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- EMDB-10196: Cryo-EM structure of the Type III-B Cmr-beta bound to cognate tar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10196
タイトルCryo-EM structure of the Type III-B Cmr-beta bound to cognate target RNA and AMPPnP, state 2, in the presence of ssDNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Type III-B Cmr-beta ternary complex, cognate target RNA and AMPPnP bound, in the presence of ssDNA
    • 複合体: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: crRNA
      • RNA: x 1種
    • 複合体: CRISPR-associated protein, Cmr5 family
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: CRISPR-associated protein, Cmr3 family
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Cmr1,CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: CRISPR-associated protein, Cmr2 family
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: CRISPR-associated protein Cmrx
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Cognate target RNA
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードCRISPR-Cas / Effector complex / nuclease / cyclic oligo-adenylate synthase / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-cas system / defense response to virus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR system CMR subunit Cmr7 1 / CRISPR system CMR subunit Cmr7 1 / : / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / : / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 ...CRISPR system CMR subunit Cmr7 1 / CRISPR system CMR subunit Cmr7 1 / : / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / : / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / Cas10/Cmr2, second palm domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated protein, Cmr3 family / CRISPR-associated protein, Cmr2 family / CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family / CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family / CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5 / CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family / CRISPR-associated protein Cmrx
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Sofos N / Montoya G
資金援助 デンマーク, 3件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF0024386 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0030214 デンマーク
引用
ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structures of the Cmr-β Complex Reveal the Regulation of the Immunity Mechanism of Type III-B CRISPR-Cas.
著者: Nicholas Sofos / Mingxia Feng / Stefano Stella / Tillmann Pape / Anders Fuglsang / Jinzhong Lin / Qihong Huang / Yingjun Li / Qunxin She / Guillermo Montoya /
要旨: Cmr-β is a type III-B CRISPR-Cas complex that, upon target RNA recognition, unleashes a multifaceted immune response against invading genetic elements, including single-stranded DNA (ssDNA) ...Cmr-β is a type III-B CRISPR-Cas complex that, upon target RNA recognition, unleashes a multifaceted immune response against invading genetic elements, including single-stranded DNA (ssDNA) cleavage, cyclic oligoadenylate synthesis, and also a unique UA-specific single-stranded RNA (ssRNA) hydrolysis by the Cmr2 subunit. Here, we present the structure-function relationship of Cmr-β, unveiling how binding of the target RNA regulates the Cmr2 activities. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) analysis revealed the unique subunit architecture of Cmr-β and captured the complex in different conformational stages of the immune response, including the non-cognate and cognate target-RNA-bound complexes. The binding of the target RNA induces a conformational change of Cmr2, which together with the complementation between the 5' tag in the CRISPR RNAs (crRNA) and the 3' antitag of the target RNA activate different configurations in a unique loop of the Cmr3 subunit, which acts as an allosteric sensor signaling the self- versus non-self-recognition. These findings highlight the diverse defense strategies of type III complexes.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structures of the Cmr-beta Complex Reveal the Regulation of the Immunity Mechanism of Type III-B CRISPR-Cas
著者: Sofos N / Feng M / Stella S / Pape T / Fuglsang A / Lin J / Huang Q / Li Y / She Q / Montoya G
履歴
登録2019年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
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  • 原子モデル: PDB-6sh8
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10196.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10196.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 416. Å		0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 416. Å		0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 416. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-13.125933 - 23.571353999999999
平均 (標準偏差)0.00032796155 (±0.60951185)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 416.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8320.8320.832
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z416.000416.000416.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-13.12623.5710.000

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添付データ

-
追加マップ: None

ファイルemd_10196_additional.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10196_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10196_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Type III-B Cmr-beta ternary complex, cognate target RNA and AMPPn...

