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万見
- EMDB-1064: Visualization of release factor 3 on the ribosome during terminat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1064
タイトルVisualization of release factor 3 on the ribosome during termination of protein synthesis.
マップデータCryo-EM map of the E.coli 70S/RF3 complex, state 1
試料
  • 試料: 70S - RF3 complex E.coli
  • 複合体: 70S
  • RNA: messenger RNA
  • RNA: isoleucin transfer RNA
  • タンパク質・ペプチド: release factor 3
機能・相同性Peptide chain release factor 3
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.9 Å
データ登録者Klaholz BP
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Visualization of release factor 3 on the ribosome during termination of protein synthesis.
著者: Bruno P Klaholz / Alexander G Myasnikov / Marin Van Heel /
要旨: Termination of protein synthesis by the ribosome requires two release factor (RF) classes. The class II RF3 is a GTPase that removes class I RFs (RF1 or RF2) from the ribosome after release of the ...Termination of protein synthesis by the ribosome requires two release factor (RF) classes. The class II RF3 is a GTPase that removes class I RFs (RF1 or RF2) from the ribosome after release of the nascent polypeptide. RF3 in the GDP state binds to the ribosomal class I RF complex, followed by an exchange of GDP for GTP and release of the class I RF. As GTP hydrolysis triggers release of RF3 (ref. 4), we trapped RF3 on Escherichia coli ribosomes using a nonhydrolysable GTP analogue. Here we show by cryo-electron microscopy that the complex can adopt two different conformational states. In 'state 1', RF3 is pre-bound to the ribosome, whereas in 'state 2' RF3 contacts the ribosome GTPase centre. The transfer RNA molecule translocates from the peptidyl site in state 1 to the exit site in state 2. This translocation is associated with a large conformational rearrangement of the ribosome. Because state 1 seems able to accommodate simultaneously both RF3 and RF2, whose position is known from previous studies, we can infer the release mechanism of class I RFs.
履歴
登録2003年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年12月22日-
マップ公開2004年12月22日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 18.758160066
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 18.758160066
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1064.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1064.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the E.coli 70S/RF3 complex, state 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.42 Å/pix.
x 120 pix.
= 290.28 Å		2.42 Å/pix.
x 120 pix.
= 290.28 Å		2.42 Å/pix.
x 120 pix.
= 290.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.419 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 15.800000000000001 / ムービー #1: 18.7581601
最小 - 最大-125.829999999999998 - 150.388000000000005
平均 (標準偏差)-0.207811 (±16.033999999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 290.28 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.4192.4192.419
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z290.280290.280290.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0052
NX/NY/NZ12812855
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-125.830150.388-0.208

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 70S - RF3 complex E.coli

全体名称: 70S - RF3 complex E.coli
要素
  • 試料: 70S - RF3 complex E.coli
  • 複合体: 70S
  • RNA: messenger RNA
  • RNA: isoleucin transfer RNA
  • タンパク質・ペプチド: release factor 3

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超分子 #1000: 70S - RF3 complex E.coli

超分子名称: 70S - RF3 complex E.coli / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: two functional states within a single sample of homogeneous composition, separated by image processing techniques, state 1
集合状態: monomer / Number unique components: 4
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #1: 70S

超分子名称: 70S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL

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分子 #1: messenger RNA

分子名称: messenger RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: mRNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli
配列文字列:
GGGCCCUUGU UAACAAUUAA GGAGGUAUAC UAUGUUUACG AUUUAAUUGC AGAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAA

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分子 #2: isoleucin transfer RNA

分子名称: isoleucin transfer RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: Ile-tRNA / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli

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分子 #3: release factor 3

分子名称: release factor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: RF3 / 詳細: PrfC gene / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli / 細胞: Escherichia coli
組換発現生物種: Escherichia coli MKH13 / 組換プラスミド: pOSEX3
配列InterPro: Peptide chain release factor 3

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: polymix buffer
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: no staining, cryo-EM with holey carbon grids
グリッド詳細: 300 mesh Cu/Rh
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home-made cryo-plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
アライメント法Legacy - 非点収差: lens astigmatism was corrected at 60,000 times magnification
日付2001年12月19日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 3 µm / 実像数: 44 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: IMAGE SCIENCE PATCHWORK DENSITOMETER / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 48000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: individual particles
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 詳細: exact filtered back-projection / 使用した粒子像数: 11071
最終 角度割当詳細: beta gamma
最終 2次元分類クラス数: 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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