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- EMDB-1050: The cyanide degrading nitrilase from Pseudomonas stutzeri AK61 is... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1050
タイトルThe cyanide degrading nitrilase from Pseudomonas stutzeri AK61 is a two-fold symmetric, 14-subunit spiral.
マップデータ
試料
  • 試料: Cyanide dihydratase from Pseudomonas stutzeri
  • タンパク質・ペプチド: cyanide dihydratase
機能・相同性nitrilase activity / Nitrilase/cyanide hydratase, conserved site
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Sewell BT / Berman MN / Meyers PR / Jandhyala D / Benedik MJ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The cyanide degrading nitrilase from Pseudomonas stutzeri AK61 is a two-fold symmetric, 14-subunit spiral.
著者: B T Sewell / M N Berman / P R Meyers / D Jandhyala / M J Benedik /
要旨: The quaternary structure of the cyanide dihydratase from Pseudomonas stutzeri AK61 was determined by negative stain electron microscopy and three-dimensional reconstruction using the single particle ...The quaternary structure of the cyanide dihydratase from Pseudomonas stutzeri AK61 was determined by negative stain electron microscopy and three-dimensional reconstruction using the single particle technique. The structure is a spiral comprising 14 subunits with 2-fold symmetry. Interactions across the groove cause a decrease in the radius of the spiral at the ends and the resulting steric hindrance prevents the addition of further subunits. Similarity to two members of the nitrilase superfamily, the Nit domain of NitFhit and N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase, enabled the construction of a partial atomic model that could be unambiguously fitted to the stain envelope. The model suggests that interactions involving two significant insertions in the sequence relative to these structures leads to the left-handed spiral assembly.
履歴
登録2003年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年7月9日-
マップ公開2003年7月9日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.206044
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.206044
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1050.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度
表面レベル1: 0.153 / ムービー #1: 0.206044
最小 - 最大-0.329862 - 0.6125
平均 (標準偏差)-0.00721576 (±0.0641706)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 320 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.000320.000320.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0052
NX/NY/NZ12812855
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.3300.612-0.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cyanide dihydratase from Pseudomonas stutzeri

全体名称: Cyanide dihydratase from Pseudomonas stutzeri
要素
  • 試料: Cyanide dihydratase from Pseudomonas stutzeri
  • タンパク質・ペプチド: cyanide dihydratase

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超分子 #1000: Cyanide dihydratase from Pseudomonas stutzeri

超分子名称: Cyanide dihydratase from Pseudomonas stutzeri / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample eluted as a single symmetric peak on gel filtration chromatography. Three bands were seen on SDS-PAGE presumably indicating some proteolysis
集合状態: 14 identical subunits / Number unique components: 1
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 532 KDa
手法: gel filtration chromatography, sequencing and counting subunits.

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分子 #1: cyanide dihydratase

分子名称: cyanide dihydratase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: nitrilase
詳細: The protein elutes as a sharp symmetric peak on Sephacryl 300 HR chromatography and particles appear homogeneously sized by negative stain EM
コピー数: 14 / 集合状態: 14mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 株: AK61 / 細胞: bacteria / Organelle: bacteria / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 38 KDa / 理論値: 38 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET26b
配列GO: nitrilase activity / InterPro: Nitrilase/cyanide hydratase, conserved site

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM triethanolamine, 50 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: A carbon-coated copper grid was placed on a droplet of this enzyme preparation for 10 minutes, blotted, and then stained with 2% uranyl acetate for 3 minutes. The grid was then blotted and air-dried.
グリッド詳細: carbon film on 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2000EXII
詳細Additional details about microscope model:JEOL 1200EXII
日付2001年3月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 20 µm / 実像数: 15 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細particles were picked manually
CTF補正詳細: none
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Initially no symmetry was assumed but a two fold axis became apparent after 47 cycles. The orientation of the twofold axis was determined and the model was rotated so that the twofold axis ...詳細: Initially no symmetry was assumed but a two fold axis became apparent after 47 cycles. The orientation of the twofold axis was determined and the model was rotated so that the twofold axis was parallel to the x-axis. In 17 subsequent cycles of refinement the twofold symmetry was imposed by rotating about the x-axis and adding the structure thus formed to the original.
使用した粒子像数: 7008
最終 角度割当詳細: generated at 15 degree intervals by the SPIDER VO EA function.
最終 2次元分類クラス数: 84

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: CoLoRes, SITUS
詳細The map was fitted using a model generated from the Nit structure (1ems in PDB). Magification was refined by dtermining the CoLoRes correlation coefficient as a function of scale factor. Locations of the 14 subunits were verified by vizualization with O. Fitted co-ordinates are available on request.Initially no symmetry was assumed but a two fold axis became apparent after 47 cycles. The orientation of the twofold axis was determined and the model was rotated so that the twofold axis was parallel to the x-axis. In 17 subsequent cycles of refinement the twofold symmetry was imposed by rotating about the x-axis and adding the structure thus formed to the original.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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