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万見
- EMDB-1118: Structural polymorphism of the major capsid protein of a double-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1118
タイトルStructural polymorphism of the major capsid protein of a double-stranded RNA virus: an amphipathic alpha helix as a molecular switch.
マップデータThree-dimensional density map of IBDV chimeric capsids at 15 A resolution, viewed along 2 fold axis of symmetry. The chimeric IBDV protein is VP2, including 466 amino acid residues,with an N-terminal His tag
試料
  • 試料: chimeric Infectious Bursal Disease Virus capsid
  • ウイルス: Infectious bursal disease virus (ウイルス)
生物種Infectious bursal disease virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Saugar I / Luque D / Ona A / Rodriguez JF / Carrascosa JL / Trus BL / Caston JR
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structural polymorphism of the major capsid protein of a double-stranded RNA virus: an amphipathic alpha helix as a molecular switch.
著者: Irene Saugar / Daniel Luque / Ana Oña / José F Rodríguez / José L Carrascosa / Benes L Trus / José R Castón /
要旨: The infectious bursal disease virus T=13 viral particle is composed of two major proteins, VP2 and VP3. Here, we show that the molecular basis of the conformational flexibility of the major capsid ...The infectious bursal disease virus T=13 viral particle is composed of two major proteins, VP2 and VP3. Here, we show that the molecular basis of the conformational flexibility of the major capsid protein precursor, pVP2, is an amphipatic alpha helix formed by the sequence GFKDIIRAIR. VP2 containing this alpha helix is able to assemble into the T=13 capsid only when expressed as a chimeric protein with an N-terminal His tag. An amphiphilic alpha helix, which acts as a conformational switch, is thus responsible for the inherent structural polymorphism of VP2. The His tag mimics the VP3 C-terminal region closely and acts as a molecular triggering factor. Using cryo-electron microscopy difference imaging, both polypeptide elements were detected on the capsid inner surface. We propose that electrostatic interactions between these two morphogenic elements are transmitted to VP2 to acquire the competent conformations for capsid assembly.
履歴
登録2005年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年3月31日-
マップ公開2006年5月11日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1118.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Three-dimensional density map of IBDV chimeric capsids at 15 A resolution, viewed along 2 fold axis of symmetry. The chimeric IBDV protein is VP2, including 466 amino acid residues,with an N-terminal His tag
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 30.5 / ムービー #1: 35
最小 - 最大-109.0 - 189.0
平均 (標準偏差)14.99649715 (±45.47627258)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-94-94-94
サイズ189189189
Spacing189189189
セルA=B=C: 793.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z189189189
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z793.800793.800793.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-80-80-80
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-94-94-94
NC/NR/NS189189189
D min/max/mean-109.000189.00014.996

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : chimeric Infectious Bursal Disease Virus capsid

全体名称: chimeric Infectious Bursal Disease Virus capsid
要素
  • 試料: chimeric Infectious Bursal Disease Virus capsid
  • ウイルス: Infectious bursal disease virus (ウイルス)

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超分子 #1000: chimeric Infectious Bursal Disease Virus capsid

超分子名称: chimeric Infectious Bursal Disease Virus capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Infectious bursal disease virus

超分子名称: Infectious bursal disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HT-VP2-466 / NCBI-ID: 10995 / 生物種: Infectious bursal disease virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: HT-VP2-466
宿主生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: HT-VP2-466 single layered capsid / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6.2 / 詳細: PIPES 25 mM, 150 mM NaCl, 20 mM CaCl2
グリッド詳細: Holey carbon film on copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 111 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual / 手法: double blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 98 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times
詳細TEM Tecnai G2
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 82 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / 詳細: original images were binned 3X / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49700 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emPFT / 使用した粒子像数: 1557

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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