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万見
- EMDB-10444: Sub-tomogram average of the Sulfolobus acidocaldarius S-layer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10444
タイトルSub-tomogram average of the Sulfolobus acidocaldarius S-layer
マップデータSub-tomogram average of the Sulfolobus acidocaldarius S-layer
試料
  • 複合体: SlaA/SlaB array
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Daum B / Gambelli L
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council803894 英国
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Architecture and modular assembly of S-layers revealed by electron cryotomography.
著者: Lavinia Gambelli / Benjamin H Meyer / Mathew McLaren / Kelly Sanders / Tessa E F Quax / Vicki A M Gold / Sonja-Verena Albers / Bertram Daum /
要旨: Surface protein layers (S-layers) often form the only structural component of the archaeal cell wall and are therefore important for cell survival. S-layers have a plethora of cellular functions ...Surface protein layers (S-layers) often form the only structural component of the archaeal cell wall and are therefore important for cell survival. S-layers have a plethora of cellular functions including maintenance of cell shape, osmotic, and mechanical stability, the formation of a semipermeable protective barrier around the cell, and cell-cell interaction, as well as surface adhesion. Despite the central importance of S-layers for archaeal life, their 3-dimensional (3D) architecture is still poorly understood. Here we present detailed 3D electron cryomicroscopy maps of archaeal S-layers from 3 different strains. We were able to pinpoint the positions and determine the structure of the 2 subunits SlaA and SlaB. We also present a model describing the assembly of the mature S-layer.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Architecture and modular assembly of Sulfolobus S-layers revealed by electron cryo-tomography
著者: Gambelli L / Meyer BH / McLaren M / Sanders K / Quax TEF / Gold VAM / Albers SVA / Daum B
履歴
登録2019年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月27日-
マップ公開2019年11月27日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.302
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.302
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10444.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10444.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of the Sulfolobus acidocaldarius S-layer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.71 Å/pix.
x 60 pix.
= 462.393 Å		7.71 Å/pix.
x 160 pix.
= 1233.048 Å		7.71 Å/pix.
x 160 pix.
= 1233.048 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.70655 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.302 / ムービー #1: 0.302
最小 - 最大-0.9738401 - 1.0687
平均 (標準偏差)0.0039670407 (±0.116081014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1-14
サイズ16016060
Spacing16016060
セルA: 1233.0481 Å / B: 1233.0481 Å / C: 462.39304 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.706557.706557.70655
M x/y/z16016060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1233.0481233.048462.393
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-1-14
NC/NR/NS16016060
D min/max/mean-0.9741.0690.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SlaA/SlaB array

全体名称: SlaA/SlaB array
要素
  • 複合体: SlaA/SlaB array

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超分子 #1: SlaA/SlaB array

超分子名称: SlaA/SlaB array / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 3
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 40 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.33 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 325
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 325
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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