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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11562 | ||||||||||||
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タイトル | Mouse Hoxa9 IRES like element bound to the human 80S ribosome | ||||||||||||
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生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||||||||
![]() | Boehringer D / Lenarcic T / Quade N / Leppek K / Fujii K / Susanto TT / Xue S / Genuth NR / Barna M / Ban N | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Gene- and Species-Specific Hox mRNA Translation by Ribosome Expansion Segments. 著者: Kathrin Leppek / Kotaro Fujii / Nick Quade / Teodorus Theo Susanto / Daniel Boehringer / Tea Lenarčič / Shifeng Xue / Naomi R Genuth / Nenad Ban / Maria Barna / ![]() ![]() 要旨: Ribosomes have been suggested to directly control gene regulation, but regulatory roles for ribosomal RNA (rRNA) remain largely unexplored. Expansion segments (ESs) consist of multitudes of tentacle- ...Ribosomes have been suggested to directly control gene regulation, but regulatory roles for ribosomal RNA (rRNA) remain largely unexplored. Expansion segments (ESs) consist of multitudes of tentacle-like rRNA structures extending from the core ribosome in eukaryotes. ESs are remarkably variable in sequence and size across eukaryotic evolution with largely unknown functions. In characterizing ribosome binding to a regulatory element within a Homeobox (Hox) 5' UTR, we identify a modular stem-loop within this element that binds to a single ES, ES9S. Engineering chimeric, "humanized" yeast ribosomes for ES9S reveals that an evolutionary change in the sequence of ES9S endows species-specific binding of Hoxa9 mRNA to the ribosome. Genome editing to site-specifically disrupt the Hoxa9-ES9S interaction demonstrates the functional importance for such selective mRNA-rRNA binding in translation control. Together, these studies unravel unexpected gene regulation directly mediated by rRNA and how ribosome evolution drives translation of critical developmental regulators. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 19.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 165.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 98.2 MB 98.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 480.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11562_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11562_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : human 80S ribosome - mouse Hoxa9 IRES like element complex
全体 | 名称: human 80S ribosome - mouse Hoxa9 IRES like element complex |
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要素 |
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-超分子 #1: human 80S ribosome - mouse Hoxa9 IRES like element complex
超分子 | 名称: human 80S ribosome - mouse Hoxa9 IRES like element complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Hoxa9 IRES was produced by in vitro transcription |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: 80S ribosome
超分子 | 名称: 80S ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |