+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10466 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-ET on GroEL | |||||||||
![]() | Reconstructed tomography data.The GroEL specimen preparation method is Preassis, and a Quantifoil continuous carbon film grid (R2/2) was used. In the hole of this tomogram, the carbon film was broken. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Zou XD / Zhao JJ / Xu HY / Carroni M | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A simple pressure-assisted method for MicroED specimen preparation. 著者: Jingjing Zhao / Hongyi Xu / Hugo Lebrette / Marta Carroni / Helena Taberman / Martin Högbom / Xiaodong Zou / ![]() ![]() 要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) has shown great potential for structure determination of macromolecular crystals too small for X-ray diffraction. However, specimen preparation remains a ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) has shown great potential for structure determination of macromolecular crystals too small for X-ray diffraction. However, specimen preparation remains a major bottleneck. Here, we report a simple method for preparing MicroED specimens, named Preassis, in which excess liquid is removed through an EM grid with the assistance of pressure. We show the ice thicknesses can be controlled by tuning the pressure in combination with EM grids with appropriate carbon hole sizes. Importantly, Preassis can handle a wide range of protein crystals grown in various buffer conditions including those with high viscosity, as well as samples with low crystal concentrations. Preassis is a simple and universal method for MicroED specimen preparation, and will significantly broaden the applications of MicroED. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 210.6 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 126.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 80.9 MB 778.5 MB 774.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 250 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 249.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstructed tomography data.The GroEL specimen preparation method is Preassis, and a Quantifoil continuous carbon film grid (R2/2) was used. In the hole of this tomogram, the carbon film was broken. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 13.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: Reconstructed tomography data.The GroEL specimen preparation method is...
ファイル | emd_10466_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstructed tomography data.The GroEL specimen preparation method is Preassis, and a Quantifoil continuous carbon film grid (R2/2) was used. In the hole of this tomogram, the carbon film was intact. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Raw tomography data. The GroEL specimen preparation method...
ファイル | emd_10466_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Raw tomography data. The GroEL specimen preparation method is Preassis, and a Quantifoil continuous carbon film grid (R2/2) was used. In the hole of this tomogram, the carbon film was intact. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Raw tomography data. The GroEL specimen preparation method...
ファイル | emd_10466_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Raw tomography data. The GroEL specimen preparation method is Preassis, and a Quantifoil continuous carbon film grid (R2/2) was used. In the hole of this tomogram, the carbon film was broken. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : GroEL
全体 | 名称: GroEL |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: GroEL
超分子 | 名称: GroEL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 0.58 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.70 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 詳細: A new freezing method was used, called Preassis. |
詳細 | The GroEL grid for cryoET data collection was prepared by a new specimen preparation method, called Preassis. A Quantifoil continuous carbon grid was used. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 50 |
---|