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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10403 | |||||||||
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タイトル | FtsK motor domain bound to dsDNA, nucleotide-free state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) / synthetic construct (人工物) / Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.91 Å | |||||||||
データ登録者 | Jean NL / Lowe J | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: FtsK in motion reveals its mechanism for double-stranded DNA translocation. 著者: Nicolas L Jean / Trevor J Rutherford / Jan Löwe / 要旨: FtsK protein contains a fast DNA motor that is involved in bacterial chromosome dimer resolution. During cell division, FtsK translocates double-stranded DNA until both recombination sites are ...FtsK protein contains a fast DNA motor that is involved in bacterial chromosome dimer resolution. During cell division, FtsK translocates double-stranded DNA until both recombination sites are placed at mid cell for subsequent dimer resolution. Here, we solved the 3.6-Å resolution electron cryo-microscopy structure of the motor domain of FtsK while translocating on its DNA substrate. Each subunit of the homo-hexameric ring adopts a unique conformation and one of three nucleotide states. Two DNA-binding loops within four subunits form a pair of spiral staircases within the ring, interacting with the two DNA strands. This suggests that simultaneous conformational changes in all ATPase domains at each catalytic step generate movement through a mechanism related to filament treadmilling. While the ring is only rotating around the DNA slowly, it is instead the conformational states that rotate around the ring as the DNA substrate is pushed through. #1: ジャーナル: Biorxiv タイトル: FtsK in motion reveals its mechanism for double-stranded DNA translocation 著者: Jean NL / Rutherford TJ / Lowe J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10403.map.gz | 4.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10403-v30.xml emd-10403.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10403_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10403.png | 128.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10403 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10403 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10403_validation.pdf.gz | 242.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10403_full_validation.pdf.gz | 241.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10403_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10403 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10403 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.145 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : FtsK motor domain bound to dsDNA, apo-state
全体 | 名称: FtsK motor domain bound to dsDNA, apo-state |
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要素 |
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-超分子 #1: FtsK motor domain bound to dsDNA, apo-state
超分子 | 名称: FtsK motor domain bound to dsDNA, apo-state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: FtsK motor domain, apo-state
超分子 | 名称: FtsK motor domain, apo-state / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: DNA translocase FtsK
分子 | 名称: DNA translocase FtsK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVPDRREQSK AKERLLEREE ALAKHMSERE KRPPPKIDPP PSPKAPEPSK RVLKEKQAPL FVDTAVEGTL PPLSLLDPAE VKQKSYSPES LEAMSRLLEI KLKEFGVEVS VDSVHPGPVI TRFEIQPAAG VKVSRISNLA KDLARSLAVI SVRVVEVIPG KTTVGIEIPN ...文字列: MVPDRREQSK AKERLLEREE ALAKHMSERE KRPPPKIDPP PSPKAPEPSK RVLKEKQAPL FVDTAVEGTL PPLSLLDPAE VKQKSYSPES LEAMSRLLEI KLKEFGVEVS VDSVHPGPVI TRFEIQPAAG VKVSRISNLA KDLARSLAVI SVRVVEVIPG KTTVGIEIPN EDRQMVRFSE VLSSPEYDEH KSTVPLALGH DIGGRPIITD LAKMPHLLVA GTTGSGKSVG VNAMLLSILF KSTPSEARLI MIDPKMLELS IYEGIPHLLC PVVTDMKEAA NALRWSVAEM ERRYRLMAAM GVRNLAGFNR KVKDAEEAGT PLTDPLFRRE SPDDEPPQLS TLPTIVVVVD EFADMMMIVG KKVEELIARI AQKARAAGIH LILATQRPSV DVITGLIKAN IPTRIAFQVS SKIDSRTILD QGGAEQLLGH GDMLYLPPGT GLPIRVHGAF VSDDEVHRVV EAWKLRGAPD YIEDILAGVD EGGKLHHHHH H |
-分子 #2: dsDNA substrate
分子 | 名称: dsDNA substrate / タイプ: dna / ID: 2 / 詳細: Sequence heterogeneity in the protein-boudn DNA / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
配列 | 文字列: ATATATATAT ATATATATAT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 25.0 mM / 構成要素 - 名称: Tris |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | 0.7 m/mL FtsK 1.5 uM 45 bp DNA |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 742 / 平均電子線量: 43.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |