EMDB-10009: Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles (State...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-10009

タイトル

Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles (State III - subclass 1)

マップデータ

試料

複合体: Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Kargas V / Warren AJ

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles
著者: Kargas V / Warren AJ

履歴

登録	2019年5月31日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2020年7月22日	-
マップ公開	2020年7月22日	-
更新	2020年7月22日	-
現状	2020年7月22日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.017 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（高さに従い着色）表面レベル: 0.017 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_10009.png

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EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_10009.map.gz	155.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-10009-v30.xml emd-10009.xml	15 KB 15 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_10009.png	76.9 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10009 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10009	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4560 6qik
類似構造データ	3899 10070 10067 0371 0370 6lqm-d 30176 4096 6qt0-d 6171 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_10009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 360 pix. = 383.4 Å	1.07 Å/pix. x 360 pix. = 383.4 Å	1.07 Å/pix. x 360 pix. = 383.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.065 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大	-0.021652829 - 0.09056228
平均 (標準偏差)	0.0016960776 (±0.0076064067)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	360	360	360
Spacing	360	360	360

セル

A=B=C: 383.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.065	1.065	1.065
M x/y/z	360	360	360
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	383.400	383.400	383.400
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	360	360	360
D min/max/mean	-0.022	0.091	0.002

-
全体 : Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit

全体	名称: Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit
要素	複合体: Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit

-
超分子 #1: Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit

超分子	名称: Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#48
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

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試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 63.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正	ソフトウェア: (名称: Gctf (ver. 1.06), CTFFIND (ver. 4.1))
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 27769
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

-
原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 4v88
精密化	プロトコル: FLEXIBLE FIT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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