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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10628 | |||||||||
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タイトル | Cryo EM map of BS3 crosslinked CoREST complex (LSD1:RCOR1:HDAC1)- closed form | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Song Y / Fairall L / Ragan TJ / Savva CG / Morone N / Schwabe JWR | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: Mechanism of Crosstalk between the LSD1 Demethylase and HDAC1 Deacetylase in the CoREST Complex. 著者: Yun Song / Lisbeth Dagil / Louise Fairall / Naomi Robertson / Mingxuan Wu / T J Ragan / Christos G Savva / Almutasem Saleh / Nobuhiro Morone / Micha B A Kunze / Andrew G Jamieson / Philip A ...著者: Yun Song / Lisbeth Dagil / Louise Fairall / Naomi Robertson / Mingxuan Wu / T J Ragan / Christos G Savva / Almutasem Saleh / Nobuhiro Morone / Micha B A Kunze / Andrew G Jamieson / Philip A Cole / D Flemming Hansen / John W R Schwabe / 要旨: The transcriptional corepressor complex CoREST is one of seven histone deacetylase complexes that regulate the genome through controlling chromatin acetylation. The CoREST complex is unique in ...The transcriptional corepressor complex CoREST is one of seven histone deacetylase complexes that regulate the genome through controlling chromatin acetylation. The CoREST complex is unique in containing both histone demethylase and deacetylase enzymes, LSD1 and HDAC1, held together by the RCOR1 scaffold protein. To date, it has been assumed that the enzymes function independently within the complex. Now, we report the assembly of the ternary complex. Using both structural and functional studies, we show that the activity of the two enzymes is closely coupled and that the complex can exist in at least two distinct states with different kinetics. Electron microscopy of the complex reveals a bi-lobed structure with LSD1 and HDAC1 enzymes at opposite ends of the complex. The structure of CoREST in complex with a nucleosome reveals a mode of chromatin engagement that contrasts with previous models. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10628.map.gz | 23.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10628-v30.xml emd-10628.xml | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10628.png | 20.9 KB | ||
その他 | emd_10628_half_map_1.map.gz emd_10628_half_map_2.map.gz | 5.7 MB 5.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10628 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10628 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10628_validation.pdf.gz | 239.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10628_full_validation.pdf.gz | 238.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10628_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10628 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10628 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10628_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10628_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of RCOR1 with the demethylase LSD1 and the deacet...
全体 | 名称: Ternary complex of RCOR1 with the demethylase LSD1 and the deacetylase HDAC1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of RCOR1 with the demethylase LSD1 and the deacet...
超分子 | 名称: Ternary complex of RCOR1 with the demethylase LSD1 and the deacetylase HDAC1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F / 組換プラスミド: pcDNA3 |
分子量 | 理論値: 210 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 30 sec waiting time before blotting. Blot time 4 sec, blot force 10.. | |||||||||
詳細 | Sample was crosslinked with 2mM BS3 at room temperature for 5 minutes |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-36 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1885 / 平均露光時間: 14.0 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |