNPPKDGT SFPDLQKAVK PHVDSFNALT NAGLLNYAVK EIGEKCAFDS ITQEEGGALK FGNKISFRVD EVQIAKPML SSRERSSINR KVYPAEARER LTTYKSRLVL KFSWSVNGGP RQSEMREVGM IPIMVRSNRC HLEGLSPAEL I AHKEESEE ...文字列:
MSFQTLERER TFKNPPKDGT SFPDLQKAVK PHVDSFNALT NAGLLNYAVK EIGEKCAFDS ITQEEGGALK FGNKISFRVD EVQIAKPML SSRERSSINR KVYPAEARER LTTYKSRLVL KFSWSVNGGP RQSEMREVGM IPIMVRSNRC HLEGLSPAEL I AHKEESEE MGGYFIVNGI EKLIRMLILP KRNHPTAIIR PSFANRGTSY SQYGLSIRCV RPDQSSLTNT LHYLNNGVTM FR FHWRKNE YLIPSMMILK ALLETSDKEI FEGIVGKDLG NTFLTDRVEL MLRAYKSYGL YSQTETLQYL GSKFRVVLGV AED LTDVEV GRFLLQKVVL VHLREAKDKF RLLLFMIRKL YALVAGECCA DNPDSPQHQE ILLGGFLYGQ ILKEKIEDWL NSIR AQINL DVRRSAPGVD FSDRKYLTRV FSKINNDIGT KLQYFLSTGN LVSNTGLDLQ QATGYTVVAE KLNFYRFLSH FRMVH RGAF FAELKTTTVR KLLPEAWGFM CPVHTPDGSP CGLLNHLARK CEIVTHPSDV SQIPSLLLSL GVDPPSVVGH ESGWGC VQL DGKIVGWCTY KLAKHVADVL RLMKIEYAVK LRNGTATEPA KVPLDLEIGY VPPSHNGQYP GLYLFSNPAR MVRPVKH IS TGELDMLGPF EQVYMDIACF PKEIVPKVST HVEYSPTNVL SIVANMTPFS DFNQSPRNMY QCQMGKQTMG TPGTALRY R TDNKLYRLQT GQTPVVRPKL HNTYGLDHYP NGTNAVVAVI SYTGYDMEDA MILNKSAHER GFGYGTVYKG ESFDLSQKR RRGEPVVHHF GFAPGSTPRR EWLQKLDADG LPFIGIKLED GDPIVAYYDE STGQNFIETY HGTEPGFVDE VRLLGNDVGD SECQQIHVK LRITRSPIIG DKFSSRHGQK GICSQKWPTV DMPFTESGMQ PDIIINPHAF PSRMTIGMFI ESLAGKAGAC H GLAQDSTP FIYSEQQTAA DYFGEQLVKA GYNYHGNEPM YSGITGQEMK ADIYIGVVYY QRLRHMVSDK FQVRTTGPIH NL TRQPVKG RKRAGGIRFG EMERDAVIGH GTSFLMQDRL MNCSDYAQSW VCRDCGSIIS IMSTISMNGV GSASEVRCRS CAK PALGLE DTSDIWQDGS GKKFVGGTNT TLIALPSVFN YLTAELTAMN IKMMLEVK

UniProtKB: Probable DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 39.205547 KDa
配列文字列: MAAVDRSRTE ISVLSDRVTD VGSVDFPGYY FDEDNIWDLD KFKKNLKVSI TSLDQETMVF EISGIDASIA NAFRRILIAE IPTLAFEFV YIINNTSIIQ DEVLSHRIGL VPISADPDMF KWFQHPLPGQ EATHTDYDTV VFSLNKKCEF NKNAATDEKD P KRLYVNSE ...文字列:
MAAVDRSRTE ISVLSDRVTD VGSVDFPGYY FDEDNIWDLD KFKKNLKVSI TSLDQETMVF EISGIDASIA NAFRRILIAE IPTLAFEFV YIINNTSIIQ DEVLSHRIGL VPISADPDMF KWFQHPLPGQ EATHTDYDTV VFSLNKKCEF NKNAATDEKD P KRLYVNSE VYSGDLIWKP QGRQEERFAD NPIRVVNPDI VVAKLRPGQE IDLEAHAILG IGQDHAKFSP VATASYRLLP TI HILSPIE GEDAVKFQKC FPKGVIELEE GPDGKKQARV ADVRKDTVSR ECLRHPEFAD KVQLGRVRDH YLFSVESTGI MKP DVLFIK SIAVLKSKCL AVKSSLQNIS SD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa14

