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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1153 | |||||||||
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タイトル | Kelp fly virus: a novel group of insect picorna-like viruses as defined by genome sequence analysis and a distinctive virion structure. | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of Kelp fly virus in which only a single vertex presents a turret | |||||||||
試料 |
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生物種 | Kelp fly virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hartley CJ / Greenwood DR / Gilbert RJC | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2005 タイトル: Kelp fly virus: a novel group of insect picorna-like viruses as defined by genome sequence analysis and a distinctive virion structure. 著者: C J Hartley / D R Greenwood / R J C Gilbert / A Masoumi / K H J Gordon / T N Hanzlik / E E Fry / D I Stuart / P D Scotti / 要旨: The complete genomic sequence of kelp fly virus (KFV), originally isolated from the kelp fly, Chaetocoelopa sydneyensis, has been determined. Analyses of its genomic and structural organization and ...The complete genomic sequence of kelp fly virus (KFV), originally isolated from the kelp fly, Chaetocoelopa sydneyensis, has been determined. Analyses of its genomic and structural organization and phylogeny show that it belongs to a hitherto undescribed group within the picorna-like virus superfamily. The single-stranded genomic RNA of KFV is 11,035 nucleotides in length and contains a single large open reading frame encoding a polypeptide of 3,436 amino acids with 5' and 3' untranslated regions of 384 and 343 nucleotides, respectively. The predicted amino acid sequence of the polypeptide shows that it has three regions. The N-terminal region contains sequences homologous to the baculoviral inhibitor of apoptosis repeat domain, an inhibitor of apoptosis commonly found in animals and in viruses with double-stranded DNA genomes. The second region contains at least two capsid proteins. The third region has three sequence motifs characteristic of replicase proteins of many plant and animal viruses, including a helicase, a 3C chymotrypsin-like protease, and an RNA-dependent RNA polymerase. Phylogenetic analysis of the replicase motifs shows that KFV forms a distinct and distant taxon within the picorna-like virus superfamily. Cryoelectron microscopy and image reconstruction of KFV to a resolution of 15 A reveals an icosahedral structure, with each of its 12 fivefold vertices forming a turret from the otherwise smooth surface of the 20-A-thick capsid. The architecture of the KFV capsid is unique among the members of the picornavirus superfamily for which structures have previously been determined. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1153.map.gz | 1.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1153-v30.xml emd-1153.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1153.gif | 34.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1153 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1153 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1153_validation.pdf.gz | 209 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1153_full_validation.pdf.gz | 208.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1153_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1153 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1153 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of Kelp fly virus in which only a single vertex presents a turret | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Kelp fly virus
全体 | 名称: Kelp fly virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Kelp fly virus
超分子 | 名称: Kelp fly virus / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample displays evidence of a substoichiometric level of turret decoration. 集合状態: One icosahedral virion / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 4.38 MDa 手法: Volumetrically from the reconstruction and by comparison with the known volume to mass ratio of other insect viruses |
-超分子 #1: Kelp fly virus
超分子 | 名称: Kelp fly virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: KFV / NCBI-ID: 340921 / 生物種: Kelp fly virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: KFV |
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宿主 | 生物種: Chaetocoelopa sydneyensis (ハエ) / 別称: INVERTEBRATES |
分子量 | 理論値: 4.38 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 330 Å |
ウイルス殻 | Shell ID: 2 / 名称: Capsid and turret / 直径: 450 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 100 mM TRIS, pH 7.2 |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid, carbon lacey film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE 手法: Blot until grid pulls away from Whatman number 1 paper before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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温度 | 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at |
日付 | 2001年6月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.38 µm / 実像数: 27 / 平均電子線量: 2 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 7.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 38000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: By micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER 詳細: Final map was calculated from images that had previously been CTF-corrected. Map has a single turret on a unique vertex and has had 5fold symmetry applied after map calculation. 使用した粒子像数: 3890 |
最終 角度割当 | 詳細: SPIDER |