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- EMDB-1177: Structure of Broadhaven virus by cryoelectron microscopy: correla... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1177
タイトルStructure of Broadhaven virus by cryoelectron microscopy: correlation of structural and antigenic properties of Broadhaven virus and bluetongue virus outer capsid proteins.
マップデータ3d reconstruction with phase flipped images
試料
  • 試料: Broadhaven virus
  • ウイルス: Broadhaven virus (ウイルス)
生物種Broadhaven virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Schoehn G / Moss SR / Nuttall PA / Hewat EA
引用ジャーナル: Virology / 年: 1997
タイトル: Structure of Broadhaven virus by cryoelectron microscopy: correlation of structural and antigenic properties of Broadhaven virus and bluetongue virus outer capsid proteins.
著者: G Schoehn / S R Moss / P A Nuttall / E A Hewat /
要旨: The three-dimensional structure of Broadhaven virus (BRDV) has been determined to 23 A resolution by cryoelectron microscopy and image processing. As predicted from sequence homology, the BRDV ...The three-dimensional structure of Broadhaven virus (BRDV) has been determined to 23 A resolution by cryoelectron microscopy and image processing. As predicted from sequence homology, the BRDV structure resembles that of bluetongue virus (BTV) with the notable exception of one of the outer shell proteins. The cores of BRDV and BTV are identical at medium resolution; they have a diameter of 710 A and the VP7 trimers are arranged on a T = 13 icosahedral lattice. The outer shell proteins, VP5 of BRDV and BTV, have roughly the same molecular weight while VP4 of BRDV is only half the molecular weight of the corresponding VP2 of BTV. This size difference allows unambiguous determination of the identity of the triskelion shape as trimers of VP4 of BRDV (VP2 of BTV). The VP4 of BRDV sits on the VP7 trimers and projects outwards 40 A, giving the capsid an overall diameter of 790 A. This contrasts with VP2 of BTV, which projects outwards 95 A to give the capsid a diameter of 900 A. The difference in accessibility of the outer shell proteins of BRDV and BTV correlates with the difference in antigenic properties of these viral proteins. The shape of the BRDV VP5 indicates that it too is a trimer, thus implying that there are 360 copies of VP5 and 180 copies of VP4 per virion.
履歴
登録2005年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年11月4日-
マップ公開2005年11月7日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 90
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 90
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1177.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3d reconstruction with phase flipped images
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.09 Å/pix.
x 170 pix.
= 865.3 Å		5.09 Å/pix.
x 170 pix.
= 865.3 Å		5.09 Å/pix.
x 170 pix.
= 865.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 130.0 / ムービー #1: 90
最小 - 最大-374.79000000000002 - 300.619000000000028
平均 (標準偏差)12.0206 (±58.799799999999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ170170170
Spacing170170170
セルA=B=C: 865.3 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.095.095.09
M x/y/z170170170
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z865.300865.300865.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-77-770
NX/NY/NZ15515578
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS170170170
D min/max/mean-374.790300.61912.021

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Broadhaven virus

全体名称: Broadhaven virus (ウイルス)
要素
  • 試料: Broadhaven virus
  • ウイルス: Broadhaven virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Broadhaven virus

超分子名称: Broadhaven virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Virus grown in BHK cells and purified / Number unique components: 1

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超分子 #1: Broadhaven virus

超分子名称: Broadhaven virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10893 / 生物種: Broadhaven virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: sea bird (蝶・蛾) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: triple shell / 直径: 800 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Cryo EM on home made holey grids covered by a thin layer of carbon
グリッド詳細: 400 mesh grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: zeiss. on holey grid covered by carbon to increase the concentration

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200T
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000
日付1996年2月12日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 10 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: pft / 使用した粒子像数: 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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