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- EMDB-11588: Structure of low-light grown Chlorella ohadii Photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11588
タイトルStructure of low-light grown Chlorella ohadii Photosystem I
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: x 23種
  • リガンド: x 31種
機能・相同性
機能・相同性情報


malate transport / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / photosystem II ...malate transport / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / photosystem II / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / monooxygenase activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein kinase activity / iron ion binding / protein phosphorylation / heme binding / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3067 / Domain of unknown function (DUF3067) / Aluminum-activated malate transporter / Aluminium activated malate transporter / Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily ...Protein of unknown function DUF3067 / Domain of unknown function (DUF3067) / Aluminum-activated malate transporter / Aluminium activated malate transporter / Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / : / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Electron transport accessory-like domain superfamily / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / Acetyltransferase (GNAT) family / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / 4Fe-4S dicluster domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Leucine-rich repeat domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PSI subunit V / Photosystem I subunit O / Photosystem I reaction center subunit chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Glutathione reductase / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI-chloroplastic-like / Photosystem I reaction center subunit III / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic ...PSI subunit V / Photosystem I subunit O / Photosystem I reaction center subunit chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Glutathione reductase / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI-chloroplastic-like / Photosystem I reaction center subunit III / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-G / PSI-K / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorella ohadii (植物) / Freshwater green alga (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Caspy I / Nelson N / Nechushtai R / Neumann E / Shkolnisky Y
資金援助 イスラエル, 2件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentG-1483-207/2018 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM photosystem I structure reveals adaptation mechanisms to extreme high light in Chlorella ohadii.
著者: Ido Caspy / Ehud Neumann / Maria Fadeeva / Varda Liveanu / Anton Savitsky / Anna Frank / Yael Levi Kalisman / Yoel Shkolnisky / Omer Murik / Haim Treves / Volker Hartmann / Marc M Nowaczyk / ...著者: Ido Caspy / Ehud Neumann / Maria Fadeeva / Varda Liveanu / Anton Savitsky / Anna Frank / Yael Levi Kalisman / Yoel Shkolnisky / Omer Murik / Haim Treves / Volker Hartmann / Marc M Nowaczyk / Wolfgang Schuhmann / Matthias Rögner / Itamar Willner / Aaron Kaplan / Gadi Schuster / Nathan Nelson / Wolfgang Lubitz / Rachel Nechushtai /
要旨: Photosynthesis in deserts is challenging since it requires fast adaptation to rapid night-to-day changes, that is, from dawn's low light (LL) to extreme high light (HL) intensities during the daytime. ...Photosynthesis in deserts is challenging since it requires fast adaptation to rapid night-to-day changes, that is, from dawn's low light (LL) to extreme high light (HL) intensities during the daytime. To understand these adaptation mechanisms, we purified photosystem I (PSI) from Chlorella ohadii, a green alga that was isolated from a desert soil crust, and identified the essential functional and structural changes that enable the photosystem to perform photosynthesis under extreme high light conditions. The cryo-electron microscopy structures of PSI from cells grown under low light (PSI) and high light (PSI), obtained at 2.70 and 2.71 Å, respectively, show that part of light-harvesting antenna complex I (LHCI) and the core complex subunit (PsaO) are eliminated from PSI to minimize the photodamage. An additional change is in the pigment composition and their number in LHCI; about 50% of chlorophyll b is replaced by chlorophyll a. This leads to higher electron transfer rates in PSI and might enable C. ohadii PSI to act as a natural photosynthesiser in photobiocatalytic systems. PSI or PSI were attached to an electrode and their induced photocurrent was determined. To obtain photocurrents comparable with PSI, 25 times the amount of PSI was required, demonstrating the high efficiency of PSI. Hence, we suggest that C. ohadii PSI is an ideal candidate for the design of desert artificial photobiocatalytic systems.
履歴
登録2020年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2021年9月29日-
現状2021年9月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6zzx
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11588.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0112 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.046150174 - 0.09148993
平均 (標準偏差)0.00014379842 (±0.0034149487)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 394.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8220.8220.822
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z394.560394.560394.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0460.0910.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11588_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11588_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I

全体名称: Photosystem I
要素
  • 複合体: Photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: PSI-F
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI-chloroplastic-like
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I subunit O
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Glutathione reductase
    • タンパク質・ペプチド: Lhca4
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Lhca7
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
  • リガンド: SPHINGOSINE
  • リガンド: beta,beta-caroten-4-one
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: ASTAXANTHIN
  • リガンド: OLEIC ACID
  • リガンド: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL
  • リガンド: benzene-1,3,5-triol
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: Tripalmitoylglycerol
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: [2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETHYL]-TRIMETHYLAMMONIUM
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Photosystem I

超分子名称: Photosystem I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#23
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 1 MDa

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 82.125898 KDa
配列文字列: KKVKIVVDRN PVATNFEKWA KPGHFSRTLS KGPTTTTWIW NLHADAHDFD TQTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLSG MYFHGARFS NYEAWLTDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNA DVGGGFQGLQ ITSGFFQLWR AAGITSELQL YTTAIGALVM A AAMFFAGW ...文字列:
KKVKIVVDRN PVATNFEKWA KPGHFSRTLS KGPTTTTWIW NLHADAHDFD TQTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLSG MYFHGARFS NYEAWLTDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNA DVGGGFQGLQ ITSGFFQLWR AAGITSELQL YTTAIGALVM A AAMFFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESML NHHLGGLLGL GSLAWAGHQI HVSLPINKLL DAGVDPKEIP LPHEFTLNPE LM AQLYPSF SKGLAPFFTL DWAQYSDFLT FQGGLNPVTG GLWLTDTVHH HLAIAVLFLI AGHQYRTNWG IGSSLKEILE AHK GPFTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LALFGSLSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHMW IGGFCIVGAG AHAA IFMVR DYDPTNNYNN LLDRVLRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQPVFAQ WVQNT HFLA PGFTAPNALA STSPSWGGDV VAVGGKVAMM PISLGTADFL VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LYARSSRLIP DKANLG FRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSI SIVIFHFSWK MQSDVWGTVS ANGVSHITGG NFAQSANTIN GWLRDFL WA QSSQVIQSYG SALSAYGLIF LGAHFVWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKVAPA IQPRALSITQ GRAVGVAH Y LLGGIATTWS FFLARILAVG

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 81.544633 KDa
配列文字列: KLFPKFSQAL AQDPTTRRIW FGIATAHDFE SHDGMTEERL YQKIFASHFG QLAIIFLWTS GNLFHVAWQG NFEQWVQDPL HIRPIAHAI WDPHFGQPAV EAFTRGGASG PVNISTSGVY QWWYTIGLRT NQELYTGSIF LLVLAALFLF AGWLHLQPAF Q PALSWFKN ...文字列:
KLFPKFSQAL AQDPTTRRIW FGIATAHDFE SHDGMTEERL YQKIFASHFG QLAIIFLWTS GNLFHVAWQG NFEQWVQDPL HIRPIAHAI WDPHFGQPAV EAFTRGGASG PVNISTSGVY QWWYTIGLRT NQELYTGSIF LLVLAALFLF AGWLHLQPAF Q PALSWFKN AESRLNHHLA GLFGVSSLAW TGHLVHVAIP ESRGQHVGWD NFLTVLPHPA GLTPFFTGNW AAYAENPDSA SH VFNTAQG SGTAILTFLG GFHPQTQSLW LTDMAHHHLA IAVIFILAGH MYRTIFGIGH SMREILEAQT PPSGSLGAGH KGL YDTVNN SLHFQLGLAL ASVGTISSLV AQHMYSLPPY AFLAQDFTTQ AALYTHHQYI AGFIMCGAFA HGAIFFVRDY DPAQ NRGNV LARILDHKEA LISHLSWASL FLGFHTLGLY VHNDVVQAFG TPEKQILIEP VFAQWIQAAH GKTAYGFDFL LSSAT SAPS LAGQALWLPG WLQGINSDAN SLFLTIGPGD FLVHHAIALG LHTTTLILVK GALDARGSKL MPDKKDFGYS FPCDGP GRG GTCDISAWDA FYLAVFWMLN TIGWVTFYWH WKHLGIWQGN VNQFNESSTY LMGWLRDYLW LNSSQLINGY NPFGMNS LS VWAWMFLFGH LIYATGFMFL ISWRGYWQEL IETLAWAHER TPLANLVRWR DKPVALSIVQ ARLVGLTHFS VGYVLTYA A FLIASTSGKF

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 8.723009 KDa
配列文字列:
SHTVKIYDTC IGCTQCVRAC PTDVLEMVPW DGCKANQIAS APRTEDCVGC KRCESACPTD FLSVRVYLGS ETTRSMGLAY

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 15.958232 KDa
配列文字列:
AFTPPTLQSD TPSPIFGGST GGLLSQAQVE EFHVITWESK KEQIFEMPTG GAAIMRQGPN LLKLARKEQC LALLTQLRTK FKIDGYIYR VFPNGEVQYL HPKDGVYPEK VNAGRSGDNT NMRRIGQNKE PVQIKFSGKI PAEF

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 7.194105 KDa
配列文字列:
PDVGPKRGTQ VRILRPESYW FRETGKVVSV DQSGIRYPVV VRFEKVNYAG VSTNNYALDE VVAA

+
分子 #6: PSI-F

分子名称: PSI-F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 18.069887 KDa
配列文字列:
DVAGLTPCSE SKAFAKRKKN EVKALNKRLK NYEADSAPAL ALKATIARTE ARFDKYAKQG LLCGTDGLPH LIADPGLALR YGHAGDVFI PTIGFIYFAG WLGYAGSKYL QAVAATAKPI EKEIIIDVPL AWKLLWEGFG WPLRAFAEYK NGSLMEDDAK I TVSPR

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 10.326872 KDa
配列文字列:
LADVNLVVGG CTVGALALGR FVFLPFHRAS LAKAGMPKQN GMTHLQAGDA RAEEASFILK TNDPAGFTVV DVMAWGALGH AAAFYILAT SSLGLDRNPF

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VI-chloroplastic-like

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI-chloroplastic-like
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 10.319479 KDa
配列文字列:
KYGEESRYFD LKDLENTVGS WDMYGQEDKS RYNGLQSEFF ERAANGLSRR EYILGLVAIG GAGILAWGGK GAADVRLPTV GPQQPAQVG PRGRL

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 4.475292 KDa
配列文字列:
MKDFTTYLST APVLTLLSVT VVAGLLIEIN RFFPDALIAA F

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 8.725087 KDa
配列文字列:
YLGSTTNQIM VLSTFLPLVA GRFGLAPTST RHTNQSGIKL LPAEKSAGLV SNDPAGFNAV DVLALGALGH ILGCGIVLGL KSTGNL

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 16.501025 KDa
配列文字列:
KVQVVQPVNG DPFIGMLETP VTSSPAIAWY LSNLPAYRTG VSPLLRGVEI GLAHGYLLVG PFIKLGPLRD VENVAEIVGC INGAATVLI LTLCLAYGAV TFQGEGPQVG VKTLSGRSIP RDPLQSADGW NKFTAGFAVG GLSGAAWGYL CTQILPYY

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 3.37606 KDa
配列文字列:
MPIADYQVFT ALFLALATGI FAVRLGVALY K

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 3.856674 KDa
配列文字列:
MSAQFLPSIL VPLVGLVFPA VAMASMFLYI EKEEI

+
分子 #14: Photosystem I subunit O

分子名称: Photosystem I subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 9.547967 KDa
配列文字列:
WGAYEEPLSL VAGFLGWFAP SNIKVPAFGN ESLFGAFHAS MLENLANFPQ GPALTDKFWI LMITWHLGLF LALTLGNIGQ AARKQGY

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 19.933604 KDa
配列文字列: KAGNWLPGSE TPAYLENLPA SYGFDPLGLA AEPASLARFR ESEVFHGRWA MLGAAGVLGV EVLGYGNWYD APLPLVQGGQ ATYFGASVP FDLGTLAAIE FAAMAGAESF RGAAEPEKRV YPGGAFDPMG MSKGNSKELK TKEIKNGRLA MLACLGFAAQ H AATGASPL ...文字列:
KAGNWLPGSE TPAYLENLPA SYGFDPLGLA AEPASLARFR ESEVFHGRWA MLGAAGVLGV EVLGYGNWYD APLPLVQGGQ ATYFGASVP FDLGTLAAIE FAAMAGAESF RGAAEPEKRV YPGGAFDPMG MSKGNSKELK TKEIKNGRLA MLACLGFAAQ H AATGASPL EALASHLANP MAVNFATNGV SLPL

+
分子 #16: Glutathione reductase

分子名称: Glutathione reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 26.163904 KDa
配列文字列: EGADLAKVER VAKVGGLYKN FTSGQALSYL DGTLPGDFGF DPLGLCDPEG AGGFITPEWL SYSEVIHCRW AMLGAAGFLA PEILATAGL IPATPEEAVW FRSGVIPPAG QYGKYWMDPY SLFWIEAILM NFAELKRWQD FKEPGSQSKQ YFLGLEAVFG G SGNPAYPG ...文字列:
EGADLAKVER VAKVGGLYKN FTSGQALSYL DGTLPGDFGF DPLGLCDPEG AGGFITPEWL SYSEVIHCRW AMLGAAGFLA PEILATAGL IPATPEEAVW FRSGVIPPAG QYGKYWMDPY SLFWIEAILM NFAELKRWQD FKEPGSQSKQ YFLGLEAVFG G SGNPAYPG GQWFNMLNLG KTPEEMKKLQ TNEIRNGRLA MIACLGCAAQ GVMTQKGPFA NLLEHLADPV SNNLLGNLAT IL K

+
分子 #17: Lhca4

分子名称: Lhca4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 23.010994 KDa
配列文字列: AGWDLSAEVP AHLAGRKDLA GNYGFDPLNL GKNPEALKWY QQAELQNGRW AMLGVAGILV QELLHSTGLG GKAADVYWFD AGNNTFWAP KETLIAISFL MFNWAELNRM QDYIKPGSNV TDPFGNKIKY VELGYPGFDP LSFSKNNFDE WKLKEIKNAR L AMLAFLGI ...文字列:
AGWDLSAEVP AHLAGRKDLA GNYGFDPLNL GKNPEALKWY QQAELQNGRW AMLGVAGILV QELLHSTGLG GKAADVYWFD AGNNTFWAP KETLIAISFL MFNWAELNRM QDYIKPGSNV TDPFGNKIKY VELGYPGFDP LSFSKNNFDE WKLKEIKNAR L AMLAFLGI VAQHNAQPGS PLEQLGAHLA NPWKNHFINN GVSPFLTDN

