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- EMDB-10466: Cryo-ET on GroEL -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10466
タイトルCryo-ET on GroEL
マップデータReconstructed tomography data.The GroEL specimen preparation method is Preassis, and a Quantifoil continuous carbon film grid (R2/2) was used. In the hole of this tomogram, the carbon film was broken.
試料
  • 複合体: GroEL
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Zou XD / Zhao JJ / Xu HY / Carroni M
資金援助 スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2012.0112 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A simple pressure-assisted method for MicroED specimen preparation.
著者: Jingjing Zhao / Hongyi Xu / Hugo Lebrette / Marta Carroni / Helena Taberman / Martin Högbom / Xiaodong Zou /
要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) has shown great potential for structure determination of macromolecular crystals too small for X-ray diffraction. However, specimen preparation remains a ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) has shown great potential for structure determination of macromolecular crystals too small for X-ray diffraction. However, specimen preparation remains a major bottleneck. Here, we report a simple method for preparing MicroED specimens, named Preassis, in which excess liquid is removed through an EM grid with the assistance of pressure. We show the ice thicknesses can be controlled by tuning the pressure in combination with EM grids with appropriate carbon hole sizes. Importantly, Preassis can handle a wide range of protein crystals grown in various buffer conditions including those with high viscosity, as well as samples with low crystal concentrations. Preassis is a simple and universal method for MicroED specimen preparation, and will significantly broaden the applications of MicroED.
履歴
登録2019年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月18日-
マップ公開2020年11月18日-
更新2021年10月6日-
現状2021年10月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_10466.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10466.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 297.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Reconstructed tomography data.The GroEL specimen preparation method is Preassis, and a Quantifoil continuous carbon film grid (R2/2) was used. In the hole of this tomogram, the carbon film was broken.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.8 Å/pix.
x 175 pix.
= 2415. Å		13.8 Å/pix.
x 928 pix.
= 12806.4 Å		13.8 Å/pix.
x 960 pix.
= 13248. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-2171.0 - 2096.0
平均 (標準偏差)105.888145 (±116.60059)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-161788
サイズ928960175
Spacing960928175
セルA: 13248.0 Å / B: 12806.4 Å / C: 2415.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z13.813.813.8
M x/y/z960928175
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z13248.00012806.4002415.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS17-1688
NC/NR/NS960928175
D min/max/mean-2171.0002096.000105.888

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添付データ

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追加マップ: Reconstructed tomography data.The GroEL specimen preparation method is...

ファイルemd_10466_additional_1.map
注釈Reconstructed tomography data.The GroEL specimen preparation method is Preassis, and a Quantifoil continuous carbon film grid (R2/2) was used. In the hole of this tomogram, the carbon film was intact.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Raw tomography data. The GroEL specimen preparation method...

ファイルemd_10466_additional_2.map
注釈Raw tomography data. The GroEL specimen preparation method is Preassis, and a Quantifoil continuous carbon film grid (R2/2) was used. In the hole of this tomogram, the carbon film was intact.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Raw tomography data. The GroEL specimen preparation method...

ファイルemd_10466_additional_3.map
注釈Raw tomography data. The GroEL specimen preparation method is Preassis, and a Quantifoil continuous carbon film grid (R2/2) was used. In the hole of this tomogram, the carbon film was broken.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GroEL

全体名称: GroEL
要素
  • 複合体: GroEL

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超分子 #1: GroEL

超分子名称: GroEL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量実験値: 0.58 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.70 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: A new freezing method was used, called Preassis.
詳細The GroEL grid for cryoET data collection was prepared by a new specimen preparation method, called Preassis. A Quantifoil continuous carbon grid was used.
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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