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万見
- EMDB-1160: Double hexameric ring assembly of the type III protein translocas... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1160
タイトルDouble hexameric ring assembly of the type III protein translocase ATPase HrcN.
マップデータThis volume contains the 3D reconstruction of dodecameric HrcN. It is D6-symmetrized. A threshold of 0.61 is recommended for surface rendering.
試料
  • 試料: HrcN
  • タンパク質・ペプチド: HrcN
生物種Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Muller SA / Poyidis C / Stone R / Meesters C / Chami M / Engel A / Economou A / Stahlberg H
引用ジャーナル: Mol Microbiol / 年: 2006
タイトル: Double hexameric ring assembly of the type III protein translocase ATPase HrcN.
著者: Shirley A Müller / Charalambos Pozidis / Remington Stone / Christian Meesters / Mohamed Chami / Andreas Engel / Anastassios Economou / Henning Stahlberg /
要旨: The specialized type III secretion (T3S) apparatus of pathogenic and symbiotic Gram-negative bacteria comprises a complex transmembrane organelle and an ATPase homologous to the F1-ATPase beta ...The specialized type III secretion (T3S) apparatus of pathogenic and symbiotic Gram-negative bacteria comprises a complex transmembrane organelle and an ATPase homologous to the F1-ATPase beta subunit. The T3S ATPase HrcN of Pseudomonas syringae associates with the inner membrane, and its ATP hydrolytic activity is stimulated by dodecamerization. The structure of dodecameric HrcN (HrcN12) determined to 1.6 nm by cryo-electron microscopy is presented. HrcN12 comprises two hexameric rings that are probably stacked face-to-face by the association of their C-terminal domains. It is 11.5 +/- 1.0 nm in diameter, 12.0 +/- 2.0 nm high and has a 2.0-3.8 nm wide inner channel. This structure is compared to a homology model based on the structure of the F1-beta-ATPase. A model for its incorporation within the T3S apparatus is presented.
履歴
登録2005年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年9月22日-
マップ公開2006年8月7日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.61
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.61
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1160.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This volume contains the 3D reconstruction of dodecameric HrcN. It is D6-symmetrized. A threshold of 0.61 is recommended for surface rendering.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 100 pix.
= 400. Å		4 Å/pix.
x 100 pix.
= 400. Å		4 Å/pix.
x 100 pix.
= 400. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.802 / ムービー #1: 0.61
最小 - 最大0.0 - 1.0
平均 (標準偏差)0.226394 (±0.22867)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 400 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.000400.000400.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean0.0001.0000.226

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HrcN

全体名称: HrcN
要素
  • 試料: HrcN
  • タンパク質・ペプチド: HrcN

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超分子 #1000: HrcN

超分子名称: HrcN / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample had a tendency to aggregate rapidly. Images were usually highly crowded, or empty, from the same cryo-EM grid.
集合状態: homododecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 601 KDa / 理論値: 612 KDa / 手法: STEM mass measurement

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分子 #1: HrcN

分子名称: HrcN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: HrcN / コピー数: 12 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア)
別称: Pseudomonas syringae pathovar phaseolicola
分子量実験値: 612 KDa / 理論値: 601 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50mM Tris-Cl, pH 7.4, 0.2M NaCl, 20% glycerol
グリッド詳細: Quantifoil 300 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home-built

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
撮影デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 実像数: 165 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: SPIDER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 8742
最終 2次元分類クラス数: 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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