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万見
- EMDB-1101: Coat protein fold and maturation transition of bacteriophage P22 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1101
タイトルCoat protein fold and maturation transition of bacteriophage P22 seen at subnanometer resolutions.
マップデータZ-axis along 3fold symmetry axis, Y-axis along 2fold symmetry axis
試料
  • 試料: P22 Mature Phage
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Jiang W / Li Z / Zhang Z / Baker ML / Prevelige PE / Chiu W
引用ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 2003
タイトル: Coat protein fold and maturation transition of bacteriophage P22 seen at subnanometer resolutions.
著者: Wen Jiang / Zongli Li / Zhixian Zhang / Matthew L Baker / Peter E Prevelige / Wah Chiu /
要旨: Bacteriophage P22 is a prototypical biological machine used for studying protein complex assembly and capsid maturation. Using cryo-EM, we solved the structures of P22 before and after the capsid ...Bacteriophage P22 is a prototypical biological machine used for studying protein complex assembly and capsid maturation. Using cryo-EM, we solved the structures of P22 before and after the capsid maturation at 8.5 A and 9.5 A resolutions, respectively. These structures allowed visualization of alpha-helices and beta-sheets from which the capsid protein fold is derived. The capsid fold is similar to that of the coat protein of HK97 bacteriophage. The cryo-EM shows that a large conformational change of the P22 capsid during maturation transition involves not only the domain movement of individual subunits, but also refolding of the capsid protein.
履歴
登録2004年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2004年12月13日-
マップ公開2004年12月13日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1101.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 116.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Z-axis along 3fold symmetry axis, Y-axis along 2fold symmetry axis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.82 Å/pix.
x 199 pix.
= 361.185 Å		1.82 Å/pix.
x 397 pix.
= 720.555 Å		1.82 Å/pix.
x 397 pix.
= 720.555 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.815 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 3.27 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-8.788 - 12.0128
平均 (標準偏差)0.175442 (±1.58435)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-198-1980
サイズ397397199
Spacing397397199
セルA: 720.555 Å / B: 720.555 Å / C: 361.185 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.8151.8151.815
M x/y/z397397199
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z720.555720.555361.185
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-198-1980
NC/NR/NS397397199
D min/max/mean-8.78812.0130.175

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : P22 Mature Phage

全体名称: P22 Mature Phage
要素
  • 試料: P22 Mature Phage
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)

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超分子 #1000: P22 Mature Phage

超分子名称: P22 Mature Phage / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 18 MDa / 理論値: 18 MDa

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超分子 #1: Enterobacteria phage P22

超分子名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: P22 mature phage / 詳細: the icosahedral protein shell / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: P22 mature phage
宿主生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量実験値: 18 MDa / 理論値: 18 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid shell / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home-made plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 4000EX
温度最低: 95 K / 最高: 95 K / 平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: by monitoring Thon rings at very close to focus
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 30 e/Å2
詳細: scanned at 7micrometer then averaged to 14micrometer step size
ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 400 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: per micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SAVR / 使用した粒子像数: 5600

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1fh6
PDB 未公開エントリ


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: foldhunter
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: rigid body
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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