全体名称: Type III-B Cmr-beta ternary complex, cognate target RNA and AMPPnP bound, in the presence of ssDNA
要素
  • 複合体: Type III-B Cmr-beta ternary complex, cognate target RNA and AMPPnP bound, in the presence of ssDNA
    • 複合体: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family
    • 複合体: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family
    • 複合体: crRNA
      • RNA: crRNA
    • 複合体: CRISPR-associated protein, Cmr5 family
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cmr5 family
    • 複合体: CRISPR-associated protein, Cmr3 family
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cmr3 family
    • 複合体: Cmr1,CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family
      • タンパク質・ペプチド: Cmr1,CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family
    • 複合体: CRISPR-associated protein, Cmr2 family
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cmr2 family
    • 複合体: CRISPR-associated protein Cmrx
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Cmrx
    • 複合体: Cognate target RNA
      • RNA: Cognate target RNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

+
超分子 #1: Type III-B Cmr-beta ternary complex, cognate target RNA and AMPPn...

超分子名称: Type III-B Cmr-beta ternary complex, cognate target RNA and AMPPnP bound, in the presence of ssDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
詳細: Cognate target RNA, AMPPnP, and ssDNA added to the sample
分子量理論値: 900 KDa

+
超分子 #2: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family

超分子名称: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

+
超分子 #3: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family

超分子名称: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

+
超分子 #4: crRNA

超分子名称: crRNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

+
超分子 #5: CRISPR-associated protein, Cmr5 family

超分子名称: CRISPR-associated protein, Cmr5 family / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

+
超分子 #6: CRISPR-associated protein, Cmr3 family

超分子名称: CRISPR-associated protein, Cmr3 family / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

+
超分子 #7: Cmr1,CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family

超分子名称: Cmr1,CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

+
超分子 #8: CRISPR-associated protein, Cmr2 family

超分子名称: CRISPR-associated protein, Cmr2 family / タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

+
超分子 #9: CRISPR-associated protein Cmrx

超分子名称: CRISPR-associated protein Cmrx / タイプ: complex / ID: 9 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

+
超分子 #10: Cognate target RNA

超分子名称: Cognate target RNA / タイプ: complex / ID: 10 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: CRISPR-associated protein, Cmr5 family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cmr5 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
分子量理論値: 17.961834 KDa
配列文字列:
MLYEEDYKLA LEAFKKVFNA LTHYGAKQAF RSRARDLVEE IYNSGFIPTF FYIISKAELN SDSLDSLISL FSSDNAILRG SDENVSYSA YLFIILYYLI KRGIIEQKFL IQALRCEKTR LDLIDKLYNL APIISAKIRT YLLAIKRLSE ALIEAR

UniProtKB: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5

+
分子 #2: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family

分子名称: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
分子量理論値: 32.322359 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
配列文字列: MPYYAFAEPF FIHAITHLHV GSGSSVEEEI ALPFQRDELG YPTIYASSLK GAIKSFLLKE FPDKRDVIYK VLGEDENPEE ASLGTFLDA ILFAIPSRII EIDSAKPYVW VYVTTYELLK KVKLYLDSIS QLSNASFSNL KNKIDTILAK EGKNITLDSD L KSAILNED ...文字列:
MPYYAFAEPF FIHAITHLHV GSGSSVEEEI ALPFQRDELG YPTIYASSLK GAIKSFLLKE FPDKRDVIYK VLGEDENPEE ASLGTFLDA ILFAIPSRII EIDSAKPYVW VYVTTYELLK KVKLYLDSIS QLSNASFSNL KNKIDTILAK EGKNITLDSD L KSAILNED FYVELEALNN KIPSIINAGV PLLVLEDSIG REVINRSLIR VRRIRIDRDK KVVETGGLWS EEYVPMKTIF FS VLLGKES KESAIFASCI LRNLRYVILG GKETIGKGIV ELRWVKDVI

UniProtKB: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family

+
分子 #3: CRISPR-associated protein, Cmr3 family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cmr3 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
分子量理論値: 36.008547 KDa
配列文字列: MKRVLIKPLE PLMFRSQGEF EPLITGSHTA AQSLIIPRPS TIAGMLGYIL FNKSSGTGDW LSDLTNLLAT IYGTFIETNG EYLFPLRMG NHLALVDQQH LINLPTLLEK EYERREKGIY ELFYDKNKLF QIINHQDRIG ISIDKSTRTV KEHYLYSARY L AFKKEVNY ...文字列:
MKRVLIKPLE PLMFRSQGEF EPLITGSHTA AQSLIIPRPS TIAGMLGYIL FNKSSGTGDW LSDLTNLLAT IYGTFIETNG EYLFPLRMG NHLALVDQQH LINLPTLLEK EYERREKGIY ELFYDKNKLF QIINHQDRIG ISIDKSTRTV KEHYLYSARY L AFKKEVNY VIFIDNDAIS DKINGKIVNF GGENRIAKLE VDDYKVDTSI EEEYYLALSP ILIPDEALDN FLDNISDYVA MG KVDKISL GFDIANTKRK EMLTAILEGS IVKRSIIDFI KNEIKNDLRY RFSKYEKIGY NTLMSLCKLA LRKILS

