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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11049 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the proximal basal body triplet from Trichonympha | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Trichonympha sp. (真核生物) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 42.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Guichard P / Hachet V / Majubu N / Neves A / Demurtas D / Olieric N / Fluckiger I / Yamada A / Kihara K / Nishida Y ...Guichard P / Hachet V / Majubu N / Neves A / Demurtas D / Olieric N / Fluckiger I / Yamada A / Kihara K / Nishida Y / Moriya S / Steinmetz MO / Hongoh Y / Gonczy P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Curr Biol / 年: 2013 タイトル: Native architecture of the centriole proximal region reveals features underlying its 9-fold radial symmetry. 著者: Paul Guichard / Virginie Hachet / Norbert Majubu / Aitana Neves / Davide Demurtas / Natacha Olieric / Isabelle Fluckiger / Akinori Yamada / Kumiko Kihara / Yuichiro Nishida / Shigeharu Moriya ...著者: Paul Guichard / Virginie Hachet / Norbert Majubu / Aitana Neves / Davide Demurtas / Natacha Olieric / Isabelle Fluckiger / Akinori Yamada / Kumiko Kihara / Yuichiro Nishida / Shigeharu Moriya / Michel O Steinmetz / Yuichi Hongoh / Pierre Gönczy / 要旨: BACKGROUND: Centrioles are cylindrical microtubule-based structures whose assembly is critical for the formation of cilia, flagella, and centrosomes. The centriole proximal region harbors a cartwheel ...BACKGROUND: Centrioles are cylindrical microtubule-based structures whose assembly is critical for the formation of cilia, flagella, and centrosomes. The centriole proximal region harbors a cartwheel that dictates the 9-fold symmetry of centrioles. Although the cartwheel architecture has been recently analyzed, how it connects to the peripheral microtubules is not understood. More generally, a high-resolution view of the proximal region of the centriole is lacking, thus limiting understanding of the underlying assembly mechanisms. RESULTS: We report the complete architecture of the Trichonympha centriole proximal region using cryotomography. The resulting 3D map reveals several features, including additional densities in the ...RESULTS: We report the complete architecture of the Trichonympha centriole proximal region using cryotomography. The resulting 3D map reveals several features, including additional densities in the cartwheel that exhibit a 9-fold symmetrical arrangement, as well as the structure of the Pinhead and the A-C linker that connect to microtubules. Moreover, we uncover striking chiral features that might impart directionality to the entire centriole. Furthermore, we identify Trichonympha SAS-6 and demonstrate that it localizes to the cartwheel in vivo. CONCLUSIONS: Our work provides unprecedented insight into the architecture of the centriole proximal region, which is key for a thorough understanding of the mechanisms governing centriole assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11049.map.gz | 3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11049-v30.xml emd-11049.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11049.png | 32.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11049 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11049 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11049_validation.pdf.gz | 215.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11049_full_validation.pdf.gz | 214.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11049_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11049 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11049 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11049.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Isolated Trichonmypha centriole
全体 | 名称: Isolated Trichonmypha centriole |
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要素 |
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-超分子 #1: Isolated Trichonmypha centriole
超分子 | 名称: Isolated Trichonmypha centriole / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Trichonympha sp. (真核生物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 / 詳細: binning 2, 0.748 nm final pixel size |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C9 (9回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 42.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 6000 |
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抽出 | トモグラム数: 6 / 使用した粒子像数: 6000 |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |