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- EMDB-11054: Linear Ubiquitin Chain Assembly Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11054
タイトルLinear Ubiquitin Chain Assembly Complex
マップデータ3D refined model of LUBAC obtained from negative staining EM data.
試料
  • 複合体: Ternary complex of HOIP, HOIL-1L, and SHARPIN
    • タンパク質・ペプチド: HOIL-1L Interacting Protein
    • タンパク質・ペプチド: Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1
    • タンパク質・ペプチド: Shank-associated RH domain-interacting protein
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic nuclear changes / regulation of CD40 signaling pathway / protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase activator activity / negative regulation of necroptotic process / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Neurexins and neuroligins ...apoptotic nuclear changes / regulation of CD40 signaling pathway / protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase activator activity / negative regulation of necroptotic process / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Neurexins and neuroligins / TNFR1-induced proapoptotic signaling / keratinization / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein sequestering activity / ubiquitin binding / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / mitochondrion organization / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of inflammatory response / protein polyubiquitination / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / T cell receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / postsynaptic density / defense response to bacterium / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sharpin, PH domain / Sharpin PH domain / : / : / : / : / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. ...Sharpin, PH domain / Sharpin PH domain / : / : / : / : / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / PH-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1 / Sharpin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Rodriguez Carvajal A / Ikeda F / Haselbach D
資金援助 オーストリア, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)614711 オーストリア
Austrian Science FundP 2550 8 オーストリア
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: The linear ubiquitin chain assembly complex (LUBAC) generates heterotypic ubiquitin chains.
著者: Alan Rodriguez Carvajal / Irina Grishkovskaya / Carlos Gomez Diaz / Antonia Vogel / Adar Sonn-Segev / Manish S Kushwah / Katrin Schodl / Luiza Deszcz / Zsuzsanna Orban-Nemeth / Shinji ...著者: Alan Rodriguez Carvajal / Irina Grishkovskaya / Carlos Gomez Diaz / Antonia Vogel / Adar Sonn-Segev / Manish S Kushwah / Katrin Schodl / Luiza Deszcz / Zsuzsanna Orban-Nemeth / Shinji Sakamoto / Karl Mechtler / Philipp Kukura / Tim Clausen / David Haselbach / Fumiyo Ikeda /
要旨: The linear ubiquitin chain assembly complex (LUBAC) is the only known ubiquitin ligase for linear/Met1-linked ubiquitin chain formation. One of the LUBAC components, heme-oxidized IRP2 ubiquitin ...The linear ubiquitin chain assembly complex (LUBAC) is the only known ubiquitin ligase for linear/Met1-linked ubiquitin chain formation. One of the LUBAC components, heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 (HOIL-1L), was recently shown to catalyse oxyester bond formation between ubiquitin and some substrates. However, oxyester bond formation in the context of LUBAC has not been directly observed. Here, we present the first 3D reconstruction of human LUBAC obtained by electron microscopy and report its generation of heterotypic ubiquitin chains containing linear linkages with oxyester-linked branches. We found that this event depends on HOIL-1L catalytic activity. By cross-linking mass spectrometry showing proximity between the catalytic RING-in-between-RING (RBR) domains, a coordinated ubiquitin relay mechanism between the HOIL-1-interacting protein (HOIP) and HOIL-1L ligases is suggested. In mouse embryonic fibroblasts, these heterotypic chains were induced by TNF, which is reduced in cells expressing an HOIL-1L catalytic inactive mutant. In conclusion, we demonstrate that LUBAC assembles heterotypic ubiquitin chains by the concerted action of HOIP and HOIL-1L.
履歴
登録2020年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月9日-
マップ公開2021年6月9日-
更新2021年7月7日-
現状2021年7月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11054.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D refined model of LUBAC obtained from negative staining EM data.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.7 Å/pix.
x 90 pix.
= 333. Å		3.7 Å/pix.
x 90 pix.
= 333. Å		3.7 Å/pix.
x 90 pix.
= 333. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.052657463 - 0.1393197
平均 (標準偏差)0.0007289691 (±0.01032264)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 333.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.73.73.7
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z333.000333.000333.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-0.0530.1390.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of HOIP, HOIL-1L, and SHARPIN

全体名称: Ternary complex of HOIP, HOIL-1L, and SHARPIN
要素
  • 複合体: Ternary complex of HOIP, HOIL-1L, and SHARPIN
    • タンパク質・ペプチド: HOIL-1L Interacting Protein
    • タンパク質・ペプチド: Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1
    • タンパク質・ペプチド: Shank-associated RH domain-interacting protein

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超分子 #1: Ternary complex of HOIP, HOIL-1L, and SHARPIN

超分子名称: Ternary complex of HOIP, HOIL-1L, and SHARPIN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Full length proteins.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量実験値: 222 KDa

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分子 #1: HOIL-1L Interacting Protein

分子名称: HOIL-1L Interacting Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPGEEEERAF LVAREELASA LRRDSGQAFS LEQLRPLLAS SLPLAARYLQ LDAARLVRCN AHGEPRNYLN TLSTALNIL EKYGRNLLSP QRPRYWRGVK FNNPVFRSTV DAVQGGRDVL RLYGYTEEQP DGLSFPEGQE E PDEHQVAT VTLEVLLLRT ELSLLLQNTH ...文字列:
MPGEEEERAF LVAREELASA LRRDSGQAFS LEQLRPLLAS SLPLAARYLQ LDAARLVRCN AHGEPRNYLN TLSTALNIL EKYGRNLLSP QRPRYWRGVK FNNPVFRSTV DAVQGGRDVL RLYGYTEEQP DGLSFPEGQE E PDEHQVAT VTLEVLLLRT ELSLLLQNTH PRQQALEQLL EDKVEDDMLQ LSEFDPLLRE IAPGPLTTPS VP GSTPGPC FLCGSAPGTL HCPSCKQALC PACDHLFHGH PSRAHHLRQT LPGVLQGTHL SPSLPASAQP RPQ STSLLA LGDSSLSSPN PASAHLPWHC AACAMLNEPW AVLCVACDRP RGCKGLGLGT EGPQGTGGLE PDLA RGRWA CQSCTFENEA AAVLCSICER PRLAQPPSLV VDSRDAGICL QPLQQGDALL ASAQSQVWYC IHCTF CNSS PGWVCVMCNR TSSPIPAQHA PRPYASSLEK GPPKPGPPRR LSAPLPSSCG DPEKQRQDKM REEGLQ LVS MIREGEAAGA CPEEIFSALQ YSGTEVPLQW LRSELPYVLE MVAELAGQQD PGLGAFSCQE ARRAWLD RH GNLDEAVEEC VRTRRRKVQE LQSLGFGPEE GSLQALFQHG GDVSRALTEL QRQRLEPFRQ RLWDSGPE P TPSWDGPDKQ SLVRRLLAVY ALPSWGRAEL ALSLLQETPR NYELGDVVEA VRHSQDRAFL RRLLAQECA VCGWALPHNR MQALTSCECT ICPDCFRQHF TIALKEKHIT DMVCPACGRP DLTDDTQLLS YFSTLDIQLR ESLEPDAYA LFHKKLTEGV LMRDPKFLWC AQCSFGFIYE REQLEATCPQ CHQTFCVRCK RQWEEQHRGR S CEDFQNWK RMNDPEYQAQ GLAMYLQENG IDCPKCKFSY ALARGGCMHF HCTQCRHQFC SGCYNAFYAK NK CPEPNCR VKKSLHGHHP RDCLFYLRDW TALRLQKLLQ DNNVMFNTEP PAGARAVPGG GCRVIEQKEV PNG LRDEAC GKETPAGYAG LCQAHYKEYL VSLINAHSLD PATLYEVEEL ETATERYLHV RPQPLAGEDP PAYQ ARLLQ KLTEEVPLGQ SIPRRRK

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分子 #2: Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1

分子名称: Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDEKTKKAEE MALSLTRAVA GGDEQVAMKC AIWLAEQRVP LSVQLKPEVS PTQDIRLWVS VEDAQMHTVT IWLTVRPDM TVASLKDMVF LDYGFPPVLQ QWVIGQRLAR DQETLHSHGV RQNGDSAYLY LLSARNTSLN P QELQRERQ LRMLEDLGFK DLTLQPRGPL ...文字列:
MDEKTKKAEE MALSLTRAVA GGDEQVAMKC AIWLAEQRVP LSVQLKPEVS PTQDIRLWVS VEDAQMHTVT IWLTVRPDM TVASLKDMVF LDYGFPPVLQ QWVIGQRLAR DQETLHSHGV RQNGDSAYLY LLSARNTSLN P QELQRERQ LRMLEDLGFK DLTLQPRGPL EPGPPKPGVP QEPGRGQPDA VPEPPPVGWQ CPGCTFINKP TR PGCEMCC RARPEAYQVP ASYQPDEEER ARLAGEEEAL RQYQQRKQQQ QEGNYLQHVQ LDQRSLVLNT EPA ECPVCY SVLAPGEAVV LRECLHTFCR ECLQGTIRNS QEAEVSCPFI DNTYSCSGKL LEREIKALLT PEDY QRFLD LGISIAENRS AFSYHCKTPD CKGWCFFEDD VNEFTCPVCF HVNCLLCKAI HEQMNCKEYQ EDLAL RAQN DVAARQTTEM LKVMLQQGEA MRCPQCQIVV QKKDGCDWIR CTVCHTEICW VTKGPRWGPG GPGDTS GGC RCRVNGIPCH PSCQNCH

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分子 #3: Shank-associated RH domain-interacting protein

分子名称: Shank-associated RH domain-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAPPAGGAAA AASDLGSAAV LLAVHAAVRP LGAGPDAEAQ LRRLQLSADP ERPGRFRLEL LGAGPGAVNL EWPLESVSY TIRGPTQHEL QPPPGGPGTL SLHFLNPQEA QRWAVLVRGA TVEGQNGSKS NSPPALGPEA C PVSLPSPP EASTLKGPPP EADLPRSPGN ...文字列:
MAPPAGGAAA AASDLGSAAV LLAVHAAVRP LGAGPDAEAQ LRRLQLSADP ERPGRFRLEL LGAGPGAVNL EWPLESVSY TIRGPTQHEL QPPPGGPGTL SLHFLNPQEA QRWAVLVRGA TVEGQNGSKS NSPPALGPEA C PVSLPSPP EASTLKGPPP EADLPRSPGN LTEREELAGS LARAIAGGDE KGAAQVAAVL AQHRVALSVQ LQ EACFPPG PIRLQVTLED AASAASAASS AHVALQVHPH CTVAALQEQV FSELGFPPAV QRWVIGRCLC VPE RSLASY GVRQDGDPAF LYLLSAPREA PATGPSPQHP QKMDGELGRL FPPSLGLPPG PQPAASSLPS PLQP SWSCP SCTFINAPDR PGCEMCSTQR PCTWDPLAAA ST

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMNaClsodium chloride
100.0 mMKClpotassium chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate
グリッド材質: COPPER/PALLADIUM / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: NITROGEN / 前処理 - 気圧: 0.01 kPa
詳細This specimen was monodisperse. Specimen was run over S200 gel filtration column prior to staining.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 35000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 33000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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