+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1160 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Double hexameric ring assembly of the type III protein translocase ATPase HrcN. | |||||||||
マップデータ | This volume contains the 3D reconstruction of dodecameric HrcN. It is D6-symmetrized. A threshold of 0.61 is recommended for surface rendering. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Muller SA / Poyidis C / Stone R / Meesters C / Chami M / Engel A / Economou A / Stahlberg H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Microbiol / 年: 2006 タイトル: Double hexameric ring assembly of the type III protein translocase ATPase HrcN. 著者: Shirley A Müller / Charalambos Pozidis / Remington Stone / Christian Meesters / Mohamed Chami / Andreas Engel / Anastassios Economou / Henning Stahlberg / 要旨: The specialized type III secretion (T3S) apparatus of pathogenic and symbiotic Gram-negative bacteria comprises a complex transmembrane organelle and an ATPase homologous to the F1-ATPase beta ...The specialized type III secretion (T3S) apparatus of pathogenic and symbiotic Gram-negative bacteria comprises a complex transmembrane organelle and an ATPase homologous to the F1-ATPase beta subunit. The T3S ATPase HrcN of Pseudomonas syringae associates with the inner membrane, and its ATP hydrolytic activity is stimulated by dodecamerization. The structure of dodecameric HrcN (HrcN12) determined to 1.6 nm by cryo-electron microscopy is presented. HrcN12 comprises two hexameric rings that are probably stacked face-to-face by the association of their C-terminal domains. It is 11.5 +/- 1.0 nm in diameter, 12.0 +/- 2.0 nm high and has a 2.0-3.8 nm wide inner channel. This structure is compared to a homology model based on the structure of the F1-beta-ATPase. A model for its incorporation within the T3S apparatus is presented. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1160.map.gz | 3.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1160-v30.xml emd-1160.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1160.gif | 15.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1160 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1160 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1160_validation.pdf.gz | 218.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1160_full_validation.pdf.gz | 217.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1160_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1160 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1160 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This volume contains the 3D reconstruction of dodecameric HrcN. It is D6-symmetrized. A threshold of 0.61 is recommended for surface rendering. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HrcN
全体 | 名称: HrcN |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: HrcN
超分子 | 名称: HrcN / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample had a tendency to aggregate rapidly. Images were usually highly crowded, or empty, from the same cryo-EM grid. 集合状態: homododecamer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 実験値: 601 KDa / 理論値: 612 KDa / 手法: STEM mass measurement |
-分子 #1: HrcN
分子 | 名称: HrcN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: HrcN / コピー数: 12 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア) 別称: Pseudomonas syringae pathovar phaseolicola |
分子量 | 実験値: 612 KDa / 理論値: 601 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50mM Tris-Cl, pH 7.4, 0.2M NaCl, 20% glycerol |
グリッド | 詳細: Quantifoil 300 mesh |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home-built |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
---|---|
撮影 | デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 実像数: 165 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: SPIDER |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 8742 |
最終 2次元分類 | クラス数: 352 |