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- EMDB-1075: Molecular architecture of the prolate head of bacteriophage T4. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1075
タイトルMolecular architecture of the prolate head of bacteriophage T4.
マップデータcryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 head
試料
  • 試料: bacteriophage T4 prolate head
  • ウイルス: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.5 Å
データ登録者Fokine A / Chipman PR / Leiman PG / Mesyanzhinov VV / Rao VB / Rossmann MG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2004
タイトル: Molecular architecture of the prolate head of bacteriophage T4.
著者: Andrei Fokine / Paul R Chipman / Petr G Leiman / Vadim V Mesyanzhinov / Venigalla B Rao / Michael G Rossmann /
要旨: The head of bacteriophage T4 is a prolate icosahedron with one unique portal vertex to which the phage tail is attached. The three-dimensional structure of mature bacteriophage T4 head has been ...The head of bacteriophage T4 is a prolate icosahedron with one unique portal vertex to which the phage tail is attached. The three-dimensional structure of mature bacteriophage T4 head has been determined to 22-A resolution by using cryo-electron microscopy. The T4 capsid has a hexagonal surface lattice characterized by the triangulation numbers T(end) = 13 laevo for the icosahedral caps and T(mid) = 20 for the midsection. Hexamers of the major capsid protein gene product (gp)23* and pentamers of the vertex protein gp24*, as well as the outer surface proteins highly antigenic outer capsid protein (hoc) and small outer capsid protein (soc), are clearly evident in the reconstruction. The size and shape of the gp23* hexamers are similar to the major capsid protein organization of bacteriophage HK97. The binding sites and shape of the hoc and soc proteins have been established by analysis of the soc(-) and hoc(-)soc(-) T4 structures.
履歴
登録2004年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2004年3月29日-
マップ公開2004年3月29日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1075.gif

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emd_1075.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 head
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.96 Å/pix.
x 240 pix.
= 1430.4 Å		5.96 Å/pix.
x 175 pix.
= 1043. Å		5.96 Å/pix.
x 175 pix.
= 1043. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0864 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.157651 - 0.263553
平均 (標準偏差)0.0133426 (±0.0458542)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ175175240
Spacing175175240
セルA: 1043 Å / B: 1043 Å / C: 1430.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.965.965.96
M x/y/z175175240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1043.0001043.0001430.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS175175240
D min/max/mean-0.1580.2640.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : bacteriophage T4 prolate head

全体名称: bacteriophage T4 prolate head
要素
  • 試料: bacteriophage T4 prolate head
  • ウイルス: Enterobacteria phage T4 (ファージ)

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超分子 #1000: bacteriophage T4 prolate head

超分子名称: bacteriophage T4 prolate head / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Sample was the native bacteriophage T4. Only the head part of the phage was reconstructed.
Number unique components: 1
分子量実験値: 194 MDa / 手法: STEM, 194 MDa is the mass of the DNA filled head.

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超分子 #1: Enterobacteria phage T4

超分子名称: Enterobacteria phage T4 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: phage T4 / NCBI-ID: 10665 / 生物種: Enterobacteria phage T4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: phage T4
宿主生物種: Ecoli / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量理論値: 194 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid width is 860 A, length is 1195 A
ウイルス殻Shell ID: 2 / 名称: Tmid=20; Tend=13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.2
詳細: Distilled water. The concentration of the virus particles was 10E11 particles pre ml.
グリッド詳細: quantifoil copper grid 2um holes
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: in-house, gravity driven plunger
手法: 3.5ul of sample hand blotted approx. 1sec

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: live fft at 190,000x
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 55 / 平均電子線量: 29 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: The reconstruction was performed by imposing 5-fold symmetry averaging. The 5-fold axis is along Z.
使用した粒子像数: 5140
最終 角度割当詳細: The reconstruction was made in SPIDER using the projection matching protocol. The reference projections were calculated in the interval theta: 0-90 degrees, phi: 0-72 degrees.

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原子モデル構築 1

詳細Nothing to fit

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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