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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10822 | |||||||||||||||
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タイトル | CENP-A nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence | |||||||||||||||
マップデータ | Phase-plate cryo-EM structure of the Widom 601 CENP-A nucleosome core particle | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 CENP-A containing chromatin assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic spindle orientation / chromosome, centromeric region / mitotic cytokinesis / protein localization to CENP-A containing chromatin / pericentric heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal ...CENP-A containing chromatin assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic spindle orientation / chromosome, centromeric region / mitotic cytokinesis / protein localization to CENP-A containing chromatin / pericentric heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / CENP-A containing nucleosome / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RHO GTPases Activate Formins / structural constituent of chromatin / Separation of Sister Chromatids / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Boopathi R / Danev R / Khoshouei M / Kale S / Nahata S / Ramos L / Angelov D / Dimitrov S / Hamiche A / Petosa C / Bednar J | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020 タイトル: Phase-plate cryo-EM structure of the Widom 601 CENP-A nucleosome core particle reveals differential flexibility of the DNA ends. 著者: Ramachandran Boopathi / Radostin Danev / Maryam Khoshouei / Seyit Kale / Sunil Nahata / Lorrie Ramos / Dimitar Angelov / Stefan Dimitrov / Ali Hamiche / Carlo Petosa / Jan Bednar / 要旨: The histone H3 variant CENP-A marks centromeres epigenetically and is essential for mitotic fidelity. Previous crystallographic studies of the CENP-A nucleosome core particle (NCP) reconstituted with ...The histone H3 variant CENP-A marks centromeres epigenetically and is essential for mitotic fidelity. Previous crystallographic studies of the CENP-A nucleosome core particle (NCP) reconstituted with a human α-satellite DNA derivative revealed both DNA ends to be highly flexible, a feature important for CENP-A mitotic functions. However, recent cryo-EM studies of CENP-A NCP complexes comprising primarily Widom 601 DNA reported well-ordered DNA ends. Here, we report the cryo-EM structure of the CENP-A 601 NCP determined by Volta phase-plate imaging. The data reveal that one ('left') 601 DNA end is well ordered whereas the other ('right') end is flexible and partly detached from the histone core, suggesting sequence-dependent dynamics of the DNA termini. Indeed, a molecular dynamics simulation of the CENP-A 601 NCP confirmed the distinct dynamics of the two DNA extremities. Reprocessing the image data using two-fold symmetry yielded a cryo-EM map in which both DNA ends appeared well ordered, indicating that such an artefact may inadvertently arise if NCP asymmetry is lost during image processing. These findings enhance our understanding of the dynamic features that discriminate CENP-A from H3 nucleosomes by revealing that DNA end flexibility can be fine-tuned in a sequence-dependent manner. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10822.map.gz | 9.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10822-v30.xml emd-10822.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10822.png | 94.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10822 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10822 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10822_validation.pdf.gz | 263.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10822_full_validation.pdf.gz | 262.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10822_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10822 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10822 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Phase-plate cryo-EM structure of the Widom 601 CENP-A nucleosome core particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CENP-A Nucleosome core particle with 145 base pairs of Widom 601 ...
全体 | 名称: CENP-A Nucleosome core particle with 145 base pairs of Widom 601 sequence |
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要素 |
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-超分子 #1: CENP-A Nucleosome core particle with 145 base pairs of Widom 601 ...
超分子 | 名称: CENP-A Nucleosome core particle with 145 base pairs of Widom 601 sequence タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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-超分子 #2: CENP-A
超分子 | 名称: CENP-A / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: Histones H2A, H2B, H4
超分子 | 名称: Histones H2A, H2B, H4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #4: Widom 601 DNA
超分子 | 名称: Widom 601 DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-38 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2608 / 平均露光時間: 7.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.3 µm / 倍率(補正後): 47000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 47000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 38.2 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-6tem: |