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万見
- EMDB-10833: Negative stain reconstruction of grafix crosslink human condensin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10833
タイトルNegative stain reconstruction of grafix crosslink human condensin II in the presence of ATPyS
マップデータHuman condensin II negative stain reconstruction, crosslinked with glutaraldehyde in the presence of ATPyS in a glycerol gradient
試料
  • 複合体: Human condensin II pentamer composed of SMC2, SMC4, CapH2, CapD3 and CapG2
    • タンパク質・ペプチド: SMC2
    • タンパク質・ペプチド: SMC4
    • タンパク質・ペプチド: CapH2
    • タンパク質・ペプチド: CapD3
    • タンパク質・ペプチド: CapG2
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.5 Å
データ登録者Cutts EE / Beuron F / Morris E / Vannini A
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKC47547/A21536 英国
Wellcome Trust200818/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Human Condensin I and II Drive Extensive ATP-Dependent Compaction of Nucleosome-Bound DNA.
著者: Muwen Kong / Erin E Cutts / Dongqing Pan / Fabienne Beuron / Thangavelu Kaliyappan / Chaoyou Xue / Edward P Morris / Andrea Musacchio / Alessandro Vannini / Eric C Greene /
要旨: Structural maintenance of chromosomes (SMC) complexes are essential for genome organization from bacteria to humans, but their mechanisms of action remain poorly understood. Here, we characterize ...Structural maintenance of chromosomes (SMC) complexes are essential for genome organization from bacteria to humans, but their mechanisms of action remain poorly understood. Here, we characterize human SMC complexes condensin I and II and unveil the architecture of the human condensin II complex, revealing two putative DNA-entrapment sites. Using single-molecule imaging, we demonstrate that both condensin I and II exhibit ATP-dependent motor activity and promote extensive and reversible compaction of double-stranded DNA. Nucleosomes are incorporated into DNA loops during compaction without being displaced from the DNA, indicating that condensin complexes can readily act upon nucleosome-bound DNA molecules. These observations shed light on critical processes involved in genome organization in human cells.
履歴
登録2020年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月20日-
マップ公開2020年5月20日-
更新2020年7月15日-
現状2020年7月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10833.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10833.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human condensin II negative stain reconstruction, crosslinked with glutaraldehyde in the presence of ATPyS in a glycerol gradient
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.19 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0125 / ムービー #1: 0.0125
最小 - 最大-0.03836988 - 0.13957503
平均 (標準偏差)0.00002846297 (±0.0012712684)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1038.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.195.195.19
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1038.0001038.0001038.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0380.1400.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human condensin II pentamer composed of SMC2, SMC4, CapH2, CapD3 ...

全体名称: Human condensin II pentamer composed of SMC2, SMC4, CapH2, CapD3 and CapG2
要素
  • 複合体: Human condensin II pentamer composed of SMC2, SMC4, CapH2, CapD3 and CapG2
    • タンパク質・ペプチド: SMC2
    • タンパク質・ペプチド: SMC4
    • タンパク質・ペプチド: CapH2
    • タンパク質・ペプチド: CapD3
    • タンパク質・ペプチド: CapG2

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超分子 #1: Human condensin II pentamer composed of SMC2, SMC4, CapH2, CapD3 ...

超分子名称: Human condensin II pentamer composed of SMC2, SMC4, CapH2, CapD3 and CapG2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 657 KDa

