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- EMDB-11154: Merozoite surface protein 1 (MSP-1) from Plasmodium falciparum, a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11154
タイトルMerozoite surface protein 1 (MSP-1) from Plasmodium falciparum, alternative conformation 4
マップデータUnfiltered map
試料
  • 複合体: Merozoite surface protein 1 (MSP-1)
    • タンパク質・ペプチド: Merozoite surface antigens
    • タンパク質・ペプチド: Merozoite surface antigens
    • タンパク質・ペプチド: Merozoite surface protein-1
    • タンパク質・ペプチド: Merozoite surface protein 1
キーワードMerozoite surface protein 1 / malaria / Plasmodium falciparum / MSP-1 / p190 / GPI-anchored membrane protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Merozoite surface 1, C-terminal / Merozoite surface protein, EGF domain 1 / Merozoite surface protein 1 (MSP1) C-terminus / MSP1 EGF domain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Merozoite surface protein 1 / Merozoite surface protein 1 / Merozoite surface protein 1 / Merozoite surface protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dijkman PM / Kudryashev M
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Alexander von Humboldt FoundationSofja Kovalevskaja Award to Mikhail Kudryashev ドイツ
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure of the merozoite surface protein 1 from .
著者: Patricia M Dijkman / Tanja Marzluf / Yingyi Zhang / Shih-Ying Scott Chang / Dominic Helm / Michael Lanzer / Hermann Bujard / Mikhail Kudryashev /
要旨: The merozoite surface protein 1 (MSP-1) is the most abundant protein on the surface of the erythrocyte-invading merozoite, the causative agent of malaria. MSP-1 is essential for merozoite formation, ...The merozoite surface protein 1 (MSP-1) is the most abundant protein on the surface of the erythrocyte-invading merozoite, the causative agent of malaria. MSP-1 is essential for merozoite formation, entry into and escape from erythrocytes, and is a promising vaccine candidate. Here, we present monomeric and dimeric structures of full-length MSP-1. MSP-1 adopts an unusual fold with a large central cavity. Its fold includes several coiled-coils and shows structural homology to proteins associated with membrane and cytoskeleton interactions. MSP-1 formed dimers through these domains in a concentration-dependent manner. Dimerization is affected by the presence of the erythrocyte cytoskeleton protein spectrin, which may compete for the dimerization interface. Our work provides structural insights into the possible mode of interaction of MSP-1 with erythrocytes and establishes a framework for future investigations into the role of MSP-1 in infection and immunity.
#1: ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure of the merozoite surface protein 1 from Plasmodium falciparum
著者: Dijkman PM / Marzluf T / Zhang Y / Chang SYS / Helm D / Lanzer M / Bujard H / Kudryashev M
履歴
登録2020年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月19日-
マップ公開2021年5月19日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zbg
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11154.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unfiltered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 288 pix.
= 309.024 Å		1.07 Å/pix.
x 288 pix.
= 309.024 Å		1.07 Å/pix.
x 288 pix.
= 309.024 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-0.7105299 - 1.8988634
平均 (標準偏差)-0.0016981951 (±0.04207361)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 309.024 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0731.0731.073
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z309.024309.024309.024
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.7111.899-0.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11154_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_11154_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_11154_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11154_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Merozoite surface protein 1 (MSP-1)

全体名称: Merozoite surface protein 1 (MSP-1)
要素
  • 複合体: Merozoite surface protein 1 (MSP-1)
    • タンパク質・ペプチド: Merozoite surface antigens
    • タンパク質・ペプチド: Merozoite surface antigens
    • タンパク質・ペプチド: Merozoite surface protein-1
    • タンパク質・ペプチド: Merozoite surface protein 1

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超分子 #1: Merozoite surface protein 1 (MSP-1)

超分子名称: Merozoite surface protein 1 (MSP-1) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Heteromeric assembly of p83/30 fusion and p38/42 fusion of MSP-1 from Plasmodium falciparum (monomer), processed with SUB-1 protease into the MSP-1 complex composed of the subunits p83, p30, p38, and p42
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

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分子 #1: Merozoite surface antigens

分子名称: Merozoite surface antigens / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Subunit of the MSP-1 complex / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 81.773539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VTHESYQELV KKLEALEDAV LTGYSLFQKE KMVLNEEEIT TKGASAQSGA SAQSGASAQS GASAQSGASA QSGASAQSGT SGPSGPSGT SPSSRSNTLP RSNTSSGASP PADASDSDAK SYADLKHRVR NYLFTIKELK YPELFDLTNH MLTLCDNIHG F KYLIDGYE ...文字列:
VTHESYQELV KKLEALEDAV LTGYSLFQKE KMVLNEEEIT TKGASAQSGA SAQSGASAQS GASAQSGASA QSGASAQSGT SGPSGPSGT SPSSRSNTLP RSNTSSGASP PADASDSDAK SYADLKHRVR NYLFTIKELK YPELFDLTNH MLTLCDNIHG F KYLIDGYE EINELLYKLN FYFDLLRAKL NDVCANDYCQ IPFNLKIRAN ELDVLKKLVF GYRKPLDNIK DNVGKMEDYI KK NKTTIAN INELIEGSKK TIDQNKNADN EEGKKKLYQA QYDLSIYNKQ LEEAHNLISV LEKRIDTLKK NENIKKLLDK INE IKNPPP ANSGNTPNTL LDKNKKIEEH EEKIKEIAKT IKFNIDSLFT DPLELEYYLR EKNKKVDVTP KSQDPTKSVQ IPKV PYPNG IVYPLPLTDI HNSLAADNDK NSYGDLMNPH TKEKINEKII TDNKERKIFI NNIKKKIDLE EKNINHTKEQ NKKLL EDYE KSKKDYEELL EKFYEMKFNN NFDKDVVDKI FSARYTYNVE KQRYNNKFSS SNNSVYNVQK LKKALSYLED YSLRKG ISE KDFNHYYTLK TGLEADIKKL TEEIKSSENK ILEKNFKGLT HSANGSLEVS DIVKLQVQKV LLIKKIEDLR KIELFLK NA QLKDSIHVPN IYKPQNKPEP YYLIVLKKEV DKLKEFIPKV KDMLKKEQAV LSSITQPLVA ASETTEDGGH STHTL

