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万見
- EMDB-10399: FtsK motor domain with dsDNA, translocating state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10399
タイトルFtsK motor domain with dsDNA, translocating state
マップデータ
試料
  • 複合体: FtsK motor domain with dsDNA, translocating state
    • 複合体: FtsK motor domain
      • タンパク質・ペプチド: DNA translocase FtsK
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
      • DNA: dsDNA substrate
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードDNA translocation / DNA motor / RecA fold / Divisome / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / chromosome segregation / 細胞分裂 / DNA binding / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
FtsK gamma domain / DNA translocase FtsK, 4TM region / FtsK alpha domain / Ftsk gamma domain / 4TM region of DNA translocase FtsK/SpoIIIE / FtsK alpha domain / Ftsk_gamma / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. ...FtsK gamma domain / DNA translocase FtsK, 4TM region / FtsK alpha domain / Ftsk gamma domain / 4TM region of DNA translocase FtsK/SpoIIIE / FtsK alpha domain / Ftsk_gamma / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA translocase FtsK
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) / synthetic construct (人工物) / Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Jean NL / Lowe J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
European Molecular Biology OrganizationALTF-128-2016
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: FtsK in motion reveals its mechanism for double-stranded DNA translocation.
著者: Nicolas L Jean / Trevor J Rutherford / Jan Löwe /
要旨: FtsK protein contains a fast DNA motor that is involved in bacterial chromosome dimer resolution. During cell division, FtsK translocates double-stranded DNA until both recombination sites are ...FtsK protein contains a fast DNA motor that is involved in bacterial chromosome dimer resolution. During cell division, FtsK translocates double-stranded DNA until both recombination sites are placed at mid cell for subsequent dimer resolution. Here, we solved the 3.6-Å resolution electron cryo-microscopy structure of the motor domain of FtsK while translocating on its DNA substrate. Each subunit of the homo-hexameric ring adopts a unique conformation and one of three nucleotide states. Two DNA-binding loops within four subunits form a pair of spiral staircases within the ring, interacting with the two DNA strands. This suggests that simultaneous conformational changes in all ATPase domains at each catalytic step generate movement through a mechanism related to filament treadmilling. While the ring is only rotating around the DNA slowly, it is instead the conformational states that rotate around the ring as the DNA substrate is pushed through.
#1: ジャーナル: Biorxiv
タイトル: FtsK in motion reveals its mechanism for double-stranded DNA translocation
著者: Jean NL / Rutherford TJ / Lowe J
履歴
登録2019年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月20日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0305
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0305
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6t8b
  • 表面レベル: 0.0305
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10399.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0305 / ムービー #1: 0.0305
最小 - 最大-0.08707282 - 0.13402638
平均 (標準偏差)0.0003072867 (±0.00420755)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 251.51999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0481.0481.048
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z251.520251.520251.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0870.1340.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FtsK motor domain with dsDNA, translocating state

全体名称: FtsK motor domain with dsDNA, translocating state
要素
  • 複合体: FtsK motor domain with dsDNA, translocating state
    • 複合体: FtsK motor domain
      • タンパク質・ペプチド: DNA translocase FtsK
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
      • DNA: dsDNA substrate
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: FtsK motor domain with dsDNA, translocating state

超分子名称: FtsK motor domain with dsDNA, translocating state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: FtsK motor domain

超分子名称: FtsK motor domain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)

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超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: DNA translocase FtsK

分子名称: DNA translocase FtsK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 54.001441 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVPDRREQSK AKERLLEREE ALAKHMSERE KRPPPKIDPP PSPKAPEPSK RVLKEKQAPL FVDTAVEGTL PPLSLLDPAE VKQKSYSPE SLEAMSRLLE IKLKEFGVEV SVDSVHPGPV ITRFEIQPAA GVKVSRISNL AKDLARSLAV ISVRVVEVIP G KTTVGIEI ...文字列:
MVPDRREQSK AKERLLEREE ALAKHMSERE KRPPPKIDPP PSPKAPEPSK RVLKEKQAPL FVDTAVEGTL PPLSLLDPAE VKQKSYSPE SLEAMSRLLE IKLKEFGVEV SVDSVHPGPV ITRFEIQPAA GVKVSRISNL AKDLARSLAV ISVRVVEVIP G KTTVGIEI PNEDRQMVRF SEVLSSPEYD EHKSTVPLAL GHDIGGRPII TDLAKMPHLL VAGTTGSGKS VGVNAMLLSI LF KSTPSEA RLIMIDPKML ELSIYEGIPH LLCPVVTDMK EAANALRWSV AEMERRYRLM AAMGVRNLAG FNRKVKDAEE AGT PLTDPL FRRESPDDEP PQLSTLPTIV VVVDEFADMM MIVGKKVEEL IARIAQKARA AGIHLILATQ RPSVDVITGL IKAN IPTRI AFQVSSKIDS RTILDQGGAE QLLGHGDMLY LPPGTGLPIR VHGAFVSDDE VHRVVEAWKL RGAPDYIEDI LAGVD EGGK LHHHHHH

UniProtKB: DNA translocase FtsK

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分子 #2: dsDNA substrate

分子名称: dsDNA substrate / タイプ: dna / ID: 2
詳細: Sequence not determined due to sequence heterogeneity of the protein-bound DNA
コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.129039 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)

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分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
2.0 mMATPgammaS
4.0 mMMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細0.7 m/mL FtsK 1.5 uM 45 bp DNA

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 3300 / 平均電子線量: 42.95 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2iuu


詳細: 40 A low-pass filtered map generated from PDB 2IUU
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 56485
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2iuu


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6t8b:
FtsK motor domain with dsDNA, translocating state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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