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万見
- EMDB-1060: Electron cryomicroscopy and bioinformatics suggest protein fold m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1060
タイトルElectron cryomicroscopy and bioinformatics suggest protein fold models for rice dwarf virus.
マップデータThis is the 3f average map from Rice Dwarf Virus
試料
  • 試料: Rice Dwarf Virus
  • ウイルス: Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)
生物種Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Zhou ZH / Baker ML / Jiang W / Dougherty M / Jakana J / Dong G / Lu G / Chiu W
引用ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 2001
タイトル: Electron cryomicroscopy and bioinformatics suggest protein fold models for rice dwarf virus.
著者: Z H Zhou / M L Baker / W Jiang / M Dougherty / J Jakana / G Dong / G Lu / W Chiu /
要旨: The three-dimensional structure of rice dwarf virus was determined to 6.8 A resolution by single particle electron cryomicroscopy. By integrating the structural analysis with bioinformatics, the ...The three-dimensional structure of rice dwarf virus was determined to 6.8 A resolution by single particle electron cryomicroscopy. By integrating the structural analysis with bioinformatics, the folds of the proteins in the double-shelled capsid were derived. In the outer shell protein, the uniquely orientated upper and lower domains are composed of similar secondary structure elements but have different relative orientations from that of bluetongue virus in the same Reoviridae family. Differences in both sequence and structure between these proteins may be important in defining virus-host interactions. The inner shell protein adopts a conformation similar to other members of Reoviridae, suggesting a common ancestor that has evolved to infect hosts ranging from plants to animals. Symmetry mismatch between the two shells results in nonequivalent, yet specific, interactions that contribute to the stability of this large macromolecular machine.
履歴
登録2003年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年10月21日-
マップ公開2005年4月8日-
更新2011年8月31日-
現状2011年8月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1060.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the 3f average map from Rice Dwarf Virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.64 Å/pix.
x 140 pix.
= 229.6 Å		1.64 Å/pix.
x 279 pix.
= 457.56 Å		1.64 Å/pix.
x 279 pix.
= 457.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.38 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-8.18793 - 9.502140000000001
平均 (標準偏差)0.086981 (±1.45153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-139-139-70
サイズ279279140
Spacing279279140
セルA: 457.56 Å / B: 457.56 Å / C: 229.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.641.641.64
M x/y/z279279140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z457.560457.560229.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0052
NX/NY/NZ12812855
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-139-139-70
NC/NR/NS279279140
D min/max/mean-8.1889.5020.087

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添付データ

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添付マップデータ: emd 1060 additional 1.map

ファイルemd_1060_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 1060 additional 2.map

ファイルemd_1060_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 1060 averaged monomer.mrc

ファイルemd_1060_averaged_monomer.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 1060 averaged trimer.mrc

ファイルemd_1060_averaged_trimer.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rice Dwarf Virus

全体名称: Rice Dwarf Virus (イネ萎縮ウイルス)
要素
  • 試料: Rice Dwarf Virus
  • ウイルス: Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)

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超分子 #1000: Rice Dwarf Virus

超分子名称: Rice Dwarf Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Full capsid / Number unique components: 1
分子量理論値: 50 MDa

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超分子 #1: Rice dwarf virus

超分子名称: Rice dwarf virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: rdv / NCBI-ID: 10991 / 生物種: Rice dwarf virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: rdv
宿主別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: P3 / 直径: 590 Å / T番号(三角分割数): 1
ウイルス殻Shell ID: 2 / 名称: P8 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 27 % / チャンバー内温度: 111 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 4000
温度平均: 109 K
詳細Microscope:JEOL 4000
日付1999年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 162 / 平均電子線量: 13 e/Å2 / カメラ長: 200 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 400 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 49495 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: per micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC,IMRS / 使用した粒子像数: 3261

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2btv

ソフトウェア名称: Foldhunter
詳細FOLDHUNTER is decribed in Jiang et al , J.Mol.Biol., 308, 1033-1044 (2001). Beta sheet domain BTV VP7 blurred to 7 angstroms using the program PDB2MRC (Ludtke et at, J.Struct.Biol.,128, 82-97 (1999).
精密化温度因子: 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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