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 17.008439 KDa
配列文字列:
MATECPPKMI LRKSEKLDKD ASSKFLNRYI QTIERFQDEK SGSESVLSQL NRVLMYLKGE EIPLISLNLP VQGPPTEELI IPPEEMLET KEEESLKHAR EENDDLHLDK ETKKRLKKEK KKAARREKEE ARKAKADTTQ GVGEKEQS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa14

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 23.954504 KDa
配列文字列: MSAEEKNIVR VFRAWKTAHQ LVHDRGYGVS QAELDLTLDQ FKAMHCGMGR NLDRTTLSFY AKPSNDSNKG TIYIEFAKEP SVGIKEMRT FVHTLGDHNH KTGILIYANS MTPSAAKIIA TVTGQFTIET FQESDLIVNI THHELVPKHI LLSPDEKKEL L DRYKLRET ...文字列:
MSAEEKNIVR VFRAWKTAHQ LVHDRGYGVS QAELDLTLDQ FKAMHCGMGR NLDRTTLSFY AKPSNDSNKG TIYIEFAKEP SVGIKEMRT FVHTLGDHNH KTGILIYANS MTPSAAKIIA TVTGQFTIET FQESDLIVNI THHELVPKHI LLSPDEKKEL L DRYKLRET QLPRIQLADP VARYLGLKRG EVVKIVRRSE TSGRYNSYRI CA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 15.742497 KDa
配列文字列:
MSDYEEDEAF GMDGAVMEEE VDELEMIDEN GQSQQGVSHP GEPSTTVITE DVASSKTAQS GKAVAKEDRT TTPYMTKYER ARILGTRAL QISMNAPVLV DLEGETDPLQ IAMKELAQKK IPLLVRRYLP DGSYEDWSVA ELI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa43

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 19.406354 KDa
配列文字列:
MPDLSLYKQT VDLYLSIAPG HSRDPLNAIQ EHMDSMILSK LPRINGIVLA YDNIRFLEKS AKVMYDSPFS FIWVRVDVLV FSPKKGDCL EGKINLVSPS HIGLLILGIF NASIPRKSIP KDWIFIEPDT TEEQGRWKTN DGNILEPGKD LEFVVDGIQR E AGLTMVQG TLANS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa43

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 14.317318 KDa
配列文字列:
MSESVLLDEI FTVTSVDKQK YQRVSRITAV SGQNDMNLTL DINSQIYPLE KDATFSLQIT SNLNSPDLKE AADYIMYGKV YRVEEAKDE KVSVYVSFGG LLMAIEGSHR KLYRLSLDHV YLLLRR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 13.127667 KDa
配列文字列:
MSAIGSLIFC SECGNLLEST TAQWTTCDQC QSVYPSEQFA NLVVETKSSA SAFPSALKLK HSIVQVESQK EEAATIEEKC PKCGNDHMT FHTLQLRSAD EGSTVFYECP RCAYKFSTNN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

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分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 8.286801 KDa
配列文字列:
MIIPIRCFSC GKVIGDKWDT YLTLLQEDNT EGEALDKLGL QRYCCRRMIL THVDLIEKLL CYNPLSKQKN L

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

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分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 13.734478 KDa
配列文字列:
MAAMTDVTDP SSVAMESATE KIIILPGHSA DLTSVTFQIQ KEDHTLGNSL RYVIMKNPEV EFCGYSIPHP SEAKMNFRIQ TAPSTTAVD VLRKGLDDLI DLCDAVTEKF TEQLPRDTST TMEVDG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

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分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 7.216495 KDa
配列文字列:
MNHPTSTGGT AFNPPRPATM IYLCADCGAR NTIQAKEVIR CRECGHRVMY KMRTKRMVQF EAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

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分子 #13: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 12 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 86.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17102
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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