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- EMDB-1046: ATP-bound states of GroEL captured by cryo-electron microscopy. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1046
タイトルATP-bound states of GroEL captured by cryo-electron microscopy.
マップデータGroEL with GroES and ADP bound to one ring, and ATP bound to the other ring
試料
  • 試料: GroES-ADP7-GroEL-ATP7 from E.coli
  • タンパク質・ペプチド: GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroES
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin GroES, conserved site / Chaperonins cpn10 signature. / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily ...Chaperonin GroES, conserved site / Chaperonins cpn10 signature. / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / GroES-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Co-chaperonin GroES / Chaperonin GroEL / Chaperonin GroEL / Co-chaperonin GroES
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.5 Å
データ登録者Saibil HR
引用ジャーナル: Cell / 年: 2001
タイトル: ATP-bound states of GroEL captured by cryo-electron microscopy.
著者: N A Ranson / G W Farr / A M Roseman / B Gowen / W A Fenton / A L Horwich / H R Saibil /
要旨: The chaperonin GroEL drives its protein-folding cycle by cooperatively binding ATP to one of its two rings, priming that ring to become folding-active upon GroES binding, while simultaneously ...The chaperonin GroEL drives its protein-folding cycle by cooperatively binding ATP to one of its two rings, priming that ring to become folding-active upon GroES binding, while simultaneously discharging the previous folding chamber from the opposite ring. The GroEL-ATP structure, determined by cryo-EM and atomic structure fitting, shows that the intermediate domains rotate downward, switching their intersubunit salt bridge contacts from substrate binding to ATP binding domains. These observations, together with the effects of ATP binding to a GroEL-GroES-ADP complex, suggest structural models for the ATP-induced reduction in affinity for polypeptide and for cooperativity. The model for cooperativity, based on switching of intersubunit salt bridge interactions around the GroEL ring, may provide general insight into cooperativity in other ring complexes and molecular machines.
履歴
登録2003年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年5月16日-
マップ公開2003年5月16日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1gru
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1046.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1046.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GroEL with GroES and ADP bound to one ring, and ATP bound to the other ring
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.029 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.04720771 - 0.27609465
平均 (標準偏差)0.00606513 (±0.02973022)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0052
NX/NY/NZ12812855
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0470.2760.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GroES-ADP7-GroEL-ATP7 from E.coli

全体名称: GroES-ADP7-GroEL-ATP7 from E.coli
要素
  • 試料: GroES-ADP7-GroEL-ATP7 from E.coli
  • タンパク質・ペプチド: GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroES

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超分子 #1000: GroES-ADP7-GroEL-ATP7 from E.coli

超分子名称: GroES-ADP7-GroEL-ATP7 from E.coli / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The complexes were prepared by pre-forming a GroEL-GroES-ADP complex, with 100 uM ADP, then adding an excess of single ring GroEL (SR1) to trap any released GroES; then 1 mM ATP was added. ...詳細: The complexes were prepared by pre-forming a GroEL-GroES-ADP complex, with 100 uM ADP, then adding an excess of single ring GroEL (SR1) to trap any released GroES; then 1 mM ATP was added. Any GroEL-GroES complexes remaining have ADP in the GroES-bound ring and ATP in the other ring, modelling the in vivo ATP-binding reaction.
集合状態: 14-mer / Number unique components: 2
分子量実験値: 1 MDa / 理論値: 1 MDa

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分子 #1: GroEL

分子名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Chaperonin 60 / コピー数: 1 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞: E. coli
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: GroES

分子名称: GroES / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Chaperonin 10 / コピー数: 1 / 集合状態: 7-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 70 KDa / 理論値: 70 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 12.5 mM HEPES, 5 mM KCl, 5 mM MgCl2, 100 uM ADP, then 2x molar excess of single ring mutant of GroEL (SR1), then 1 mM ATP just before vitrification. See sample details for an explanation of ...詳細: 12.5 mM HEPES, 5 mM KCl, 5 mM MgCl2, 100 uM ADP, then 2x molar excess of single ring mutant of GroEL (SR1), then 1 mM ATP just before vitrification. See sample details for an explanation of the experimental design.
グリッド詳細: holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: self made
Timed resolved state: The sample was vitrified within a few seconds of manually mixing in ATP.
手法: Blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 105 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 71 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTF multiplication and merging of 2D averages
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 詳細: Filtered back projection / 使用した粒子像数: 1448
最終 角度割当詳細: Full coverage around a single axis, using mainly side views

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1aon

ソフトウェア名称: Manual fitting in O
詳細Protocol: Rigid body. The only movement relative to the crystal structure of GroEL-ES-ADP seen at this resolution is a twist of the free apical domains.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-1gru:
SOLUTION STRUCTURE OF GROES-ADP7-GROEL-ATP7 COMPLEX BY CRYO-EM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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