+
分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 25.371012 KDa
配列文字列: QRKLWFPGVA APGYLDGSMA GDRGFDPMGL GANPKMMTWY RQAELQNGRW AMLGVAGILG QEIINPAQWW YTAGMPENLP RFDSQPVNM GGILAWEFIL MHFVEVRRWQ DIRKKDSVNA DPFNPNLKVP NPELGYPGGP FDPLGFSKGN FKEAQTKEIK N GRLAMVAF ...文字列:
QRKLWFPGVA APGYLDGSMA GDRGFDPMGL GANPKMMTWY RQAELQNGRW AMLGVAGILG QEIINPAQWW YTAGMPENLP RFDSQPVNM GGILAWEFIL MHFVEVRRWQ DIRKKDSVNA DPFNPNLKVP NPELGYPGGP FDPLGFSKGN FKEAQTKEIK N GRLAMVAF AAFTIQAQAT GKGPLQNLTD HLSAPFSNNW TTNIGHCMVP TSVDVQGLTI PLSCLWPGQQ M

+
分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 25.31624 KDa
配列文字列: ARANWLPGSD FPAHLENCKL PGCYGFDPLG LGANEERLAW FAESERVHCR WAMLGVAGIL VQEIVKPDVF WYTSGATVEL PFDITGLLA FELFVMHWVE SRRGYDIKKP GSMDQDPIFS NFKLPAHEPG YPGGIFAPFV PGSLEELKVK EIKNGRLAML A FIGFTMAA ...文字列:
ARANWLPGSD FPAHLENCKL PGCYGFDPLG LGANEERLAW FAESERVHCR WAMLGVAGIL VQEIVKPDVF WYTSGATVEL PFDITGLLA FELFVMHWVE SRRGYDIKKP GSMDQDPIFS NFKLPAHEPG YPGGIFAPFV PGSLEELKVK EIKNGRLAML A FIGFTMAA QVTGKNPLAA LREHLDNPLG TTIFSKAVVV PGQAVVPPCA IPDTIEFQGI TIPAGCFLHS LWP

+
分子 #20: Lhca7

分子名称: Lhca7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 24.016156 KDa
配列文字列: VRELWFPGNK EVVPDYLDGS LVGDHGFDPL GLGSSPEQLS WNVHAEIFHG RLAMTGVAGI LLTSLLHKGG ADVPEWFEAG RVYLDRNPN VDFGALLFST IVMSGFVEFK RLNDIRNPGS QGSGILPEDF KGVGGPQGRT VGGPYVGGRY FDPMGLCRGS P EQTLKYKW ...文字列:
VRELWFPGNK EVVPDYLDGS LVGDHGFDPL GLGSSPEQLS WNVHAEIFHG RLAMTGVAGI LLTSLLHKGG ADVPEWFEAG RVYLDRNPN VDFGALLFST IVMSGFVEFK RLNDIRNPGS QGSGILPEDF KGVGGPQGRT VGGPYVGGRY FDPMGLCRGS P EQTLKYKW NEIRNGRLAM MAFLGFAAQY AATGKGPIDN LVDHVADPFH TTFVHNGVSV PFI

+
分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 23.612713 KDa
配列文字列: ATRPLWQPGV EAPKHLDGTM PGDFGFDPLN LGVNKEALNW YRNAELQNGR WAMLGVAGIV IPAELTRVGV LNVPEWAEAG KVYAESENA IPFASLLMVQ LFLFNFVEIK RWEDIKKPGS QAEPGSFLGF ESGFKGTGIS GYPGGAFNPF GLGNSSKEAM D DLKWREIR ...文字列:
ATRPLWQPGV EAPKHLDGTM PGDFGFDPLN LGVNKEALNW YRNAELQNGR WAMLGVAGIV IPAELTRVGV LNVPEWAEAG KVYAESENA IPFASLLMVQ LFLFNFVEIK RWEDIKKPGS QAEPGSFLGF ESGFKGTGIS GYPGGAFNPF GLGNSSKEAM D DLKWREIR NGRLAMVAFL GFLSQHAATG KGPLDNLADH LADPWGANFC SNGVSIPSAL G

