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万見
- EMDB-1132: A partial atomic structure for the flagellar hook of Salmonella t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1132
タイトルA partial atomic structure for the flagellar hook of Salmonella typhimurium.
マップデータThis is a map of the Salmonell Typhimurium Flagellar hook
試料
  • 試料: Salmonella typhimurium Flagellar hook
  • タンパク質・ペプチド: flagellar hook protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal ...Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook protein FlgE / Flagellar hook protein FlgE
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Shaikh TR / Thomas DR / Chen JZ / Samatey FA / Matsunami H / Imada K / Namba K / DeRosier DJ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2005
タイトル: A partial atomic structure for the flagellar hook of Salmonella typhimurium.
著者: Tanvir R Shaikh / Dennis R Thomas / James Z Chen / Fadel A Samatey / Hideyuki Matsunami / Katsumi Imada / Keiichi Namba / David J Derosier /
要旨: The axial proteins of the bacterial flagellum function as a drive shaft, universal joint, and propeller driven by the flagellar rotary motor; they also form the putative protein export channel. The N- ...The axial proteins of the bacterial flagellum function as a drive shaft, universal joint, and propeller driven by the flagellar rotary motor; they also form the putative protein export channel. The N- and C-terminal sequences of the eight axial proteins were predicted to form interlocking alpha-domains generating an axial tube. We report on an approximately 1-nm resolution map of the hook from Salmonella typhimurium, which reveals such a tube made from interdigitated, 1-nm rod-like densities similar to those seen in maps of the filament. Atomic models for the two outer domains of the hook subunit were docked into the corresponding outermost features of the map. The N and C termini of the hook subunit fragment are positioned next to each other and face toward the axis of the hook. The placement of these termini would permit the residues missing in the fragment to form the rod-like features that form the core domain of the hook. We also fit the hook atomic model to an approximately 2-nm resolution map of the hook from Caulobacter crescentus. The hook protein sequence from C. crescentus is largely homologous to that of S. typhimurium except for a large insertion (20 kDa). According to difference maps and our fitting, this insertion is found on the outer surface of the hook, consistent with our modeling of the hook.
履歴
登録2004年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年5月19日-
マップ公開2005年5月19日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2bgy
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1132.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1132.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of the Salmonell Typhimurium Flagellar hook
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.18 Å/pix.
x 141 pix.
= 448.38 Å		3.18 Å/pix.
x 91 pix.
= 289.38 Å		3.18 Å/pix.
x 91 pix.
= 289.38 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 22.199999999999999 / ムービー #1: 8
最小 - 最大-25.293199999999999 - 52.314900000000002
平均 (標準偏差)-4.01785 (±14.918100000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ9191141
Spacing9191141
セルA: 289.38 Å / B: 289.38 Å / C: 448.38 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.183.183.18
M x/y/z9191141
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z289.380289.380448.380
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-90-90-190
NX/NY/NZ180180380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS9191141
D min/max/mean-25.29352.315-4.018

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Salmonella typhimurium Flagellar hook

全体名称: Salmonella typhimurium Flagellar hook
要素
  • 試料: Salmonella typhimurium Flagellar hook
  • タンパク質・ペプチド: flagellar hook protein

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超分子 #1000: Salmonella typhimurium Flagellar hook

超分子名称: Salmonella typhimurium Flagellar hook / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: sample is derived from a polyhook mutant in the hook length controling gene fliK
集合状態: Segment of helix containing 75 hooksubunits / Number unique components: 1
分子量実験値: 3.1 MDa / 手法: amino acid sequence

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分子 #1: flagellar hook protein

分子名称: flagellar hook protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: FlgE / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: SJW880

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM tris, 5 mM EDTA, 0.1% triton X-100
グリッド詳細: 300 mesh copper grids with holey carbon films
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: gravity plunger. vitrification done in cold room at 4 deg C. Polyhooks are straight at 4 deg.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at 300,000
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 21 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 66000
試料ステージ試料ホルダー: cryo / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Hook is naturally helical when assembled
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: BRANDEIS HELICAL PACKAGE
詳細: average includes 262 datasets and included 46 layerlines out of 84 collected.
CTF補正詳細: corrected averaged layerlines

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1w1g


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: RSRef
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: semi-rigid body. Two domains are kept as independent rigid bodies, connected by flexible peptide. Refinement is via simulated annealing molecular dynamics, including the adjacent subunits in the helix.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: correl. coeff.
得られたモデル

PDB-2bgy:
Fit of the x-ray structure of the baterial flagellar hook fragment flge31 into an EM map from the hook of Caulobacter crescentus.

PDB-2bgz:
ATOMIC MODEL OF THE BACTERIAL FLAGELLAR BASED ON DOCKING AN X-RAY DERIVED HOOK STRUCTURE INTO AN EM MAP.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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