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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11275 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | MreC | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | MreC | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | bacterial cell wall elongation / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Cell/Rod shape-determining protein MreC, domain 1 / Rod shape-determining protein MreC / Cell/Rod shape-determining protein MreC, domain 2 / rod shape-determining protein MreC / regulation of cell shape / Cell shape-determining protein MreC 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Estrozi LF / Contreras-Martel C | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ブラジル, フランス, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Self-association of MreC as a regulatory signal in bacterial cell wall elongation. 著者: Alexandre Martins / Carlos Contreras-Martel / Manon Janet-Maitre / Mayara M Miyachiro / Leandro F Estrozi / Daniel Maragno Trindade / Caíque C Malospirito / Fernanda Rodrigues-Costa / Lionel ...著者: Alexandre Martins / Carlos Contreras-Martel / Manon Janet-Maitre / Mayara M Miyachiro / Leandro F Estrozi / Daniel Maragno Trindade / Caíque C Malospirito / Fernanda Rodrigues-Costa / Lionel Imbert / Viviana Job / Guy Schoehn / Ina Attrée / Andréa Dessen / 要旨: The elongasome, or Rod system, is a protein complex that controls cell wall formation in rod-shaped bacteria. MreC is a membrane-associated elongasome component that co-localizes with the ...The elongasome, or Rod system, is a protein complex that controls cell wall formation in rod-shaped bacteria. MreC is a membrane-associated elongasome component that co-localizes with the cytoskeletal element MreB and regulates the activity of cell wall biosynthesis enzymes, in a process that may be dependent on MreC self-association. Here, we use electron cryo-microscopy and X-ray crystallography to determine the structure of a self-associated form of MreC from Pseudomonas aeruginosa in atomic detail. MreC monomers interact in head-to-tail fashion. Longitudinal and lateral interfaces are essential for oligomerization in vitro, and a phylogenetic analysis of proteobacterial MreC sequences indicates the prevalence of the identified interfaces. Our results are consistent with a model where MreC's ability to alternate between self-association and interaction with the cell wall biosynthesis machinery plays a key role in the regulation of elongasome activity. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11275.map.gz | 141.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11275-v30.xml emd-11275.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11275_fsc.xml | 12.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11275.png | 85.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11275.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11275 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11275 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11275_validation.pdf.gz | 718.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11275_full_validation.pdf.gz | 717.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11275_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11275_validation.cif.gz | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11275 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11275 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11275.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 155.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | MreC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.206 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MreC
全体 | 名称: MreC |
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要素 |
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-超分子 #1: MreC
超分子 | 名称: MreC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-分子 #1: Rod shape-determining protein MreC
分子 | 名称: Rod shape-determining protein MreC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 19.054844 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: AALTEQNVRL RELLNSAALV DDKVLVSELI GVDPNPFTQR IMIDKGENDG VFVGQPVLDA SGLMGQVVEV MPYTARVLLL TDTTHSIPV QVNRNGLRAI AVGTGNPERL ELRYVADTAD IKEGDLLVSS GLGQRFPAGY PVATVKEVIH DSGQPFAVVR A VPTAKMNR SRYVLLVF UniProtKB: Cell shape-determining protein MreC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 詳細: 30 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-20 / 実像数: 1200 / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |