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- EMDB-1019: The Escherichia coli large ribosomal subunit at 7.5 A resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1019
タイトルThe Escherichia coli large ribosomal subunit at 7.5 A resolution.
マップデータThe Escherichia coli large ribosomal subunit at 7.5 A resolution.
試料
  • 試料: 50S E.coli ribosomal subunit
  • 複合体: 50S ribosomal subunit
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Matadeen R
引用ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The Escherichia coli large ribosomal subunit at 7.5 A resolution.
著者: R Matadeen / A Patwardhan / B Gowen / E V Orlova / T Pape / M Cuff / F Mueller / R Brimacombe / M van Heel /
要旨: BACKGROUND: In recent years, the three-dimensional structure of the ribosome has been visualised in different functional states by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) at 13-25 A ...BACKGROUND: In recent years, the three-dimensional structure of the ribosome has been visualised in different functional states by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) at 13-25 A resolution. Even more recently, X-ray crystallography has achieved resolution levels better than 10 A for the ribosomal structures of thermophilic and halophilic organisms. We present here the 7.5 A solution structure of the 50S large subunit of the Escherichia coli ribosome, as determined by cryo-EM and angular reconstitution.
RESULTS: The reconstruction reveals a host of new details including the long alpha helix connecting the N- and C-terminal domains of the L9 protein, which is found wrapped like a collar around the ...RESULTS: The reconstruction reveals a host of new details including the long alpha helix connecting the N- and C-terminal domains of the L9 protein, which is found wrapped like a collar around the base of the L1 stalk. A second L7/L12 dimer is now visible below the classical L7/L12 'stalk', thus revealing the position of the entire L8 complex. Extensive conformational changes occur in the 50S subunit upon 30S binding; for example, the L9 protein moves by some 50 A. Various rRNA stem-loops are found to be involved in subunit binding: helix h38, located in the A-site finger; h69, on the rim of the peptidyl transferase centre cleft; and h34, in the principal interface protrusion.
CONCLUSIONS: Single-particle cryo-EM is rapidly evolving towards the resolution levels required for the direct atomic interpretation of the structure of the ribosome. Structural details such as the ...CONCLUSIONS: Single-particle cryo-EM is rapidly evolving towards the resolution levels required for the direct atomic interpretation of the structure of the ribosome. Structural details such as the minor and major grooves in rRNA double helices and alpha helices of the ribosomal proteins can already be visualised directly in cryo-EM reconstructions of ribosomes frozen in different functional states.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2002年6月5日-
登録2002年11月28日-
マップ公開2003年1月6日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1019.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1019.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The Escherichia coli large ribosomal subunit at 7.5 A resolution.
ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報1.961.961.96
CCP4マップ ヘッダ情報1.961.961.96
EM Navigator ムービー #11.761.761.76
密度
表面レベル1: 0.0584 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.370668 - 0.393129
平均 (標準偏差)0.00348208 (±0.0374738)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192146
Spacing192192146
セルA: 376.32 Å / B: 376.32 Å / C: 286.16 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.961.961.96
M x/y/z192192146
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z376.320376.320286.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192146
D min/max/mean-0.3710.3930.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 50S E.coli ribosomal subunit

全体名称: 50S E.coli ribosomal subunit
要素
  • 試料: 50S E.coli ribosomal subunit
  • 複合体: 50S ribosomal subunit

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超分子 #1000: 50S E.coli ribosomal subunit

超分子名称: 50S E.coli ribosomal subunit / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: single entity / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa / 手法: Sedimentation

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超分子 #1: 50S ribosomal subunit

超分子名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM HEPES-KOH 6 mM MgCl2, 150 mM NH4Cl
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: in-house freeze plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG/UT
温度平均: 96 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PATCHWORK DENSITOMETER / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 7 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37600 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 使用した粒子像数: 16000
最終 2次元分類クラス数: 1000

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: ESSENS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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