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- EMDB-1119: Three-dimensional structure of the bacteriophage P22 tail machine. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1119
タイトルThree-dimensional structure of the bacteriophage P22 tail machine.
マップデータa cryoEM map of the P22 tail machine
試料
  • 試料: the tail machine isolated from bacteriophage P22
  • タンパク質・ペプチド: portal
  • タンパク質・ペプチド: tailspike
  • タンパク質・ペプチド: gp4
  • タンパク質・ペプチド: gp10
  • タンパク質・ペプチド: gp26
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Tang L / Marion WR / Cingolani G / Prevelige PE / Johnson JE
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2005
タイトル: Three-dimensional structure of the bacteriophage P22 tail machine.
著者: Liang Tang / William R Marion / Gino Cingolani / Peter E Prevelige / John E Johnson /
要旨: The tail of the bacteriophage P22 is composed of multiple protein components and integrates various biological functions that are crucial to the assembly and infection of the phage. The three- ...The tail of the bacteriophage P22 is composed of multiple protein components and integrates various biological functions that are crucial to the assembly and infection of the phage. The three-dimensional structure of the P22 tail machine determined by electron cryo-microscopy and image reconstruction reveals how the five types of polypeptides present as 51 subunits are organized into this molecular machine through twelve-, six- and three-fold symmetry, and provides insights into molecular events during host cell attachment and phage DNA translocation.
履歴
登録2005年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年4月4日-
マップ公開2005年6月20日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.275232
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.275232
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1119.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈a cryoEM map of the P22 tail machine
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度
表面レベル1: 0.326 / ムービー #1: 1.275232
最小 - 最大-6.90755 - 6.64187
平均 (標準偏差)-0.0198402 (±0.345698)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-79-79-79
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 672 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z672.000672.000672.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-80-80-80
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-79-79-79
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-6.9086.642-0.020

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : the tail machine isolated from bacteriophage P22

全体名称: the tail machine isolated from bacteriophage P22
要素
  • 試料: the tail machine isolated from bacteriophage P22
  • タンパク質・ペプチド: portal
  • タンパク質・ペプチド: tailspike
  • タンパク質・ペプチド: gp4
  • タンパク質・ペプチド: gp10
  • タンパク質・ペプチド: gp26

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超分子 #1000: the tail machine isolated from bacteriophage P22

超分子名称: the tail machine isolated from bacteriophage P22 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 12-, 6-, and 3-fold symmetry / Number unique components: 5
分子量理論値: 2.8 MDa

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分子 #1: portal

分子名称: portal / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: gp1 / 詳細: DNA packaging / コピー数: 12 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage P22 (ファージ) / 株: 13-am H101
分子量実験値: 82.611 MDa / 理論値: 83 MDa
組換発現生物種: Salmonella enterica Serovar Typhimurium strain

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分子 #2: tailspike

分子名称: tailspike / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: gp9 / 詳細: receptor binding / コピー数: 18 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage P22 (ファージ) / 株: 13-am H101
分子量実験値: 71.857 MDa / 理論値: 70 MDa
組換発現生物種: Salmonella enterica Serovar Typhimurium strain

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分子 #3: gp4

分子名称: gp4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: accessory protein / 詳細: forms a channel; transglycosylase / コピー数: 12 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage P22 (ファージ) / 株: 13-am H101
分子量実験値: 18.025 MDa / 理論値: 20 MDa
組換発現生物種: Salmonella enterica Serovar Typhimurium strain

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分子 #4: gp10

分子名称: gp10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: accessory protein / 詳細: forms a channel / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage P22 (ファージ) / 株: 13-am H101
分子量実験値: 52.457 MDa / 理論値: 50 MDa
組換発現生物種: Salmonella enterica Serovar Typhimurium strain

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分子 #5: gp26

分子名称: gp26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: accessory protein / 詳細: needle-like plug / コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage P22 (ファージ) / 株: 13-am H101
分子量実験値: 24.603 MDa / 理論値: 25 MDa
組換発現生物種: Salmonella enterica Serovar Typhimurium strain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Na2HPO4, pH8.0
グリッド詳細: 300 mesh holey copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 89 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home-made plunger / 手法: blot for 3-4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 89 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 105,000 times magnification
日付2004年5月19日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 54 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 60

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画像解析

詳細The particles showed preferential orientation on the grids. CryoEM data were collected using the tilt method. The tilt angles ranged from 0-60 degrees. The particles were selected with a semi-automated selection program.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider / 使用した粒子像数: 11329
最終 角度割当詳細: SPIDER:theta 90 degrees, phi 60 degrees

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1tyx

,

1lkt

)
ソフトウェア名称: colores
詳細Protocol: rigid body. The receptor-binding domain (1TYX) of the tailspike was computationally docked with the program colores, and the docking was unambiguous. Then the head-binding domain (1LKT) was manually docked.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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