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分子 #1: SMC2

分子名称: SMC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHIKSIILEG FKSYAQRTEV NGFDPLFNA ITGLNGSGKS N ILDSICFL LGISNLSQVR AS NLQDLVY KNGQAGITKA SVS ITFDNS DKKQSPLGFE VHDE ITVTR QVVIGGRNKY LINGV NANN TRVQDLFCSV GLNVNN PHF LIMQGRITKV LNMKPPE IL ...文字列:
MHIKSIILEG FKSYAQRTEV NGFDPLFNA ITGLNGSGKS N ILDSICFL LGISNLSQVR AS NLQDLVY KNGQAGITKA SVS ITFDNS DKKQSPLGFE VHDE ITVTR QVVIGGRNKY LINGV NANN TRVQDLFCSV GLNVNN PHF LIMQGRITKV LNMKPPE IL SMIEEAAGTR MYEYKKIA A QKTIEKKEAK LKEIKTILE EEITPTIQKL KEERSSYLEY QKVMREIEH LSRLYIAYQF L LAEDTKVR SAEELKEMQD KV IKLQEEL SENDKKIKAL NHE IEELEK RKDKETGGIL RSLE DALAE AQRVNTKSQS AFDLK KKNL ACEESKRKEL EKNMVE DSK TLAAKEKEVK KITDGLH AL QEASNKDAEA LAAAQQHF N AVSAGLSSNE DGAEATLAG QMMACKNDIS KAQTEAKQAQ MKLKHAQQE LKNKQAEVKK M DSGYRKDQ EALEAVKRLK EK LEAEMKK LNYEENKEES LLE KRRQLS RDIGRLKETY EALL ARFPN LRFAYKDPEK NWNRN CVKG LVASLISVKD TSATTA LEL VAGERLYNVV VDTEVTG KK LLERGELKRR YTIIPLNK I SARCIAPETL RVAQNLVGP DNVHVALSLV EYKPELQKAM EFVFGTTFV CDNMDNAKKV A FDKRIMTR TVTLGGDVFD PH GTLSGGA RSQAASILTK FQE LKDVQD ELRIKENELR ALEE ELAGL KNTAEKYRQL KQQWE MKTE EADLLQTKLQ QSSYHK QQE ELDALKKTIE ESEETLK NT KEIQRKAEEK YEVLENKM K NAEAEREREL KDAQKKLDC AKTKADASSK KMKEKQQEVE AITLELEEL KREHTSYKQQ L EAVNEAIK SYESQIEVMA AE VAKNKES VNKAQEEVTK QKE VITAQD TVIKAKYAEV AKHK EQNND SQLKIKELDH NISKH KREA EDGAAKVSKM LKDYDW INA ERHLFGQPNS AYDFKTN NP KEAGQRLQKL QEMKEKLG R NVNMRAMNVL TEAEERYND LMKKKRIVEN DKSKILTTIE DLDQKKNQA LNIAWQKVNK D FGSIFSTL LPGANAMLAP PE GQTVLDG LEFKVALGNT WKE NLTELS GGQRSLVALS LILS MLLFK PAPIYILDEV DAALD LSHT QNIGQMLRTH FTHSQF IVV SLKEGMFNNA NVLFKTK FV DGVSTVARFT QCQNGKIS K EAKSKAKPPK GAHVEV

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分子 #2: SMC4

分子名称: SMC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAHHHHHHHH HHLEVLFQGP RKGTQPSTA RRREEGPPPP S PDGASSDA EPEPPSGRTE SP ATAAETA SEELDNRSLE EIL NSIPPP PPPAMTNEAG APRL MITHI VNQNFKSYAG EKILG PFHK RFSCIIGPNG SGKSNV IDS MLFVFGYRAQ KIRSKKL SV ...文字列:
MAHHHHHHHH HHLEVLFQGP RKGTQPSTA RRREEGPPPP S PDGASSDA EPEPPSGRTE SP ATAAETA SEELDNRSLE EIL NSIPPP PPPAMTNEAG APRL MITHI VNQNFKSYAG EKILG PFHK RFSCIIGPNG SGKSNV IDS MLFVFGYRAQ KIRSKKL SV LIHNSDEHKD IQSCTVEV H FQKIIDKEGD DYEVIPNSN FYVSRTACRD NTSVYHISGK KKTFKDVGN LLRSHGIDLD H NRFLILQG EVEQIAMMKP KG QTEHDEG MLEYLEDIIG CGR LNEPIK VLCRRVEILN EHRG EKLNR VKMVEKEKDA LEGEK NIAI EFLTLENEIF RKKNHV CQY YIYELQKRIA EMETQKE KI HEDTKEINEK SNILSNEM K AKNKDVKDTE KKLNKITKF IEENKEKFTQ LDLEDVQVRE KLKHATSKA KKLEKQLQKD K EKVEEFKS IPAKSNNIIN ET TTRNNAL EKEKEKEEKK LKE VMDSLK QETQGLQKEK ESRE KELMG FSKSVNEARS KMDVA QSEL DIYLSRHNTA VSQLTK AKE ALIAASETLK ERKAAIR DI EGKLPQTEQE LKEKEKEL Q KLTQEETNFK SLVHDLFQK VEEAKSSLAM NRSRGKVLDA IIQEKKSGR IPGIYGRLGD L GAIDEKYD VAISSCCHAL DY IVVDSID IAQECVNFLK RQN IGVATF IGLDKMAVWA KKMT EIQTP ENTPRLFDLV KVKDE KIRQ AFYFALRDTL VADNLD QAT RVAYQKDRRW RVVTLQG QI IEQSGTMTGG GSKVMKGR M GSSLVIEISE EEVNKMESQ LQNDSKKAMQ IQEQKVQLEE RVVKLRHSE REMRNTLEKF T ASIQRLIE QEEYLNVQVK EL EANVLAT APDKKKQKLL EEN VSAFKT EYDAVAEKAG KVEA EVKRL HNTIVEINNH KLKAQ QDKL DKINKQLDEC ASAITK AQV AIKTADRNLQ KAQDSVL RT EKEIKDTEKE VDDLTAEL K SLEDKAAEVV KNTNAAEES LPEIQKEHRN LLQELKVIQE NEHALQKDA LSIKLKLEQI D GHIAEHNS KIKYWHKEIS KI SLHPIED NPIEEISVLS PED LEAIKN PDSITNQIAL LEAR CHEMK PNLGAIAEYK KKEEL YLQR VAELDKITYE RDSFRQ AYE DLRKQRLNEF MAGFYII TN KLKENYQMLT LGGDAELE L VDSLDPFSEG IMFSVRPPK KSWKKIFNLS GGEKTLSSLA LVFALHHYK PTPLYFMDEI D AALDFKNV SIVAFYIYEQ TK NAQFIII SLRNNMFEIS DRL IGIYKT YNITKSVAVN PKEI ASKGL C

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分子 #3: CapH2

分子名称: CapH2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: EDVEARFAHL LQPIRDLTK NWEVDVAAQL GEYLEELDQI CISFDEGKT TMNFIEAALL I QGSACVYS KKVEYLYSLV YQ ALDFISG KRRAKQLSSV QED RANGVA SSGVPQEAEN EFLS LDDFP DSRTNVDLKN DQTPS EVLI IPLLPMALVA PDEMEK NNN ...文字列:
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分子 #4: CapD3

分子名称: CapD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: VALRGLGSGL QPWCPLDLR LEWVDTVWEL DFTETEPLDP SIEAEIIET GLAAFTKLYE S LLPFATGE HGSMESIWTF FI ENNVSHS TLVALFYHFV QIV HKKNVS VQYREYGLHA AGLY FLLLE VPGSVANQVF HPVMF DKCI QTLKKSWPQE SNLNRK RKK ...文字列:
VALRGLGSGL QPWCPLDLR LEWVDTVWEL DFTETEPLDP SIEAEIIET GLAAFTKLYE S LLPFATGE HGSMESIWTF FI ENNVSHS TLVALFYHFV QIV HKKNVS VQYREYGLHA AGLY FLLLE VPGSVANQVF HPVMF DKCI QTLKKSWPQE SNLNRK RKK EQPKSSQANP GRHRKRG KP PRREDIEMDE IIEEQEDE N ICFSARDLSQ IRNAIFHLL KNFLRLLPKF SLKEKPQCVQ NCIEVFVSL TNFEPVLHEC H VTQARALN QAKYIPELAY YG LYLLCSP IHGEGDKVIS CVF HQMLSV ILMLEVGEGS HRAP LAVTS QVINCRNQAV QFISA LVDE LKESIFPVVR ILLQHI CAK VVDKSEYRTF AAQSLVQ LL SKLPCGEYAM FIAWLYKY S RSSKIPHRVF TLDVVLALL ELPEREVDNT LSLEHQKFLK HKFLVQEIM FDRCLDKAPT V RSKALSSF AHCLELTVTS AS ESILELL INSPTFSVIE SHP GTLLRN SSAFSYQRQT SNRS EPSGE INIDSSGETV GSGER CVMA MLRRRIRDEK TNVRKS ALQ VLVSILKHCD VSGMKED LW ILQDQCRDPA VSVRKQAL Q SLTELLMAQP RCVQIQKAW LRGVVPVVMD CESTVQEKAL EFLDQLLLQ NIRHHSHFHS G DDSQVLAW ALLTLLTTES QE LSRYLNK AFHIWSKKEK FSP TFINNV ISHTGTEHSA PAWM LLSKI AGSSPRLDYS RIIQS WEKI SSQQNPNSNT LGHILC VIG HIAKHLPKST RDKVTDA VK CKLNGFQWSL EVISSAVD A LQRLCRASAE TPAEEQELL TQVCGDVLST CEHRLSNIVL KENGTGNMD EDLLVKYIFT L GDIAQLCP ARVEKRIFLL IQ SVLASSA DADHSPSSQG SSE APASQP PPQVRGSVMP SVIR AHAII TLGKLCLQHE DLAKK SIPA LVRELEVCED VAVRNN VII VMCDLCIRYT IMVDKYI PN ISMCLKDSDP FIRKQTLI L LTNLLQEEFV KWKGSLFFR FVSTLIDSHP DIASFGEFCL AHLLLKRNP VMFFQHFIEC I FHFNNYEK HEKYNKFPQS ER EKRLFSL KGKSNKERRM KIY KFLLEH FTDEQRFNIT SKIC LSILA CFADGILPLD LDASE LLSD TFEVLSSKEI KLLAMR SKP DKDLLMEEDD MALANVV MQ EAQKKLISQV QKRNFIEN I IPIIISLKTV LEKNKIPAL RELMHYLREV MQDYRDELKD FFAVDKQLA SELEYDMKKY Q EQLVQEQE LAKHADVAGT AG GAEVAPV AQVALCLETV PVP AGQENP AMSPAVSQPC TPRA SAGHV AVSSPTPETG PLQRL LPKA RPMSLSTIAI LNSVKK AVE SKSRHRSRSL GVLPFTL NS GSPEKTCSQV SSYSLEQE S NGEIEHVTKR AISTPEKSI SDVTFGAGVS YIGTPRTPSS AKEKIEGRS QGNDILCLSL P DKPPPQPQ QWNVRSPARN KD TPACSRR SLRKTPLKTA N

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分子 #5: CapG2

分子名称: CapG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEKRETFVQA VSKELVGEFL QFVQLDKEA SDPFSLNELL D ELSRKQKE ELWQRLKNLL TD VLLESPV DGWQVVEAQG EDN METEHG SKMRKSIEII YAIT SVILA SVSVINESEN YEALL ECVI ILNGILYALP ESERKL QSS IQDLCVTWWE KGLPAKE DT ...文字列:
MEKRETFVQA VSKELVGEFL QFVQLDKEA SDPFSLNELL D ELSRKQKE ELWQRLKNLL TD VLLESPV DGWQVVEAQG EDN METEHG SKMRKSIEII YAIT SVILA SVSVINESEN YEALL ECVI ILNGILYALP ESERKL QSS IQDLCVTWWE KGLPAKE DT GKTAFVMLLR RSLETKTG A DVCRLWRIHQ ALYCFDYDL EESGEIKDML LECFININYI KKEEGRRFL SCLFNWNINF I KMIHGTIK NQLQGLQKSL MV YIAEIYF RAWKKASGKI LEA IENDCI QDFMFHGIHL PRRS PVHSK VREVLSYFHH QKKVR QGVE EMLYRLYKPI LWRGLK ARN SEVRSNAALL FVEAFPI RD PNLHAIEMDS EIQKQFEE L YSLLEDPYPM VRSTGILGV CKITSKYWEM MPPTILIDLL KKVTGELAF DTSSADVRCS V FKCLPMIL DNKLSHPLLE QL LPALRYS LHDNSEKVRV AFV DMLLKI KAVRAAKFWK ICPM EHILV RLETDSRPVS RRLVS LIFN SFLPVNQPEE VWCERC VTL VQMNHAAARR FYQYAHE HT ACTNIAKLIH VIRHCLNA C IQRAVREPPE DEEEEDGRE KENVTVLDKT LSVNDVACMA GLLEIIVIL WKSIDRSMEN N KEAKLYTI NKFASVLPEY LK VFKDDRC KIPLFMLMSF MPA SAVPPF SCGVISTLRS REEG AVDKS YCTLLDCLCS WGQVG HILE LVDNWLPTEH AQAKSN TAS KGRVQIHDTR PVKPELA LV YIEYLLTHPK NRECLLSA P RKKLNHLLKA LETSKADLE SLLQTPGGKP RGFSEAAAPR AFGLHCRLS IHLQHKFCSE G KVYLSMLE DTGFWLESKI LS FIQDQEE DYLKLHRVIY QQI IQTYLT VCKDVVMVGL GDHQ FQMQL LQRSLGIMQT VKGFF YVSL LLDILKEITG SSLIQK TDS DEEVAMLLDT VQKVFQK ML ECIARSFRKQ PEEGLRLL Y SVQRPLHEFI TAVQSRHTD TPVHRGVLST LIAGPVVEIS HQLRKVSDV EELTPPEHLS D LPPFSRCL IGIIIKSSNV VR SFLDELK ACVASNDIEG IVC LTAAVH IILVINAGKH KSSK VREVA ATVHRKLKTF MEITL EEDS IERFLYESSS RTLGEL LNS

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHepes
200.0 mMKClPotassium Chloride

詳細: Grafix crosslinked sample was gel filtered on a superose 6 column into EM buffer (20 mM HEPES [pH 8], 200 mM KCl)
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: The grids were glow discharged for 1 minute at 15 mA, the sample applied for 10 seconds and then washed twice with water before staining with 2% uranyl acetate for 1 minute before blotting and drying.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3251
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Relion initial model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 1288
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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