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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11674 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the cytoplasmic domain of human TRPC6 | |||||||||
マップデータ | sharpened map at 3.62A, 0.822A pix | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ion transport protein Transient receptor ion channel II / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of ion transmembrane transporter activity / slit diaphragm / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / positive regulation of calcium ion transport / TRP channels ...positive regulation of ion transmembrane transporter activity / slit diaphragm / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / positive regulation of calcium ion transport / TRP channels / monoatomic cation transport / single fertilization / monoatomic cation channel activity / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | |||||||||
データ登録者 | Grieben M / Pike ACW | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Cryo-EM structure of the cytoplasmic domain of human TRPC6 著者: Grieben M / Carpenter EP | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11674.map.gz | 30.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11674-v30.xml emd-11674.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11674_fsc.xml | 8.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11674.png | 157.1 KB | ||
マスクデータ | emd_11674_msk_1.map | 59.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-11674.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_11674_half_map_1.map.gz emd_11674_half_map_2.map.gz | 55.3 MB 55.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11674 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11674 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11674.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map at 3.62A, 0.822A pix | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11674_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A, 3.62A, 0.822A pix
ファイル | emd_11674_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A, 3.62A, 0.822A pix | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B, 3.62A, 0.822A pix
ファイル | emd_11674_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B, 3.62A, 0.822A pix | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Short transient receptor potential channel 6
全体 | 名称: Short transient receptor potential channel 6 |
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要素 |
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-超分子 #1: Short transient receptor potential channel 6
超分子 | 名称: Short transient receptor potential channel 6 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Short transient receptor potential channel 6
分子 | 名称: Short transient receptor potential channel 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 109.784695 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSQSPAFGPR RGSSPRGAAG AAARRNESQD YLLMDSELGE DGCPQAPLPC YGYYPCFRGS DNRLAHRRQT VLREKGRRLA NRGPAYMFS DRSTSLSIEE ERFLDAAEYG NIPVVRKMLE ECHSLNVNCV DYMGQNALQL AVANEHLEIT ELLLKKENLS R VGDALLLA ...文字列: MSQSPAFGPR RGSSPRGAAG AAARRNESQD YLLMDSELGE DGCPQAPLPC YGYYPCFRGS DNRLAHRRQT VLREKGRRLA NRGPAYMFS DRSTSLSIEE ERFLDAAEYG NIPVVRKMLE ECHSLNVNCV DYMGQNALQL AVANEHLEIT ELLLKKENLS R VGDALLLA ISKGYVRIVE AILSHPAFAE GKRLATSPSQ SELQQDDFYA YDEDGTRFSH DVTPIILAAH CQEYEIVHTL LR KGARIER PHDYFCKCND CNQKQKHDSF SHSRSRINAY KGLASPAYLS LSSEDPVMTA LELSNELAVL ANIEKEFKND YKK LSMQCK DFVVGLLDLC RNTEEVEAIL NGDVETLQSG DHGRPNLSRL KLAIKYEVKK FVAHPNCQQQ LLSIWYENLS GLRQ QTMAV KFLVVLAVAI GLPFLALIYW FAPCSKMGKI MRGPFMKFVA HAASFTIFLG LLVMNAADRF EGTKLLPNET STDNA KQLF RMKTSCFSWM EMLIISWVIG MIWAECKEIW TQGPKEYLFE LWNMLDFGML AIFAASFIAR FMAFWHASKA QSIIDA NDT LKDLTKVTLG DNVKYYNLAR IKWDPSDPQI ISEGLYAIAV VLSFSRIAYI LPANESFGPL QISLGRTVKD IFKFMVI FI MVFVAFMIGM FNLYSYYIGA KQNEAFTTVE ESFKTLFWAI FGLSEVKSVV INYNHKFIEN IGYVLYGVYN VTMVIVLL N MLIAMINSSF QEIEDDADVE WKFARAKLWF SYFEEGRTLP VPFNLVPSPK SLFYLLLKLK KWISELFQGH KKGFQEDAE MNKINEEKKL GILGSHEDLS KLSLDKKQVG HNKQPSIRSS EDFHLNSFNN PPRQYQKIMK RLIKRYVLQA QIDKESDEVN EGELKEIKQ DISSLRYELL EEKSQNTEDL AELIRELGEK LSMEPNQEET NRAENLYFQS HHHHHHHHHH DYKDDDDK UniProtKB: Short transient receptor potential channel 6 |
-分子 #2: UNKNOWN ATOM OR ION
分子 | 名称: UNKNOWN ATOM OR ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: UNX |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 2.5 microlitres were applied to the grid and blotted for 4secs prior to plunge in liquid ethane. | ||||||||||||||||||
詳細 | This sample remained stable and monodispersed in the amphipol A8-35. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1198 / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |