+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10703 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Human Potassium Chloride Transporter KCC3 S45D/T940D/T997D in NaCl | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC12A6 causes agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy (ACCPN) / ammonium import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / cellular hypotonic response / ammonium channel activity / cellular hypotonic salinity response / potassium ion homeostasis ...Defective SLC12A6 causes agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy (ACCPN) / ammonium import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / cellular hypotonic response / ammonium channel activity / cellular hypotonic salinity response / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / cellular response to glucose stimulus / chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / angiogenesis / axon / synapse / protein kinase binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Chi G / Man H / Ebenhoch R / Reggiano G / Pike ACW / Wang D / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / MacLean B / Chalk R ...Chi G / Man H / Ebenhoch R / Reggiano G / Pike ACW / Wang D / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / MacLean B / Chalk R / Moreau C / Snee M / Bohstedt T / Singh NK / Abrusci P / Arrowsmith CH / Bountra C / Edwards AM / Marsden BD / Burgess-Brown NA / DiMaio F / Duerr KL / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structure of Human Potassium Chloride Transporter KCC3 in NaCl 著者: Chi G / Man H / Ebenhoch R / Reggiano G / Pike ACW / Wang D / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / Chalk R / Moreau C / Snee M / Bohstedt T / Singh NK / Abrusci P / Arrowsmith CH / Bountra C / ...著者: Chi G / Man H / Ebenhoch R / Reggiano G / Pike ACW / Wang D / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / Chalk R / Moreau C / Snee M / Bohstedt T / Singh NK / Abrusci P / Arrowsmith CH / Bountra C / Edwards AM / Marsden BD / Burgess-Brown NA / DiMaio F / Duerr KL / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10703.map.gz | 304.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10703-v30.xml emd-10703.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10703_fsc.xml | 15.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10703.png | 156.6 KB | ||
その他 | emd_10703_half_map_1.map.gz emd_10703_half_map_2.map.gz | 304.1 MB 304.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10703 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10703 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10703_validation.pdf.gz | 427 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10703_full_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10703_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10703 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10703 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10703.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.651 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10703_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10703_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homodimeric complex of human potassium chloride transporter
全体 | 名称: Homodimeric complex of human potassium chloride transporter |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Homodimeric complex of human potassium chloride transporter
超分子 | 名称: Homodimeric complex of human potassium chloride transporter タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 246 KDa |
-分子 #1: Solute carrier family 12 member 6
分子 | 名称: Solute carrier family 12 member 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Sugar molecules from glycosylation post-translational modifications (NAG, BMA) present. コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 122.273344 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPHFTVTKVE DPEEGAAASI SQEPSLADIK ARIQDSDEPD LSQNDITGEH SQLLDDGHKK ARNAYLNNSN YEEGDEYFDK NLALFEEEM DTRPKVSSLL NRMANYTNLT QGAKEHEEAE NITEGKKKPT KTPQMGTFMG VYLPCLQNIF GVILFLRLTW V VGTAGVLQ ...文字列: MPHFTVTKVE DPEEGAAASI SQEPSLADIK ARIQDSDEPD LSQNDITGEH SQLLDDGHKK ARNAYLNNSN YEEGDEYFDK NLALFEEEM DTRPKVSSLL NRMANYTNLT QGAKEHEEAE NITEGKKKPT KTPQMGTFMG VYLPCLQNIF GVILFLRLTW V VGTAGVLQ AFAIVLICCC CTMLTAISMS AIATNGVVPA GGSYFMISRA LGPEFGGAVG LCFYLGTTFA AAMYILGAIE IF LVYIVPR AAIFHSDDAL KESAAMLNNM RVYGTAFLVL MVLVVFIGVR YVNKFASLFL ACVIVSILAI YAGAIKSSFA PPH FPVCML GNRTLSSRHI DVCSKTKEIN NMTVPSKLWG FFCNSSQFFN ATCDEYFVHN NVTSIQGIPG LASGIITENL WSNY LPKGE IIEKPSAKSS DVLGSLNHEY VLVDITTSFT LLVGIFFPSV TGIMAGSNRS GDLKDAQKSI PIGTILAILT TSFVY LSNV VLFGACIEGV VLRDKFGDAV KGNLVVGTLS WPSPWVIVIG SFFSTCGAGL QSLTGAPRLL QAIAKDNIIP FLRVFG HSK ANGEPTWALL LTAAIAELGI LIASLDLVAP ILSMFFLMCY LFVNLACALQ TLLRTPNWRP RFRYYHWALS FMGMSIC LA LMFISSWYYA IVAMVIAGMI YKYIEYQGAE KEWGDGIRGL SLSAARFALL RLEEGPPHTK NWRPQLLVLL KLDEDLHV K HPRLLTFASQ LKAGKGLTIV GSVIVGNFLE NYGEALAAEQ TIKHLMEAEK VKGFCQLVVA AKLREGISHL IQSCGLGGM KHNTVVMGWP NGWRQSEDAR AWKTFIGTVR VTTAAHLALL VAKNISFFPS NVEQFSEGNI DVWWIVHDGG MLMLLPFLLK QHKVWRKCS IRIFTVAQLE DNSIQMKKDL ATFLYHLRIE AEVEVVEMHD SDISAYTYER DLMMEQRSQM LRHMRLSKTE R DREAQLVK DRNSMLRLTS IGSDEDEETE TYQEKVHMDW TKDKYMASRG QKAKSMEGFQ DLLNMRPDQS NVRRMHTAVK LN EVIVNKS HEAKLVLLNM PGPPRNPEGD ENYMEFLEVL TEGLERVLLV RGGGSEVITI YS |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 2 second blotting time, 40 second waiting time, -15 blotting force. |
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16472 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |