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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11376 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram averaging of the OSBP construct NPHFFAT. | |||||||||
マップデータ | NPHFFAT in galactocerebroside tubes containing PI4P | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | |||||||||
データ登録者 | de la Mora E / Dezi M / diCicco A / Bigay J / Gautier R / Manzi J / Polidori J / Castano-Diez D / Mesmin B / Antonny B / Levy D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Nanoscale architecture of a VAP-A-OSBP tethering complex at membrane contact sites. 著者: Eugenio de la Mora / Manuela Dezi / Aurélie Di Cicco / Joëlle Bigay / Romain Gautier / John Manzi / Joël Polidori / Daniel Castaño-Díez / Bruno Mesmin / Bruno Antonny / Daniel Lévy / 要旨: Membrane contact sites (MCS) are subcellular regions where two organelles appose their membranes to exchange small molecules, including lipids. Structural information on how proteins form MCS is ...Membrane contact sites (MCS) are subcellular regions where two organelles appose their membranes to exchange small molecules, including lipids. Structural information on how proteins form MCS is scarce. We designed an in vitro MCS with two membranes and a pair of tethering proteins suitable for cryo-tomography analysis. It includes VAP-A, an ER transmembrane protein interacting with a myriad of cytosolic proteins, and oxysterol-binding protein (OSBP), a lipid transfer protein that transports cholesterol from the ER to the trans Golgi network. We show that VAP-A is a highly flexible protein, allowing formation of MCS of variable intermembrane distance. The tethering part of OSBP contains a central, dimeric, and helical T-shape region. We propose that the molecular flexibility of VAP-A enables the recruitment of partners of different sizes within MCS of adjustable thickness, whereas the T geometry of the OSBP dimer facilitates the movement of the two lipid-transfer domains between membranes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11376.map.gz | 504.8 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11376-v30.xml emd-11376.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11376_fsc.xml | 2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11376.png | 42 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11376 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11376 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11376_validation.pdf.gz | 343.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11376_full_validation.pdf.gz | 342.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11376_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11376_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11376 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11376 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11376.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 549.8 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | NPHFFAT in galactocerebroside tubes containing PI4P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Chimera N-PH-FFAT comprising residues 1-407 from the Oxysterol-Bi...
全体 | 名称: Chimera N-PH-FFAT comprising residues 1-407 from the Oxysterol-Binding Protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Chimera N-PH-FFAT comprising residues 1-407 from the Oxysterol-Bi...
超分子 | 名称: Chimera N-PH-FFAT comprising residues 1-407 from the Oxysterol-Binding Protein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 43.2 kDa/nm |
-分子 #1: N-PH-FFAT (OSBP 1-407)
分子 | 名称: N-PH-FFAT (OSBP 1-407) / タイプ: other / ID: 1 詳細: Chimera N-PH-FFAT comprising residues 1-407 from human Oxysterol-Binding Protein. 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAATELRGVV GPGPAAIAAL GGGGAGPPVV GGGGGRGDAG PGSGAASGTV VAAAAGGPGP GAGGVAAAGP APAPPTGGSG GSGAGGSGSA REGWLFKWTN YIKGYQRRWF VLSNGLLSYY RSKAEMRHTC RGTINLATAN ITVEDSCNFI ISNGGAQTYH LKASSEVERQ ...文字列: MAATELRGVV GPGPAAIAAL GGGGAGPPVV GGGGGRGDAG PGSGAASGTV VAAAAGGPGP GAGGVAAAGP APAPPTGGSG GSGAGGSGSA REGWLFKWTN YIKGYQRRWF VLSNGLLSYY RSKAEMRHTC RGTINLATAN ITVEDSCNFI ISNGGAQTYH LKASSEVERQ RWVTALELAK AKAVKMLAES DESGDEESVS QTDKTELQNT LRTLSSKVED LSTCNDLIAK HGTALQRSLS ELESLKLPAE SNEKIKQVNE RATLFRITSN AMINACRDFL MLAQTHSKKW QKSLQYERDQ RIRLEETLEQ LAKQHNHLER AFRGATVLPA NTPGNVGSGK DQCCSGKGDM SDEDDENEFF DAPEIITMPE NLGHKRTGSN ISGASSDISL DEQYKHQLEE TKKEKRTR |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: 50 mM HEPES pH 7.4 120 mM potassium acetate | |||||||||
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グリッド | モデル: Homemade / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 21 K / 装置: LEICA PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |