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万見
- EMDB-10781: In situ cryo-electron tomogram of the Chlamydomonas chloroplast (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10781
タイトルIn situ cryo-electron tomogram of the Chlamydomonas chloroplast (Volta phase plate, bin4)
マップデータIn situ cryo-electron tomogram of the Chlamydomonas chloroplast (Volta phase plate, bin4)
試料
  • 細胞: Whole Chlamydomonas cells
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Schaffer M / Wietrzynski W / Tegunov D / Albert S / Plitzko J / Baumeister W / Engel BD
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)FOR2092 (EN 1194/1-1) ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Charting the native architecture of thylakoid membranes with single-molecule precision.
著者: Wojciech Wietrzynski / Miroslava Schaffer / Dimitry Tegunov / Sahradha Albert / Atsuko Kanazawa / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Benjamin D Engel /
要旨: Thylakoid membranes scaffold an assortment of large protein complexes that work together to harness the energy of light. It has been a longstanding challenge to visualize how the intricate thylakoid ...Thylakoid membranes scaffold an assortment of large protein complexes that work together to harness the energy of light. It has been a longstanding challenge to visualize how the intricate thylakoid network organizes these protein complexes to finely tune the photosynthetic reactions. Previously, we used in situ cryo-electron tomography to reveal the native architecture of thylakoid membranes (Engel et al., 2015). Here, we leverage technical advances to resolve the individual protein complexes within these membranes. Combined with a new method to visualize membrane surface topology, we map the molecular landscapes of thylakoid membranes inside green algae cells. Our tomograms provide insights into the molecular forces that drive thylakoid stacking and reveal that photosystems I and II are strictly segregated at the borders between appressed and non-appressed membrane domains. This new approach to charting thylakoid topology lays the foundation for dissecting photosynthetic regulation at the level of single protein complexes within the cell.
履歴
登録2020年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月1日-
マップ公開2020年4月1日-
更新2020年9月30日-
現状2020年9月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
添付画像

emd_10781.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 762.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈In situ cryo-electron tomogram of the Chlamydomonas chloroplast (Volta phase plate, bin4)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.68 Å/pix.
x 464 pix.
= 6347.52 Å		13.68 Å/pix.
x 928 pix.
= 12695.04 Å		13.68 Å/pix.
x 928 pix.
= 12695.04 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-264 - 343
平均 (標準偏差)2.228837 (±11.788139)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00232
サイズ928928464
Spacing928928464
セルA: 12695.04 Å / B: 12695.04 Å / C: 6347.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z13.6813.6813.68
M x/y/z928928464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z12695.04012695.0406347.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00232
NC/NR/NS928928464
D min/max/mean-264.000343.0002.229

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Whole Chlamydomonas cells

全体名称: Whole Chlamydomonas cells
要素
  • 細胞: Whole Chlamydomonas cells

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超分子 #1: Whole Chlamydomonas cells

超分子名称: Whole Chlamydomonas cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Grown suspended in TAP media, with normal atmosphere aeration and constant light
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: mat3-4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: TAP media
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotted from back for 10 seconds before plunging.
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 nA / 集束イオンビーム - 時間: 2000 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 95 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 120 nm
集束イオンビーム - 詳細: See https://bio-protocol.org/e1575 for detailed procedure.. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list ...集束イオンビーム - 詳細: See https://bio-protocol.org/e1575 for detailed procedure.. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Bidirectional tilt scheme, separated at 0 degrees, Volta Phase Plate
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 54 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 12 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 54
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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