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- EMDB-1141: The structure of p53 tumour suppressor protein reveals the basis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1141
タイトルThe structure of p53 tumour suppressor protein reveals the basis for its functional plasticity.
マップデータThe EM map of the p53 tumour suppressor
試料
  • 試料: murine p53
  • タンパク質・ペプチド: p53
機能・相同性p53 tumour suppressor family / nucleus
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.7 Å
データ登録者Okorokov AL / Sherman MB / Milner J / Orlova EV
引用ジャーナル: EMBO J / : 2006
タイトル: The structure of p53 tumour suppressor protein reveals the basis for its functional plasticity.
著者: Andrei L Okorokov / Michael B Sherman / Celia Plisson / Vera Grinkevich / Kristmundur Sigmundsson / Galina Selivanova / Jo Milner / Elena V Orlova /
要旨: p53 major tumour suppressor protein has presented a challenge for structural biology for two decades. The intact and complete p53 molecule has eluded previous attempts to obtain its structure, ...p53 major tumour suppressor protein has presented a challenge for structural biology for two decades. The intact and complete p53 molecule has eluded previous attempts to obtain its structure, largely due to the intrinsic flexibility of the protein. Using ATP-stabilised p53, we have employed cryoelectron microscopy and single particle analysis to solve the first three-dimensional structure of the full-length p53 tetramer (resolution 13.7 A). The p53 molecule is a D2 tetramer, resembling a hollow skewed cube with node-like vertices of two sizes. Four larger nodes accommodate central core domains, as was demonstrated by fitting of its X-ray structure. The p53 monomers are connected via their juxtaposed N- and C-termini within smaller N/C nodes to form dimers. The dimers form tetramers through the contacts between core nodes and N/C nodes. This structure revolutionises existing concepts of p53's molecular organisation and resolves conflicting data relating to its biochemical properties. This architecture of p53 in toto suggests novel mechanisms for structural plasticity, which enables the protein to bind variably spaced DNA target sequences, essential for p53 transactivation and tumour suppressor functions.
履歴
登録2005年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年7月28日-
マップ公開2006年7月28日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The EM map of the p53 tumour suppressor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 192. Å
1.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 192. Å
1.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 192. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度
表面レベル1: 0.0313 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.0157751 - 0.115924
平均 (標準偏差)0.00353103 (±0.0127307)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 192 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.51.51.5
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z192.000192.000192.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-90-90-190
NX/NY/NZ180180380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0160.1160.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : murine p53

全体名称: murine p53
要素
  • 試料: murine p53
  • タンパク質・ペプチド: p53

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超分子 #1000: murine p53

超分子名称: murine p53 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: homogenous sample / 集合状態: tetramer / Number unique components: 1
分子量実験値: 180 KDa / 理論値: 174 KDa / 手法: ultracentrifugation

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分子 #1: p53

分子名称: p53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: tumour suppressor / 詳細: ATP-g-S complex / コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse / Organelle: nucleus
分子量実験値: 43 KDa / 理論値: 45 KDa
組換発現生物種: Baculoviral system in Sf9 insect cells / 組換プラスミド: pVL1393
配列GO: nucleus / InterPro: p53 tumour suppressor family

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150mM NaCl, 5mM MgCl2, 25mM Tris-HCl
グリッド詳細: R2/2 quantifoilMicro
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: automatic blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 80 K
アライメント法Legacy - 非点収差: 110
日付2004年1月2日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 16 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 0.7 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率(補正後): 45000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 倍率(公称値): 45000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Phase correction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 詳細: Final map was obtained from 240 best classes / 使用した粒子像数: 7000
最終 2次元分類クラス数: 400

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: URO
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body. other PDB entries used in addition: 1c26 and 1t4f
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Best correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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