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- EMDB-10765: Cryo-electron tomogram and segmentation of the cortical ER in yea... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10765
タイトルCryo-electron tomogram and segmentation of the cortical ER in yeast used for testing membrane curvature estimation algorithms.
マップデータRaw tomogram.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Saccharomyces cerevisiae strain ANDY129 delta Scs2 delta Scs22 delta Ist2
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Collado JF / Salfer M
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)FP7 GA ERC-2012-387 SyG_318987-ToPAG ドイツ
German Research Foundation (DFG)GSC-1006 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1- 390729940 ドイツ
引用ジャーナル: PLoS Comput Biol / 年: 2020
タイトル: Reliable estimation of membrane curvature for cryo-electron tomography.
著者: Maria Salfer / Javier F Collado / Wolfgang Baumeister / Rubén Fernández-Busnadiego / Antonio Martínez-Sánchez /
要旨: Curvature is a fundamental morphological descriptor of cellular membranes. Cryo-electron tomography (cryo-ET) is particularly well-suited to visualize and analyze membrane morphology in a close-to- ...Curvature is a fundamental morphological descriptor of cellular membranes. Cryo-electron tomography (cryo-ET) is particularly well-suited to visualize and analyze membrane morphology in a close-to-native state and molecular resolution. However, current curvature estimation methods cannot be applied directly to membrane segmentations in cryo-ET, as these methods cannot cope with some of the artifacts introduced during image acquisition and membrane segmentation, such as quantization noise and open borders. Here, we developed and implemented a Python package for membrane curvature estimation from tomogram segmentations, which we named PyCurv. From a membrane segmentation, a signed surface (triangle mesh) is first extracted. The triangle mesh is then represented by a graph, which facilitates finding neighboring triangles and the calculation of geodesic distances necessary for local curvature estimation. PyCurv estimates curvature based on tensor voting. Beside curvatures, this algorithm also provides robust estimations of surface normals and principal directions. We tested PyCurv and three well-established methods on benchmark surfaces and biological data. This revealed the superior performance of PyCurv not only for cryo-ET, but also for data generated by other techniques such as light microscopy and magnetic resonance imaging. Altogether, PyCurv is a versatile open-source software to reliably estimate curvature of membranes and other surfaces in a wide variety of applications.
履歴
登録2020年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月5日-
マップ公開2020年8月5日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_10765.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10765.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 202 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Raw tomogram.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.68 Å
密度
最小 - 最大-304.0 - 256.0
平均 (標準偏差)2.885558 (±11.408035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin6100
サイズ928928123
Spacing928928123
セルA: 12695.04 Å / B: 12695.04 Å / C: 1682.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z13.6813.6813.68
M x/y/z928928123
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z12695.04012695.0401682.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0610
NC/NR/NS928928123
D min/max/mean-304.000256.0002.886

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10765_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Filtered tomogram using a deconvolution filter (https://github.com/dtegunov/tom deconv) executed...

ファイルemd_10765_additional.map
注釈Filtered tomogram using a deconvolution filter (https://github.com/dtegunov/tom_deconv) executed in MATLAB (Mathworks) using the functionalities of the TOM toolbox (Nickel et al. 2005).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Filtered tomogram using a deconvolution filter (https://github.com/dtegunov/tom deconv) executed...

ファイルemd_10765_additional_1.map
注釈Filtered tomogram using a deconvolution filter (https://github.com/dtegunov/tom_deconv) executed in MATLAB (Mathworks) using the functionalities of the TOM toolbox (Nickel et al. 2005).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae strain ANDY129 delta Scs2 delta Scs22 de...

全体名称: Saccharomyces cerevisiae strain ANDY129 delta Scs2 delta Scs22 delta Ist2
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Saccharomyces cerevisiae strain ANDY129 delta Scs2 delta Scs22 delta Ist2

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超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae strain ANDY129 delta Scs2 delta Scs22 de...

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae strain ANDY129 delta Scs2 delta Scs22 delta Ist2
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: ANDY129

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 nA / 集束イオンビーム - 時間: 4000 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 93 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Quanta 3D cryo-FIB / SEM. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is ...集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Quanta 3D cryo-FIB / SEM. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 90.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 1.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.1 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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