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- EMDB-11514: Molecular pore spanning the double membranes of murine coronavira... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11514
タイトルMolecular pore spanning the double membranes of murine coronaviral (MHV-A59) replication organelles.
マップデータIn situ structure of the molecular pore that spans the double membranes of coronavirus (MHV-A59) induced replication organelles.
試料
  • 複合体: Molecular pore containing hexameric nsp3 in the double membranes of the replication organelles induced by murine coronavirus.
生物種Murine hepatitis virus strain A59 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.5 Å
データ登録者Barcena M / Wolff G
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: A molecular pore spans the double membrane of the coronavirus replication organelle.
著者: Georg Wolff / Ronald W A L Limpens / Jessika C Zevenhoven-Dobbe / Ulrike Laugks / Shawn Zheng / Anja W M de Jong / Roman I Koning / David A Agard / Kay Grünewald / Abraham J Koster / Eric J ...著者: Georg Wolff / Ronald W A L Limpens / Jessika C Zevenhoven-Dobbe / Ulrike Laugks / Shawn Zheng / Anja W M de Jong / Roman I Koning / David A Agard / Kay Grünewald / Abraham J Koster / Eric J Snijder / Montserrat Bárcena /
要旨: Coronavirus genome replication is associated with virus-induced cytosolic double-membrane vesicles, which may provide a tailored microenvironment for viral RNA synthesis in the infected cell. ...Coronavirus genome replication is associated with virus-induced cytosolic double-membrane vesicles, which may provide a tailored microenvironment for viral RNA synthesis in the infected cell. However, it is unclear how newly synthesized genomes and messenger RNAs can travel from these sealed replication compartments to the cytosol to ensure their translation and the assembly of progeny virions. In this study, we used cellular cryo-electron microscopy to visualize a molecular pore complex that spans both membranes of the double-membrane vesicle and would allow export of RNA to the cytosol. A hexameric assembly of a large viral transmembrane protein was found to form the core of the crown-shaped complex. This coronavirus-specific structure likely plays a key role in coronavirus replication and thus constitutes a potential drug target.
履歴
登録2020年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月19日-
マップ公開2020年8月19日-
更新2020年9月23日-
現状2020年9月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11514.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11514.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In situ structure of the molecular pore that spans the double membranes of coronavirus (MHV-A59) induced replication organelles.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 673.92 Å		7.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 673.92 Å		7.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 673.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.19 / ムービー #1: 2.19
最小 - 最大-3.073535 - 5.422954
平均 (標準偏差)0.0953795 (±0.9999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 673.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.027.027.02
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z673.920673.920673.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ100115122
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-48-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-3.0745.4230.095

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Molecular pore containing hexameric nsp3 in the double membranes ...

全体名称: Molecular pore containing hexameric nsp3 in the double membranes of the replication organelles induced by murine coronavirus.
要素
  • 複合体: Molecular pore containing hexameric nsp3 in the double membranes of the replication organelles induced by murine coronavirus.

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超分子 #1: Molecular pore containing hexameric nsp3 in the double membranes ...

超分子名称: Molecular pore containing hexameric nsp3 in the double membranes of the replication organelles induced by murine coronavirus.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Upon infection with murine coronavirus (MHV-A59) the formation of ER derived double-membrane vesicles is induced in the host cell. The molecular pore spans the two membranes of these viral replication organelles.
由来(天然)生物種: Murine hepatitis virus strain A59 (ウイルス) / Organelle: virus-induced double-membrane vesicles / 細胞中の位置: perinuclear area
組換発現生物種: Murine hepatitis virus strain A59 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blotting time 15s.
詳細electron cryo-tomography of FIB-milled lamellae

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: ALGEBRAIC (ARTS) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 314
抽出トモグラム数: 53 / 使用した粒子像数: 619 / 手法: manual picking / ソフトウェア - 名称: Dynamo
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND, CTFPHASEFLIP)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 206 / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: Dynamo
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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