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- EMDB-1038: Nucleotide-induced conformations in the neck region of dimeric ki... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1038
タイトルNucleotide-induced conformations in the neck region of dimeric kinesin.
マップデータrat kinesin Dimer with an SH3 domain cloned within neck region rKS379, complexed to microtubules in the presence of AMP-PNP
試料
  • 試料: rat kinesin construct rK379
  • タンパク質・ペプチド: rat kinesin
  • タンパク質・ペプチド: tubulin
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Skiniotis G
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2003
タイトル: Nucleotide-induced conformations in the neck region of dimeric kinesin.
著者: Georgios Skiniotis / Thomas Surrey / Stephan Altmann / Heinz Gross / Young-Hwa Song / Eckhard Mandelkow / Andreas Hoenger /
要旨: The neck region of kinesin constitutes a key component in the enzyme's walking mechanism. Here we applied cryoelectron microscopy and image reconstruction to investigate the location of the kinesin ...The neck region of kinesin constitutes a key component in the enzyme's walking mechanism. Here we applied cryoelectron microscopy and image reconstruction to investigate the location of the kinesin neck in dimeric and monomeric constructs complexed to microtubules. To this end we enhanced the visibility of this region by engineering an SH3 domain into the transition between neck linker and neck coiled coil. The resulting chimeric kinesin constructs remained functional as verified by physiology assays. In the presence of AMP-PNP the SH3 domains allowed us to identify the position of the neck in a well defined conformation and revealed its high flexibility in the absence of nucleotide. We show here the double-headed binding of dimeric kinesin along the same protofilament, which is characterized by the opposite directionality of neck linkers. In this configuration the neck coiled coil appears fully zipped. The position of the neck region in dimeric constructs is not affected by the presence of the tubulin C-termini as confirmed by subtilisin treatment of microtubules prior to motor decoration.
履歴
登録2003年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年2月28日-
マップ公開2003年3月28日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 57.274318921
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 57.274318921
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1038.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1038.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈rat kinesin Dimer with an SH3 domain cloned within neck region rKS379, complexed to microtubules in the presence of AMP-PNP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.53 Å/pix.
x 100 pix.
= 552.6 Å		5.53 Å/pix.
x 100 pix.
= 552.6 Å		5.53 Å/pix.
x 100 pix.
= 552.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.526 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 64.700000000000003 / ムービー #1: 57.2743189
最小 - 最大0.0 - 100.0
平均 (標準偏差)43.457099999999997 (±9.864089999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 552.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.5265.5265.526
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z552.600552.600552.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean0.000100.00043.457

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : rat kinesin construct rK379

全体名称: rat kinesin construct rK379
要素
  • 試料: rat kinesin construct rK379
  • タンパク質・ペプチド: rat kinesin
  • タンパク質・ペプチド: tubulin

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超分子 #1000: rat kinesin construct rK379

超分子名称: rat kinesin construct rK379 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: dimer / Number unique components: 2

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分子 #1: rat kinesin

分子名称: rat kinesin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: molecular motor / コピー数: 1 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: rat kinesin
分子量実験値: 980 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET3

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分子 #2: tubulin

分子名称: tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: microtubule / コピー数: 1 / 集合状態: hetero-dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: rat kinesin / 組織: brain / 細胞: neuronal cells / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 110 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
詳細: PIPES 80 mM, MgCl2 1 mM, GTP 1 mM, Taxol 20 uM, DMSO 7.5%
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: ice-embeded
グリッド詳細: holey grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: self made

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG/ST
温度平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: was corrected at 180,000 times mag.
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 21 µm / 実像数: 16 / 平均電子線量: 5 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: side-entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHOELIX, SUPREME
詳細: Final map from 33 averaged datasets = 17 helical tubes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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