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万見
- EMDB-0993: Cryo-EM map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0993
タイトルCryo-EM map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein
マップデータSharpened map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein
試料
  • 複合体: PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of response to reactive oxygen species / development of primary female sexual characteristics / pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide receptor activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / NGF-independant TRKA activation / neuropeptide binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / G protein-coupled peptide receptor activity / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol ...negative regulation of response to reactive oxygen species / development of primary female sexual characteristics / pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide receptor activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / NGF-independant TRKA activation / neuropeptide binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / G protein-coupled peptide receptor activity / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / peptide hormone binding / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / bicellular tight junction / developmental growth / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / multicellular organismal response to stress / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / regulation of insulin secretion / cellular response to glucagon stimulus / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / bone development / caveola / small GTPase binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / platelet aggregation / Olfactory Signaling Pathway / cognition / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / sensory perception of smell / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / response to estradiol / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / signaling receptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G protein activity / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / spermatogenesis / G alpha (q) signalling events / response to ethanol / Ras protein signal transduction / cell differentiation / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, pituitary adenylate cyclase activating polypeptide type 1 receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site ...GPCR, family 2, pituitary adenylate cyclase activating polypeptide type 1 receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type I receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Liang YL / Belousoff MJ / Zhao P / Danev R / Sexton PM / Wootten D
資金援助 オーストラリア, 日本, 5件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1120919 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1150083 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1159006 オーストラリア
Japan Science and Technology18069571 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H06043 日本
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Toward a Structural Understanding of Class B GPCR Peptide Binding and Activation.
著者: Yi-Lynn Liang / Matthew J Belousoff / Peishen Zhao / Cassandra Koole / Madeleine M Fletcher / Tin T Truong / Villy Julita / George Christopoulos / H Eric Xu / Yan Zhang / Maryam Khoshouei / ...著者: Yi-Lynn Liang / Matthew J Belousoff / Peishen Zhao / Cassandra Koole / Madeleine M Fletcher / Tin T Truong / Villy Julita / George Christopoulos / H Eric Xu / Yan Zhang / Maryam Khoshouei / Arthur Christopoulos / Radostin Danev / Patrick M Sexton / Denise Wootten /
要旨: Class B G protein-coupled receptors (GPCRs) are important therapeutic targets for major diseases. Here, we present structures of peptide and Gs-bound pituitary adenylate cyclase-activating peptide, ...Class B G protein-coupled receptors (GPCRs) are important therapeutic targets for major diseases. Here, we present structures of peptide and Gs-bound pituitary adenylate cyclase-activating peptide, PAC1 receptor, and corticotropin-releasing factor (CRF), (CRF1) receptor. Together with recently solved structures, these provide coverage of the major class B GPCR subfamilies. Diverse orientations of the extracellular domain to the receptor core in different receptors are at least partially dependent on evolutionary conservation in the structure and nature of peptide interactions. Differences in peptide interactions to the receptor core also influence the interlinked TM2-TM1-TM6/ECL3/TM7 domain, and this is likely important in their diverse signaling. However, common conformational reorganization of ECL2, linked to reorganization of ICL2, modulates G protein contacts. Comparison between receptors reveals ICL2 as a key domain forming dynamic G protein interactions in a receptor- and ligand-specific manner. This work advances our understanding of class B GPCR activation and Gs coupling.
履歴
登録2020年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2020年12月9日-
現状2020年12月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0993.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0993.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.21 Å/pix.
x 176 pix.
= 212.432 Å		1.21 Å/pix.
x 176 pix.
= 212.432 Å		1.21 Å/pix.
x 176 pix.
= 212.432 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.207 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.20266752 - 0.37457576
平均 (標準偏差)0.00000797852 (±0.011056929)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ176176176
Spacing176176176
セルA=B=C: 212.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2071.2071.207
M x/y/z176176176
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.432212.432212.432
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-31-35-52
NX/NY/NZ11798209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS176176176
D min/max/mean-0.2030.3750.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0993_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unprocessed map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein

ファイルemd_0993_additional.map
注釈Unprocessed map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unprocessed map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein

ファイルemd_0993_additional_1.map
注釈Unprocessed map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unprocessed half-map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein

ファイルemd_0993_half_map_1.map
注釈Unprocessed half-map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unprocessed half-map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein

ファイルemd_0993_half_map_2.map
注釈Unprocessed half-map of PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein

全体名称: PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein
要素
  • 複合体: PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein

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超分子 #1: PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein

超分子名称: PAC1 receptor bound to PACAP38 and Gs protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 150 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 10 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7650 / 平均露光時間: 3.715 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
詳細: Volta phase plate images: 4032; Conventional defocus images: 3618
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.4 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5500000
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: 20A low-pass filtered GPCR map from previous experiment.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: 3 / 使用した粒子像数: 390000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: 3
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: 3
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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