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- EMDB-11648: Complex of SARS-CoV-2 spike and CR3022 Fab (Non-Uniform Refinement) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11648
タイトルComplex of SARS-CoV-2 spike and CR3022 Fab (Non-Uniform Refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of SARS-CoV-2 Spike trimer with CR3022 Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: CR3022 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: CR3022 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo heidelbergensis (human) / Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wrobel AG / Benton DJ / Rosenthal PB / Gamblin SJ
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteFC001078 英国
The Francis Crick InstituteFC001030 英国
The Francis Crick InstituteFC001143 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Antibody-mediated disruption of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein.
著者: Antoni G Wrobel / Donald J Benton / Saira Hussain / Ruth Harvey / Stephen R Martin / Chloë Roustan / Peter B Rosenthal / John J Skehel / Steven J Gamblin /
要旨: The CR3022 antibody, selected from a group of SARS-CoV monoclonal antibodies for its ability to cross-react with SARS-CoV-2, has been examined for its ability to bind to the ectodomain of the SARS- ...The CR3022 antibody, selected from a group of SARS-CoV monoclonal antibodies for its ability to cross-react with SARS-CoV-2, has been examined for its ability to bind to the ectodomain of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein. Using cryo-electron microscopy we show that antibody binding requires rearrangements in the S1 domain that result in dissociation of the spike.
履歴
登録2020年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月16日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2020年11月4日-
現状2020年11月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7a5r
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11648.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11648.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-2.1129305 - 3.5471165
平均 (標準偏差)0.0018482067 (±0.038466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 434.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z434.800434.800434.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-2.1133.5470.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11648_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11648_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11648_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of SARS-CoV-2 Spike trimer with CR3022 Fab fragment

全体名称: Complex of SARS-CoV-2 Spike trimer with CR3022 Fab fragment
要素
  • 複合体: Complex of SARS-CoV-2 Spike trimer with CR3022 Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: CR3022 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: CR3022 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: Complex of SARS-CoV-2 Spike trimer with CR3022 Fab fragment

超分子名称: Complex of SARS-CoV-2 Spike trimer with CR3022 Fab fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo heidelbergensis (human)

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分子 #1: CR3022 Fab Heavy Chain

分子名称: CR3022 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.408861 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDWTWRVFCL LAVAPGAHSQ MQLVQSGTEV KKPGESLKIS CKGSGYGFIT YWIGWVRQMP GKGLEWMGII YPGDSETRYS PSFQGQVTI SADKSINTAY LQWSSLKASD TAIYYCAGGS GISTPMDVWG QGTTVTVAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA A LGCLVKDY ...文字列:
MDWTWRVFCL LAVAPGAHSQ MQLVQSGTEV KKPGESLKIS CKGSGYGFIT YWIGWVRQMP GKGLEWMGII YPGDSETRYS PSFQGQVTI SADKSINTAY LQWSSLKASD TAIYYCAGGS GISTPMDVWG QGTTVTVAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA A LGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CG SENLYFQ SAGHHHHHH

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分子 #2: CR3022 Fab Light Chain

分子名称: CR3022 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.511553 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVLQTQVFIS LLLWISGAYG DIQLTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YSSINKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFS GSGSGTDFTL TISSLQAEDV AVYYCQQYYS TPYTFGQGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV C LLNNFYPR ...文字列:
MVLQTQVFIS LLLWISGAYG DIQLTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YSSINKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFS GSGSGTDFTL TISSLQAEDV AVYYCQQYYS TPYTFGQGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV C LLNNFYPR EAKVQWKVDN ALQSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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分子 #3: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 142.271938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPF FSNVTWFHAI HVSGTNGTKR FDNPVLPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFGT TLDSKTQSLL IVNNATNVVI K VCEFQFCN ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPF FSNVTWFHAI HVSGTNGTKR FDNPVLPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFGT TLDSKTQSLL IVNNATNVVI K VCEFQFCN DPFLGVYYHK NNKSWMESEF RVYSSANNCT FEYVSQPFLM DLEGKQGNFK NLREFVFKNI DGYFKIYSKH TP INLVRDL PQGFSALEPL VDLPIGINIT RFQTLLALHR SYLTPGDSSS GWTAGAAAYY VGYLQPRTFL LKYNENGTIT DAV DCALDP LSETKCTLKS FTVEKGIYQT SNFRVQPTES IVRFPNITNL CPFGEVFNAT RFASVYAWNR KRISNCVADY SVLY NSASF STFKCYGVSP TKLNDLCFTN VYADSFVIRG DEVRQIAPGQ TGKIADYNYK LPDDFTGCVI AWNSNNLDSK VGGNY NYLY RLFRKSNLKP FERDISTEIY QAGSTPCNGV EGFNCYFPLQ SYGFQPTNGV GYQPYRVVVL SFELLHAPAT VCGPKK STN LVKNKCVNFN FNGLTGTGVL TESNKKFLPF QQFGRDIADT TDAVRDPQTL EILDITPCSF GGVSVITPGT NTSNQVA VL YQDVNCTEVP VAIHADQLTP TWRVYSTGSN VFQTRAGCLI GAEHVNNSYE CDIPIGAGIC ASYQTQTNSP RRARSVAS Q SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTG IAVEQDKNTQ EVFAQVKQIY KTPPIKDFGG FNFSQILPDP SKPSKRSFIE DLLFNKVTLA DAGFIKQYGD CLGDIAARDL ICAQKFNGL TVLPPLLTDE MIAQYTSALL AGTITSGWTF GAGAALQIPF AMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKLIANQFN S AIGKIQDS LSSTASALGK LQDVVNQNAQ ALNTLVKQLS SNFGAISSVL NDILSRLDPP EAEVQIDRLI TGRLQSLQTY VT QQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG YHLMSFPQSA PHGVVFLHVT YVPAQEKNFT TAPAICHDGK AHF PREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDI SGINA SVVNIQKEID RLNEVAKNLN ESLIDLQELG KYEQSGRENL YFQGGGGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFL GHHH HH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 33.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 88000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6w41

得られたモデル

PDB-7a5r:
Complex of SARS-CoV-2 spike and CR3022 Fab (Non-Uniform Refinement)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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