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万見
- EMDB-11780: Apo-state type 3 secretion system export apparatus complex from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11780
タイトルApo-state type 3 secretion system export apparatus complex from Salmonella enterica typhimurium
マップデータPostprocess Bfactor: -30
試料
  • 複合体: Export apparatus core complex with inner rod and needle filament proteins PrgJ and PrgI.
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaP
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaR
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaQ
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgJ
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgI
キーワードT3SS / Export Apparatus / Injectisome / Needle Complex / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / protein targeting / protein transport / cell surface / extracellular region ...The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / protein targeting / protein transport / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 ...: / Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family / Flagella transport protein fliP family signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface presentation of antigens protein SpaQ / Surface presentation of antigens protein SpaP / Surface presentation of antigens protein SpaR / SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein / Protein PrgJ
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) / Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Marlovits T
資金援助 オーストリア, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundI 2408-B22 オーストリア
German Research Foundation (DFG)FA1518/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Substrate-engaged type III secretion system structures reveal gating mechanism for unfolded protein translocation.
著者: Sean Miletic / Dirk Fahrenkamp / Nikolaus Goessweiner-Mohr / Jiri Wald / Maurice Pantel / Oliver Vesper / Vadim Kotov / Thomas C Marlovits /
要旨: Many bacterial pathogens rely on virulent type III secretion systems (T3SSs) or injectisomes to translocate effector proteins in order to establish infection. The central component of the injectisome ...Many bacterial pathogens rely on virulent type III secretion systems (T3SSs) or injectisomes to translocate effector proteins in order to establish infection. The central component of the injectisome is the needle complex which assembles a continuous conduit crossing the bacterial envelope and the host cell membrane to mediate effector protein translocation. However, the molecular principles underlying type III secretion remain elusive. Here, we report a structure of an active Salmonella enterica serovar Typhimurium needle complex engaged with the effector protein SptP in two functional states, revealing the complete 800Å-long secretion conduit and unraveling the critical role of the export apparatus (EA) subcomplex in type III secretion. Unfolded substrates enter the EA through a hydrophilic constriction formed by SpaQ proteins, which enables side chain-independent substrate transport. Above, a methionine gasket formed by SpaP proteins functions as a gate that dilates to accommodate substrates while preventing leaky pore formation. Following gate penetration, a moveable SpaR loop first folds up to then support substrate transport. Together, these findings establish the molecular basis for substrate translocation through T3SSs and improve our understanding of bacterial pathogenicity and motility.
履歴
登録2020年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7agx
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7agx
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11780.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocess Bfactor: -30
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 432 pix.
= 470.88 Å		1.09 Å/pix.
x 432 pix.
= 470.88 Å		1.09 Å/pix.
x 432 pix.
= 470.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.06106985 - 0.0872564
平均 (標準偏差)-0.0002593318 (±0.0032711106)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 470.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z470.880470.880470.880
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.0610.087-0.000

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添付データ

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追加マップ: Refine3D

ファイルemd_11780_additional_1.map
注釈Refine3D
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11780_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11780_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Export apparatus core complex with inner rod and needle filament ...

全体名称: Export apparatus core complex with inner rod and needle filament proteins PrgJ and PrgI.
要素
  • 複合体: Export apparatus core complex with inner rod and needle filament proteins PrgJ and PrgI.
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaP
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaR
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaQ
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgJ
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgI

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超分子 #1: Export apparatus core complex with inner rod and needle filament ...

超分子名称: Export apparatus core complex with inner rod and needle filament proteins PrgJ and PrgI.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Apo-state
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
細胞中の位置: Membrane
分子量理論値: 336 KDa

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分子 #1: Surface presentation of antigens protein SpaP

分子名称: Surface presentation of antigens protein SpaP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
分子量理論値: 25.249596 KDa
配列文字列: MGNDISLIAL LAFSTLLPFI IASGTCFVKF SIVFVMVRNA LGLQQIPSNM TLNGVALLLS MFVMWPIMHD AYVYFEDEDV TFNDISSLS KHVDEGLDGY RDYLIKYSDR ELVQFFENAQ LKRQYGEETE TVKRDKDEIE KPSIFALLPA YALSEIKSAF K IGFYLYLP ...文字列:
MGNDISLIAL LAFSTLLPFI IASGTCFVKF SIVFVMVRNA LGLQQIPSNM TLNGVALLLS MFVMWPIMHD AYVYFEDEDV TFNDISSLS KHVDEGLDGY RDYLIKYSDR ELVQFFENAQ LKRQYGEETE TVKRDKDEIE KPSIFALLPA YALSEIKSAF K IGFYLYLP FVVVDLVVSS VLLALGMMMM SPVTISTPIK LVLFVALDGW TLLSKGLILQ YMDIAT

UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaP

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分子 #2: Surface presentation of antigens protein SpaR

分子名称: Surface presentation of antigens protein SpaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
分子量理論値: 28.499533 KDa
配列文字列: MFYALYFEIH HLVASAALGF ARVAPIFFFL PFLNSGVLSG APRNAIIILV ALGVWPHALN EAPPFLSVAM IPLVLQEAAV GVMLGCLLS WPFWVMHALG CIIDNQRGAT LSSSIDPANG IDTSEMANFL NMFAAVVYLQ NGGLVTMVDV LNKSYQLCDP M NECTPSLP ...文字列:
MFYALYFEIH HLVASAALGF ARVAPIFFFL PFLNSGVLSG APRNAIIILV ALGVWPHALN EAPPFLSVAM IPLVLQEAAV GVMLGCLLS WPFWVMHALG CIIDNQRGAT LSSSIDPANG IDTSEMANFL NMFAAVVYLQ NGGLVTMVDV LNKSYQLCDP M NECTPSLP PLLTFINQVA QNALVLASPV VLVLLLSEVF LGLLSRFAPQ MNAFAISLTV KSGIAVLIML LYFSPVLPDN VL RLSFQAT GLSSWFYERG ATHVLE

UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaR

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分子 #3: Surface presentation of antigens protein SpaQ

分子名称: Surface presentation of antigens protein SpaQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
分子量理論値: 9.363229 KDa
配列文字列:
MDDLVFAGNK ALYLVLILSG WPTIVATIIG LLVGLFQTVT QLQEQTLPFG IKLLGVCLCL FLLSGWYGEV LLSYGRQVIF LALAKG

UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaQ

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分子 #4: Protein PrgJ

分子名称: Protein PrgJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
分子量理論値: 10.934425 KDa
配列文字列:
MSIATIVPEN AVIGQAVNIR SMETDIVSLD DRLLQAFSGS AIATAVDKQT ITNRIEDPNL VTDPKELAIS QEMISDYNLY VSMVSTLTR KGVGAVETLL RS

UniProtKB: Protein PrgJ

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分子 #5: Protein PrgI

分子名称: Protein PrgI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
分子量理論値: 8.864868 KDa
配列文字列:
MATPWSGYLD DVSAKFDTGV DNLQTQVTEA LDKLAAKPSD PALLAAYQSK LSEYNLYRNA QSNTVKVFKD IDAAIIQNFR

UniProtKB: SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 31.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Rotationally averaged 3D structure
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 54491
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7agx:
Apo-state type 3 secretion system export apparatus complex from Salmonella enterica typhimurium

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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