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 23.618 KDa
配列文字列: RPTWYPGATP PKYLDGTMLG DYGFDPLRLG SKDKDVLKYY REGELTNGRW AMAAVAGILF TDLVGLGPWW EAGAKVESSF DLKTLIIIE VVTFAILEGF RVKAYEKTGE TGLGPFAPFD PLNMRSDETR LKELKNGRLA MLAFLGFSSQ AAVQGKGPIE C LQAHLADP ...文字列:
RPTWYPGATP PKYLDGTMLG DYGFDPLRLG SKDKDVLKYY REGELTNGRW AMAAVAGILF TDLVGLGPWW EAGAKVESSF DLKTLIIIE VVTFAILEGF RVKAYEKTGE TGLGPFAPFD PLNMRSDETR LKELKNGRLA MLAFLGFSSQ AAVQGKGPIE C LQAHLADP GHNNIFTSSV GNEALAAVLV LSITPCLIEA KNRLQGTDEE EFRPLPW

+
分子 #23: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Freshwater green alga (植物)
分子量理論値: 19.911742 KDa
配列文字列:
RTLWLPGIQA PKHLDGKLAG DYGFDPLGLG VDSDRLKWYA EAEKTNGRWA MAAVAGILFT EILGKAKWFE AGAQEYWMDN GPLLAVEAV IMGFLELKRF QGWKETGTSG FLNAFPFDPA GMNSPSMATK EVKNGRLAMT AFVGFAVQAL LTRQGPIEAL Q SHLSSPFT NNFVGSINNL PNVIG

+
分子 #24: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #25: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 208 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #26: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 47 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #27: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #28: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #29: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 32 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #30: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 24 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #31: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #32: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 5 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #33: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 11 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #34: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

+
分子 #35: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #36: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 4 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #37: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 4 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

+
分子 #38: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypro...

分子名称: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: LPX
分子量理論値: 453.55 Da
Chemical component information

ChemComp-LPX:
(2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル

+
分子 #39: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #40: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol

分子名称: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: RRX
分子量理論値: 552.872 Da
Chemical component information

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン

+
分子 #41: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 4 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

+
分子 #42: beta,beta-caroten-4-one

分子名称: beta,beta-caroten-4-one / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 1 / 式: ECH
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-ECH:
beta,beta-caroten-4-one / (9′Z)-β-エキネノン

+
分子 #43: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 21 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #44: ASTAXANTHIN

分子名称: ASTAXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 2 / 式: AXT
分子量理論値: 596.838 Da
Chemical component information

ChemComp-AXT:
ASTAXANTHIN / アスタキサンチン

+
分子 #45: OLEIC ACID

分子名称: OLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 4 / 式: OLA
分子量理論値: 282.461 Da
Chemical component information

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID / オレイン酸

+
分子 #46: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl...

分子名称: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one
タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 1 / 式: QTB
分子量理論値: 260.414 Da
Chemical component information

ChemComp-QTB:
(3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one

+
分子 #47: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 7 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #48: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 4 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #49: benzene-1,3,5-triol

分子名称: benzene-1,3,5-triol / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 1 / 式: 13X
分子量理論値: 126.11 Da
Chemical component information

ChemComp-13X:
benzene-1,3,5-triol / フロログルシノ-ル

+
分子 #50: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 4 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #51: Tripalmitoylglycerol

分子名称: Tripalmitoylglycerol / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 1 / 式: 4RF
分子量理論値: 807.32 Da
Chemical component information

ChemComp-4RF:
Tripalmitoylglycerol / トリパルミチン

+
分子 #52: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 1 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

+
分子 #53: [2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETH...

分子名称: [2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETHYL]-TRIMETHYLAMMONIUM
タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 1 / 式: LAP
分子量理論値: 440.532 Da
Chemical component information

ChemComp-LAP:
[2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETHYL]-TRIMETHYLAMMONIUM

+
分子 #54: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 99 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 4926 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 49.05 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 553691
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.13)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ijo

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用した粒子像数: 185138
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ijo

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 74.16
得られたモデル

PDB-6zzx:
Structure of low-light grown Chlorella ohadii Photosystem I

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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