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万見
- EMDB-10279: CryoEM structure of SERINC from Drosophila melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10279
タイトルCryoEM structure of SERINC from Drosophila melanogaster
マップデータmain map - auto-sharpened by cryosparc
試料
  • 複合体: SERINC homo-hexamer
    • タンパク質・ペプチド: Membrane protein TMS1d
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
機能・相同性Serine incorporator 2 / Serine incorporator/TMS membrane protein / Serine incorporator (Serinc) / phosphatidylserine metabolic process / sphingolipid metabolic process / membrane => GO:0016020 / membrane / Membrane protein TMS1d
機能・相同性情報
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Pye VE / Nans A / Cherepanov P
資金援助 英国, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteFC001061 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50 AI150481 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: A bipartite structural organization defines the SERINC family of HIV-1 restriction factors.
著者: Valerie E Pye / Annachiara Rosa / Cinzia Bertelli / Weston B Struwe / Sarah L Maslen / Robin Corey / Idlir Liko / Mark Hassall / Giada Mattiuzzo / Allison Ballandras-Colas / Andrea Nans / ...著者: Valerie E Pye / Annachiara Rosa / Cinzia Bertelli / Weston B Struwe / Sarah L Maslen / Robin Corey / Idlir Liko / Mark Hassall / Giada Mattiuzzo / Allison Ballandras-Colas / Andrea Nans / Yasuhiro Takeuchi / Phillip J Stansfeld / J Mark Skehel / Carol V Robinson / Massimo Pizzato / Peter Cherepanov /
要旨: The human integral membrane protein SERINC5 potently restricts HIV-1 infectivity and sensitizes the virus to antibody-mediated neutralization. Here, using cryo-EM, we determine the structures of ...The human integral membrane protein SERINC5 potently restricts HIV-1 infectivity and sensitizes the virus to antibody-mediated neutralization. Here, using cryo-EM, we determine the structures of human SERINC5 and its orthologue from Drosophila melanogaster at subnanometer and near-atomic resolution, respectively. The structures reveal a novel fold comprised of ten transmembrane helices organized into two subdomains and bisected by a long diagonal helix. A lipid binding groove and clusters of conserved residues highlight potential functional sites. A structure-based mutagenesis scan identified surface-exposed regions and the interface between the subdomains of SERINC5 as critical for HIV-1-restriction activity. The same regions are also important for viral sensitization to neutralizing antibodies, directly linking the antiviral activity of SERINC5 with remodeling of the HIV-1 envelope glycoprotein.
履歴
登録2019年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月1日-
マップ公開2020年1月1日-
更新2022年3月30日-
現状2022年3月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sp2
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10279.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10279.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map - auto-sharpened by cryosparc
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-3.9277399 - 6.1650105
平均 (標準偏差)-0.00074485166 (±0.1364035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 386.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.381.381.38
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z386.400386.400386.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-3.9286.165-0.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10279_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: volume map without sharpening

ファイルemd_10279_additional.map
注釈volume map without sharpening
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_10279_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_10279_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SERINC homo-hexamer

全体名称: SERINC homo-hexamer
要素
  • 複合体: SERINC homo-hexamer
    • タンパク質・ペプチド: Membrane protein TMS1d
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: CARDIOLIPIN

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超分子 #1: SERINC homo-hexamer

超分子名称: SERINC homo-hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: homo-hexamer of SERINC from Drosophila melanogaster recombinantly expressed and purified in detergent micelle; imaged as single particle.
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 328.05646 KDa

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分子 #1: Membrane protein TMS1d

分子名称: Membrane protein TMS1d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 54.721738 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGAALGICSA AQCAMCCGGT AASMCCSACP SCTNASSSRF MYAFILLVGT VLGAIALSPG LQDTLKKMPF CINSTSSYSS GALSAVSGG SLQVDCEYAL GYMAVYRVCF GMACFFALMS LIMLGVKSSR DPRSHIQNNF WPLKFLICFG AAIGAIFIPD G SFGPAMMW ...文字列:
MGAALGICSA AQCAMCCGGT AASMCCSACP SCTNASSSRF MYAFILLVGT VLGAIALSPG LQDTLKKMPF CINSTSSYSS GALSAVSGG SLQVDCEYAL GYMAVYRVCF GMACFFALMS LIMLGVKSSR DPRSHIQNNF WPLKFLICFG AAIGAIFIPD G SFGPAMMW VGLIGGLAFI LVQLVIIVDF AHSLAENWIE SAENSRGYYY ALAGVTLLCY ILSLTGITLL YIYFTTSTGC GI NKFFISI NLIFCLAISV ISILPAVQER LPHSGLLQSS LVTLYTVYLT WSAVANNPEK ECNPGMFGMM EGFGNATTTA APS THTTRV TFDTTNIIGL VVWLLCILYN CISSAVEVSK ISHDNSEKRV LTEALSDTEA GTDGSGKPST DTETEGVTYS WSMF HLVFV CASLYVMMTL TNWYKPHSEI ELFNGNEASM WVKIVSSWLG VFIYGWSLAA PIVLTNRDFS TGGSSGLEVL FQGPG SGGS AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEK

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分子 #2: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

分子名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: LMN
分子量理論値: 1.005188 KDa
Chemical component information

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

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分子 #3: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

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分子 #4: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.04 MNaClsodium chloride
0.01 MC8H18N2O4S-NaOHHEPES
0.5 mMC9H15O6PTCEP
0.5 mMHSCH2CH(OH)CH(OH)CH2SHDTT
0.0003 %C47H88O22LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: wait 60 seconds, blot for 3-4 seconds.
詳細Freshly purified mono-dispersed sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: 5,807 movies were collected
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1857080
詳細: A sub-set of particles semi-automatically picked in EMAN2 Boxer were used to generate the starting 2D class averages, which, upon low-pass filtering to 20 A, served as templates for auto- ...詳細: A sub-set of particles semi-automatically picked in EMAN2 Boxer were used to generate the starting 2D class averages, which, upon low-pass filtering to 20 A, served as templates for auto-picking of the entire dataset.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: cryosparc ab initio model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: NuRefinement / 使用した粒子像数: 159252
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: ab initio
最終 3次元分類クラス数: 9 / 平均メンバー数/クラス: 59038 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 150.6
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6sp2:
CryoEM structure of SERINC from Drosophila melanogaster

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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