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cmr3 family

+
分子 #4: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family

分子名称: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: C-terminal histidine-tag for co-purification of the complex.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
分子量理論値: 33.945914 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
配列文字列: MAIDFLVNIL ELIKEKQCNI NLFSAISLTS IVYNNFGEFL SNNQSYSTNN PLLKYHIIIL NDKNKTKDVE EKRNIFKREV AELISRNFK LDGEKVRNYF DSLKEVLKSL KYTIVDVEIT TRTRALIGVS TSLGKLIFGS GISFDPYMNL PYIPASEIKG I VRSYIEGK ...文字列:
MAIDFLVNIL ELIKEKQCNI NLFSAISLTS IVYNNFGEFL SNNQSYSTNN PLLKYHIIIL NDKNKTKDVE EKRNIFKREV AELISRNFK LDGEKVRNYF DSLKEVLKSL KYTIVDVEIT TRTRALIGVS TSLGKLIFGS GISFDPYMNL PYIPASEIKG I VRSYIEGK LGEQEAEEIF GNEEREGNVN FTDAYPTRSK DFLFVPDVIT PHYNGKKSEA DAEPRPVIHL TIAPKVTFRF LI YYKREDV GKPICDSMPI ILIRGLGARS SVGYSLFELR KIEVIKAAAH HHHHHHHHH

UniProtKB: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family

+
分子 #5: Cmr1,CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family

分子名称: Cmr1,CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: The N-terminal "MEEELL" sequence is not part of the annotated sequence (F0NDX4) due to an annotation mistake.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
分子量理論値: 55.388965 KDa
配列文字列: MEELLMSLKL KALYPLTGGY NRHSINPFYE ELVRPTEIKG LWRWWNRVLF NTLAYSTKGK LYTYESIDRL FEDVFGSENK KSAVRLEVI TDEGNDNRFE LSYVELDKVI DCLRNYKRKV SLDFIDNTLI AEIEGSTKIP ISFKSNLDID KIIKDLVHNN K LLSFELLG ...文字列:
MEELLMSLKL KALYPLTGGY NRHSINPFYE ELVRPTEIKG LWRWWNRVLF NTLAYSTKGK LYTYESIDRL FEDVFGSENK KSAVRLEVI TDEGNDNRFE LSYVELDKVI DCLRNYKRKV SLDFIDNTLI AEIEGSTKIP ISFKSNLDID KIIKDLVHNN K LLSFELLG FKSVEIDATK ISDKKILKEI LRDLITNYLE YFNIKQEVTF TLNIYLDKSR EHKQNFEDKL KFALYSLLVF IL LGGIGRK TSRGFGSLSI IDVKCYDNSI CKKIEDLAKN FLKISSGNEL KSKIESILDC IKNSCIDTLY IENNILSEID PKK NVVYFI NSDLFEVKRI NDKEKVLANI YKAVSSEGCC IKSIITDKYV RKSFLIAFGG YRKVEKDKGL DIGFIKNYLC ETCE TVSSF NIVDFLLSEG SFMSDYILQY EHRNSLLRFK LISDNSNNSY LIGYILHSSY FKKIDIKYVR CILEKLTYCV I