UniProtKB: Merozoite surface protein 1

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分子 #2: Merozoite surface antigens

分子名称: Merozoite surface antigens / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Subunit of the MSP-1 complex / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 20.217637 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SQSGETEVTE ETEETEETVG HTTTVTITLP PTQPSPPKEV KVVENSIEQK SNDNSQALTK TVYLKKLDEF LTKSYICHKY ILVSNSSMD QKLLEVYNLT PEEENELKSC DPLDLLFNIQ NNIPAMYSLY DSMNNDLQHL FFELYQKEMI YYLHKLKEEN H IKKLLEEQ KQITGT

UniProtKB: Merozoite surface protein 1

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分子 #3: Merozoite surface protein-1

分子名称: Merozoite surface protein-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Subunit of the MSP-1 complex / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 46.390676 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SSTSSPGNTT VNTAQSATHS NSQNQQSNAS STNTQNGVAV SSGPAVVEES HDPLTVLSIS NDLKGIVSLL NLGNKTKVPN PLTISTTEM EKFYENILKN NDTYFNDDIK QFVKSNSKVI TGLTETQKNA LNDEIKKLKD TLQLSFDLYN KYKLKLDRLF N KKKELGQD ...文字列:
SSTSSPGNTT VNTAQSATHS NSQNQQSNAS STNTQNGVAV SSGPAVVEES HDPLTVLSIS NDLKGIVSLL NLGNKTKVPN PLTISTTEM EKFYENILKN NDTYFNDDIK QFVKSNSKVI TGLTETQKNA LNDEIKKLKD TLQLSFDLYN KYKLKLDRLF N KKKELGQD KMQIKKLTLL KEQLESKLNS LNNPHNVLQN FSVFFNKKKE AEIAETENTL ENTKILLKHY KGLVKYYNGE SS PLKTLSE VSIQTEDNYA NLEKFRVLSK IDGKLNDNLH LGKKKLSFLS SGLHHLITEL KEVIKNKNYT GNSPSENNKK VNE ALKSYE NFLPEAKVTT VVTPPQPDVT PSPLSVRVSG SSGSTKEETQ IPTSGSLLTE LQQVVQLQNY DEEDDSLVVL PIFG ESEDN DEYLDQVVTG E

UniProtKB: Merozoite surface protein 1

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分子 #4: Merozoite surface protein 1

分子名称: Merozoite surface protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Subunit of the MSP-1 complex / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 43.243133 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AISVTMDNIL SGFENEYDVI YLKPLAGVYR SLKKQIEKNI FTFNLNLNDI LNSRLKKRKY FLDVLESDLM QFKHISSNEY IIEDSFKLL NSEQKNTLLK SYKYIKESVE NDIKFAQEGI SYYEKVLAKY KDDLESIKKV IKEEKEKFPS SPPTTPPSPA K TDEQKKES ...文字列:
AISVTMDNIL SGFENEYDVI YLKPLAGVYR SLKKQIEKNI FTFNLNLNDI LNSRLKKRKY FLDVLESDLM QFKHISSNEY IIEDSFKLL NSEQKNTLLK SYKYIKESVE NDIKFAQEGI SYYEKVLAKY KDDLESIKKV IKEEKEKFPS SPPTTPPSPA K TDEQKKES KFLPFLTNIE TLYNNLVNKI DDYLINLKAK INDCNVEKDE AHVKITKLSD LKAIDDKIDL FKNPYDFEAI KK LINDDTK KDMLGKLLST GLVQNFPNTI ISKLIEGKFQ DMLNISQHQC VKKQCPENSG CFRHLDEREE CKCLLNYKQE GDK CVENPN PTCNENNGGC DADATCTEED SGSSRKKITC ECTKPDSYPL FDGIFCSSSN

UniProtKB: Merozoite surface protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Heteromeric assembly of p83/30 fusion and p38/42 fusion of MSP-1 from Plasmodium falciparum (monomer), processed with SUB-1 protease into the MSP-1 complex composed of the subunits p83, p30, p38, and p42

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model generated from the data
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.5) / 使用した粒子像数: 116037
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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