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万見
- EMDB-10000: Lateral flagellar motor from Plesiomonas shigelloidea -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10000
タイトルLateral flagellar motor from Plesiomonas shigelloidea
マップデータPlesiomonas shigelloides latreal flagellar motor
試料
  • 複合体: Lateral flagellar motor from Plesiomonas shigelloides
生物種Plesiomonas shigelloides (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 120.0 Å
データ登録者Ferreira JL / Beeby M
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/P019374/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K501281/1 英国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021
タイトル: The "Jack-of-all-Trades" Flagellum From and Was Horizontally Acquired From an Ancestral β-Proteobacterium.
著者: Josie L Ferreira / Izaak Coleman / Max L Addison / Tobias Zachs / Bonnie L Quigley / Kristin Wuichet / Morgan Beeby /
要旨: The γ-proteobacteria are a group of diverse bacteria including pathogenic , and species. The majority swim in liquids with polar, sodium-driven flagella and swarm on surfaces with lateral, non- ...The γ-proteobacteria are a group of diverse bacteria including pathogenic , and species. The majority swim in liquids with polar, sodium-driven flagella and swarm on surfaces with lateral, non-chemotactic flagella. Notable exceptions are the enteric Enterobacteriaceae such as and . Many of the well-studied Enterobacteriaceae are gut bacteria that both swim and swarm with the same proton-driven peritrichous flagella. How different flagella evolved in closely related lineages, however, has remained unclear. Here, we describe our phylogenetic finding that Enterobacteriaceae flagella are not native polar or lateral γ-proteobacterial flagella but were horizontally acquired from an ancestral β-proteobacterium. Using electron cryo-tomography and subtomogram averaging, we confirmed that Enterobacteriaceae flagellar motors resemble contemporary β-proteobacterial motors and are distinct to the polar and lateral motors of other γ-proteobacteria. Structural comparisons support a model in which γ-proteobacterial motors have specialized, suggesting that acquisition of a β-proteobacterial flagellum may have been beneficial as a general-purpose motor suitable for adjusting to diverse conditions. This acquisition may have played a role in the development of the enteric lifestyle.
履歴
登録2019年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2021年5月5日-
現状2021年5月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10000.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10000.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Plesiomonas shigelloides latreal flagellar motor
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.28 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.11
最小 - 最大-0.55448806 - 0.667116
平均 (標準偏差)0.016991854 (±0.13127448)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-20-10-10
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 828.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.288.288.28
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z828.000828.000828.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-10-20-10
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.5540.6670.017

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lateral flagellar motor from Plesiomonas shigelloides

全体名称: Lateral flagellar motor from Plesiomonas shigelloides
要素
  • 複合体: Lateral flagellar motor from Plesiomonas shigelloides

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超分子 #1: Lateral flagellar motor from Plesiomonas shigelloides

超分子名称: Lateral flagellar motor from Plesiomonas shigelloides
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Plesiomonas shigelloides (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: LB
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Cells grown to OD600 0.6 in LB, lysed with penicillin G

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 6 / 平均露光時間: 0.8 sec. / 平均電子線量: 120.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C100 (100回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 120.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 317
抽出トモグラム数: 200 / 使用した粒子像数: 220
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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