UniProtKB: CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family

+
分子 #6: CRISPR-associated protein, Cmr2 family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cmr2 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
分子量理論値: 120.856453 KDa
配列文字列: MSIDNVLREF LDYKIIALLH DPPNKAWVIT GRARNLTQQL SNIRASRKHE KVAKYIINQL FGKNYSEKVD NADKLASSID RYLGSIVYK ERSLFENRSI FLKNILLSNI QRDIGNLFPK DKSKLDNLIL EYKKLLNVIN KTNLILKYQL FYLIYELVWI D SKYENTPS ...文字列:
MSIDNVLREF LDYKIIALLH DPPNKAWVIT GRARNLTQQL SNIRASRKHE KVAKYIINQL FGKNYSEKVD NADKLASSID RYLGSIVYK ERSLFENRSI FLKNILLSNI QRDIGNLFPK DKSKLDNLIL EYKKLLNVIN KTNLILKYQL FYLIYELVWI D SKYENTPS DTRNPTHTIF DHLYATAAMM NWILSLEKEA KGYLLGIDTI GVADFISKGR KTRDLWISSY LVSALLWYVI TW FIEEYGP DVILFPSLRF NQFYAFYLLE KLRKEGVSED VIDEIKELIT KYIFNGDDLF ENLKIPPYPI IPGRITLILP GLI REGEEY KKVQDDNCFI SKVKERYNEG WRKLIEGLRC YSERKREDGF WNLVCRVLKL TEDLLQTTPL NIRVKQVSVT EDEI FNNNK LRSDSWKIYD NKYRQLVSEF KKSKLVKVTP ESRLKLFELT KFDKLPQIGE KSKRGYEFCT SCGVLPAVVI MPKED ELEK KLIDLGIARD EKDVRSIKNM ISPGERLCPW CLVKRALGAE PRLMRILLLG DLYSVEKIVN EIVSRDVKIE IPSTSD IAS IKTFEEMIEK KNEICEDLKE EEVCEKPSES VLSMWQWFNK NYYNGINLTI DPEEYWFSEK RRRYYFSVFR RHRITFP SP YYALVRADSD YLGDLLEGKL TPYLAGIIDS GDYANISEKK EEVNKLLEEY LVNAGSGSIV DYVKTVLKCI RENLNKCS C AEKIYSNEVA KVMFRVNVEK ANVEEEVKNS LEYFETILNE GRIIVTPAWH VSISSALNRG LLVELELVNK HKGFVIYAG GDDLLAMLPV DEVLDFIKES RRAFAGFGTE KLGNMCLENG FVRINNAYYP SLPIVGRSYS VIIAHYADPL FFVINDSYNL LEEGKEIIR YRVMYNGEYK DAKKDVAIFR YQGLTSVIPL SLKRPIVSSV SDFNEIASII DVILELKKRI DEGRISVSLL Y DYEKYKHL IVASDEKYLT EFLVKDWIKR NSLRKHVEFT IDEKLYGVRL TIENYPIKIP NDLISNIVYT LRIIYGGEK

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cmr2 family

+
分子 #7: CRISPR-associated protein Cmrx

分子名称: CRISPR-associated protein Cmrx / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
分子量理論値: 19.705607 KDa
配列文字列:
MSTQREYVFI PITNSITIDV KITIGGSDHI TNIDERGIHN VLVITGYAVD EKNGRLVPTL DPCDYVKGIL VAGTPQQAQS NDFLTLKLP ANKLYLIRKK GNISDDLKIY IPYSSPDARN SMKTKPVSIS DDTIVNNIIK EVFDKIYNIT QKEKVKIEKV K EDIKELFS YYALEQ

UniProtKB: CRISPR-associated protein Cmrx

+
分子 #8: Cognate target RNA

分子名称: Cognate target RNA / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.704712 KDa
配列文字列:
UGUUAAGUCU GGUUUCCCUC CAGGGUAUCU AAGCUUUGAA AAAAAA

+
分子 #9: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 9 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
分子量理論値: 16.409871 KDa
配列文字列:
AUUGAAAGUU CAAAGCUUAG AUACCCUGGA GGGAAACCAG ACUUAACACC A

GENBANK: GENBANK: CP002425.1

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #11: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #12: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
0.15 MNaClsodium chloride
0.01 MMES
1.0 mMCaCl2Calcium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 5 mA (Leica EM ACE200)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3-4 s blotting before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5298 / 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 429000
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Model generated ab initio with cisTEM using a dataset of a similar sample.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 50409
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 45000 / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6sh8:
Cryo-EM structure of the Type III-B Cmr-beta bound to cognate target RNA and AMPPnP, state 2, in the presence of ssDNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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